因為宗教自由不是不要任何特定宗教的消極權利，正如自治不是無政府狀態一樣。它是宗教團體實踐其信仰，享有其憲章，保護其法規的權利。這些權利也是其全部獨立性的保障。它的最佳保障遠非一種普遍的寬容，而是一種有限的寬容。在一個冷漠的國家，即沒有任何明確宗教特徵的國家(如果此種國家是可以想像的話)，不可能存在任何教會的權威。一個教階組織不會見容于沒有教階的宗派或仇視一切宗教的敵人；因為它與鼓吹個體自由的流行理論相矛盾。單一宗教也不可能是自由的，除非它使國家臣服于它。因為政府會藉維護教會的統一謀求自己的利益，從而限制着這個受到扶持的教會的自由。涉及宗教自由的最激烈最漫長的衝突出現在中世紀，一方是沒有對立教會的教會，另一方是積極維護教會絶對優勢地位的國家。在日耳曼的皇帝中，腓特烈二世既是教會最殘暴的壓迫者，也制定了許多血腥的法律來鎮壓長期流行于歐洲許多地區的異教。西班牙的宗教法庭既維護國民的宗教統一，又對西班牙教會施行了最嚴格的限制，在英國，完全控制着國教教會的君主，極其嚴厲地要求人們的信仰與國教保持一致。因此，只有承認不同宗教的共存，承認它們享有按各自原則實行自治的平等權利，宗教自由才是可能的。寬容謬誤是自由之必需，但是，只有現實的多樣性不再受到限制，教義的統一不再繼續維持，或者統一之存在是因為真理而非強力，憑藉教會而非國家，自由才是最完善的。惟有在權利神聖、法律至上的共同體中，才能夠獲得這樣的自由。如果像在家長制的貴族政體和君主政體中那樣，服從權威和維持秩序被視為首要義務，無論個人自由抑或宗教自由皆無保障可言。如果像在民主政體和法國式的君主立憲政體中那樣，公共福利和民眾意志最受重視，多數便成了權威，不可抗拒的權力便取代了神聖的原則，所有的私人自由皆被置於危境之中。真正的自由學說摒棄一切絶對權力和獨斷專行，’要求把專制的或革命的政府置於人民的控制之下；但是它也發出告誡，除非為了糾正革命或暴政，造反是有罪的。為了理解新教改革者的寬容觀，考慮問題時必須參照這些要點。

當宗教改革是個人的反抗而不是有組織的行為時，當世俗權力致力於支持教會的權威時，這場運動的發起者不得不要求，他們不應因為自己的意見而受到懲罰，對於政府幹涉宗教信仰的權利，他們所持的言論和寬容之友的言論相似。任何一種宗教派別，不論其理論具有多少排他性或奴役性，一旦與一種公認的、為法律所保護的理論體系相牴觸，那麼從它出現的那一天始，它必然會致力於保護良知自由的觀念。在新權威得到確立、舊權威被取代之前，存在着一個必然要求異議權的階段。路德在與羅馬教廷抗爭之初，沒有可求助的對立權威，沒有支持他的教會組織，世俗權力也不站在他那一邊，甚至他最初的信義論所引起的論戰，也尚未形成明確的體系。他最初的努力就是採取敵對行動，他的佈道充滿進攻性，他求助的對象是廣大民眾。他的《新約》譯本遭禁，使他確信君主的支持是不可指望的，於是他出版了論述世俗權力的著作，並斷言它超越了使徒時代以來所有同類著作。他在書中宣稱，國家被賦予的權力僅能用來懲治邪惡，而不能強制良善。他說： 「君主若是命令人們屈服于愚昧的謬誤，就不應服從他們；但是亦不可祈求他們去弘揚上帝的福音。」讓異端改邪歸正，必須仰賴《聖經》，而不是火刑，不然劊子手豈不成了最偉大的神學博士。在寫下這些話時，路德料想將會招致教皇的革除教籍令和皇帝的禁書令；幾年之中，他都在擔心是否能逃過他所譴責的那種懲罰。他一直生活在遭人暗算的恐懼之中，他的不安成為教友們開玩笑的材料。他一度認為，波蘭主教僱傭了一個猶太人來取他的性命；一個無形的醫生正趕來維登堡謀害他；他佈道的講台浸透了神秘的毒藥。這種驚恐支配了他早年的著述，它們並沒有真正反映他的觀點，他還沒有堅強到敢於將其公之於眾。

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