《動物誌》是一部科學著作，嚴肅而認真，但也有缺欠。國外一些學者對此作了分析。
第一是認為亞里士多德的研究常有粗糙不准確之處。一個例子是關於昆蟲的交配。他不止一次地斷言在交配過程中雌性的蒼蠅把輸卵管或一根絲狀體向上插進雄性蒼蠅體中，「倘若把正在交合的蒼蠅分離開，你就可以十分明白地看到這一情況」。（《動物誌》）事實並不如此。另一個例子是，他在對野牛作了真實但多少有點含糊的描繪以後，注意到由於人們經常搜捕它以享受美味肉食，「為了保衛自己，便用腳亂踢並且把糞便排泄到八碼開外。它極容易地而且經常地這樣做，它的糞便如此灼熱，可以燙落獵狗的茸毛」。（《動物誌》）這是一幅壯觀的圖景，但卻可笑，這一點經常被有些獵人當作酒醉飯飽之後的談資笑料。
第二是認為亞里士多德未能使用「實驗方法」，他所報道的觀察大部分是非控制性質的，是在大自然而不是在實驗室中進行的。

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第三是認為亞里士多德忽視了計量的重要性。真正的科學本質上都是定量的，亞里士多德的描述大部分是定性的。他不是數學家，也沒有把數學應用於植物學的觀念。他沒有稱量過他的標本。

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這些批評中有的符合實際，因為亞里士多德並不是絶對正確的。但批評也有不恰當之處，有些是過於苛求。當時科學水平不高，手段落後，儀器更少，多數是靠觀察判斷，失誤是難免的。最明顯的錯誤是「自發生成論」，他斷言有些動物並不是來自雙親而是自發產生的，「有些從落在樹葉上的露滴中……有些從汙泥和糞穢中，有些從木頭（活樹或者朽木）中，有些從動物的茸毛中，有些從動物的肌肉中，有些從它們的排泄物中」。（《動物誌》）這當然不科學。但無論怎麼說，精闢的見解多於謬誤，科學多於錯誤。只要主要內容、基本部分正確，就應該肯定。
批評亞里士多德在動物學研究中缺乏實驗方法，未必就那麼恰當。不一定所有的科學、所有的課題都需要實驗，如不必通過實驗來證實鷄有兩條腿、章魚的交配通過觀察就能發現而不必去實驗。亞里士多德在動物學研究中也不是絶對不搞實驗，《動物誌》中記載了鷄孵蛋的實驗：亞里士多德詳細描寫了雛鷄在鷄蛋中的早期發育。他相當仔細地記錄了胚胎在後來的日子中所達到的各個發展階段。顯然他這是將一窩同一天放下去孵化的鷄蛋，每天從孵蛋的母鷄下取出一個，把它敲開，記錄所觀察到的每日的變化。如果我們想瞭解這個課題的意義，那就得明白他觀察雛鷄不僅僅是為了研究家養的母禽，而且是為了研究鳥類。

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