哥倫布目不轉睛地注視着、捕捉着任何足以證明這裡就是中國大陸的跡象。當有一個土人告訴他說此地往西有一個叫蠻宮的地方，他不假思索地斷定那就是馬可·波羅描寫過的中國的「蠻子省」。
哥倫布當然不滿足於此次出航就這麼無功而返，但是面臨的困難也很多：食物短缺，船員們日見煩躁不安，船隻漏水，急需修理。6月 13日，哥倫布認識到航行距離已經夠遠了。他命令參加此次探險的全體船員簽署一份檔案，聲明他們確信：古巴就是中國大陸的一個半島。儘管許多土人都告訴他說古巴只是一個島嶼，他根本就不要聽。
事實上只要他繼續再往前航行兩天即可到達古巴的最西端，從而證實其的確是一個島嶼。但哥倫布此時需要的恐怕是「自欺欺人」。他命令返航。
返航途中經過牙買加。8月19日離開牙買加，第二天船隊到達提布隆海角，海地的西南端。此後五個禮拜遭遇頂頭風，船隊沿著伊斯帕尼奧拉南岸向東緩慢行駛。在到達一個灣汊處時此地後來興建了聖·多明各城，哥倫布命令 9個人上岸，要他們抄陸路前往聖·托馬斯，通知他的弟弟迭哥，就說他即將返回伊莎貝拉。

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哥倫布返回以前策劃了一次在波多黎各搶掠奴隷的行動，但未能付之實現。他突然發病，失去知覺和記憶，差點喪了命。船隊直接駛向伊莎貝拉，並于9月29日到達。當時哥倫布已經處于昏迷狀態。
4ASDC哥倫布的暴政當哥倫布從昏迷中甦醒過來，發現自己已經上了岸，使他不勝驚喜的是他的大弟弟巴托羅繆正站在他病床旁邊。他回憶起來曾給兄弟寫信要他趕來參加這一次遠航，但未能及時趕到。後來哥倫布要求國王將他的兩個兒子迭戈和費迪南收入宮中為王室服務。國王答應了他的請求。
兩個孩子是由巴托羅繆帶進王宮的。國王答應任命他們擔任小王子唐·胡安的伴童。巴特羅繆時年33歲，長得一表人才，英俊而有風度。他在法國的一段經歷使他的才能大有改善。
國王和王后對他印象極好，指令他率三條船為伊莎貝拉運送給養。實際上他在六月就已經到了這裡。

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伊莎貝拉和伊斯帕尼奧拉的形勢不但沒有如他設想的那樣；在他離開期間有所改善，相反的情況更糟。哥倫布的主意是讓馬加利特帶一批人深入島內尋找黃金，結果適得其反。在聖·托馬斯得到奧赫達的支援以後，馬加利特率領三百五十多人在島上一連幾個禮拜無惡不作：從土人手中搶奪食物和黃金，殘酷拷打他們，姦淫婦女，強迫年輕人當奴隷。
這一夥人的胡作非為傳到迭哥·哥倫布耳中時，他給馬加利特寫了一封信，指責他的錯誤行為。馬加利特不但沒有收斂，反而帶著他的一部分隊伍進軍伊莎貝拉。他爭取了一批反哥倫布的派別站到他的一邊，其中就有弗雷、布伊爾神甫。馬加利特奪取了巴托羅繆·哥倫布帶來的三條船，和他的同黨一起逕自開船回西班牙去了。
馬加利特留在島內的另一幫人又進而分裂成新的團夥。他們更加野蠻地欺凌和殺害土著人，土著人奮起反抗，以其人之道還治其人之身。
哥倫布一旦恢復健康，他採取的第一個行動便是任命巴托羅繆·哥倫布為他的副總督。這更加激起了反對派的不滿。尤其錯誤的是，哥倫布對西班牙人對土著人的暴虐行動採取放縱的態度，而他自己對土著人的政策也變本加厲的嚴酷。他顯然是想用對土著人的戰爭緩和或轉移內部的矛盾。
哥倫布派出一批清剿隊伍，騎着馬，帶著狼犬，深入島內清剿，經過一場血戰，抓獲了一千五百多無辜的印第安人，包括婦女和兒童，把他們統統押解到伊莎貝拉來。
這時安東尼奧·德·托雷斯率領 4條帆船帶著給養來到伊莎貝拉。
托雷斯還帶來了一封國王給哥倫布的信。此前對哥倫布十分不利的消息也不斷傳到國王的耳中，但國王和王后仍然表示了對他的信任。他們在信中說：「你當初告訴我們說可以實現的那些事情，大部分都成了現實。」國王還簽發了一條命令，要求伊莎貝拉的所有人，包括騎士和紳士必須服從哥倫布的指揮。
國王和王后為了加強伊莎貝拉與國內的聯繫和信息的交流，提出兩地之間每月對開一條船。國王和王后同時提醒哥倫布善待印第安人。
安東尼奧·德·托雷斯的船隊在港口待命，準備返回西班牙。哥倫布派遣他的小弟弟唐·迭戈與托雷斯同行，返回卡斯蒂利亞向王室進一步說明情況，反擊那些造謡中傷他的人，其中包括馬加利特和弗雷·布伊爾神甫等。此舉收到一定的效果。西班牙國王重新確認了哥倫布的權利，包括他應得的黃金份額。
哥倫布沒有多少黃金可供托雷斯的船隊帶回西班牙去，但卻有他的奴隷。他將俘虜來的 500名印第安人裝上船，準備到西班牙以後作為奴隷出售。此事他特別囑託迭哥辦理。哥倫布這麼作更加慫恿了其他人對印第安人的殘酷劫掠。
1495年2月24日，船隊動身返回西班牙，途中花費近3個月時間，大約 200名印第安人死去被拋入大海中。其餘的印第安人在加的斯港上了岸但几乎個個都身染重病，氣息奄奄，在奴隷市場上都賣不出去。其中的大部分幾個月以後先後死去。

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