茨溫利派的決裂、再洗禮派的興起和農民戰爭改變了局勢。路德從中看到了他的個人判斷權和異議權理論的成果。某些背棄義務的原則曾使他拋棄對羅馬的忠誠，而現在，保護他的教會以反對這些原則得到落實的時刻已經來臨。社會戰爭走向極端，有可能使運動喪失上等階層特別是政府的同情。隨着農民的失敗，宗教改革的群眾階段在歐陸也終於結束。路德說：「魔鬼借助教皇沒有把他打倒，現在又想通過叛亂與流血的鼓吹者致他于死地。」他立刻從人民轉向君主，使他的教派染上了政治依附的性格和對國家消極服從的習慣；此後它便一直保持着這種習慣。他還給予它一種用別的方法無法獲得的穩定性。他就是這樣在世俗權力的懷抱中找到了避難所，用犧牲自由換來了對他的教義的保護，並把控制權和用刀劍貫徹這種控制的義務一併交給了國家。路德這樣做，實際上是背叛了他最初的主張。他的專制本性使他厭惡任何自由的概念——不論是政治自由還是宗教自由，皆與他對《聖經》的解釋相抵牾。早在1519年，他就說過，即使土耳其人也應被尊為權威。在他看來，農民們所忍受的無恥奴役和肆意踐踏並沒有給予他們得救的權利；當他們揭竿而起，呼喚他為拯救者的時候，他卻敦促貴族們不要心慈手軟。他們的罪惡在於他們是受宗派精神的鼓動，而路德最重要的利益所在，就是鎮壓這種精神。

整個南德意志的新教權當局因為戰勝了再洗禮派而陷入困惑。證明該派政治信條的革命性頗為不易，在他們的信條中，惟一具有顛覆的成份就是，他們和天主教徒一樣認為國家沒有宗教責任。因此，他們所以受到懲罰，是因為他們教導說任何人不應因自己的信仰而遭受痛苦。紐倫堡的地方官員不知如何指控他們。他們似乎不比天主教徒更壞，當時並不存在剷除後者的問題。著名的奧西安得爾認為這種遲疑不決的態度是不合邏輯的。他說，教皇黨人亦應被鎮壓；只要不這樣做，就無法判處並不比他們更壞的再洗禮派人極刑。人們就此請教路德，他斷定他們不應受到懲罰，除非他們拒絶服從政府的命令。神學家們也向勃蘭登堡侯爵建議說，一個不能被《聖經》感化的異端分子應受處罰，但是在判決書中不要提及異端，僅說他有叛逆和謀殺意圖，儘管他並無此等罪過。這種計策使大批人送了命。

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路德高傲而坦誠的靈魂鄙視這種偽飾。他拋棄所有的含蓄隱晦，開誠佈公地說明了自己關於國家對教會和人民的權利和義務的想法。他的第一步就是宣稱，排除異端是世俗權力的職責。他並不要求統治者在履行職責時應以正統神學家的思想為指導；但是他認為這種職責本身是強制性的。為了符合《聖經》是萬物惟一的指導這個根本原則，他用一些聖經故事來解釋和證明那種職責。他辯解道，摩西律法判處偽先知死刑；根據《新約》尊敬或維護上帝的尊嚴，其真誠和熱烈不比根據《舊約》來得少；在更完美的啟示中，有着更大的責任。不聽從教會者必須被革除教籍，但是當教會宣佈剝奪某人教籍或強迫某人人教時，世俗權力可以進行干預。因為，根據教會更準確的定義，即《施馬卡爾登信綱》(the Confession of Schmalkald)和《奧格斯堡信綱之辯護》(the Apology of the Confession of Augsburg)中的定義，驅出教會意味着永罰。在教會之外，毫無得救的希望。反對教皇、魔鬼和整個世界是否符合正統，其檢驗依據是因信稱義的理論。

根據該理論，保護宗教不僅是世俗權力的義務，而且是其制度的存在目的。它的任務僅僅是強制教會之外的人。信徒不是它的行動對象，他們遵從自己的原則行事，高於法律的要求。路德說：「樹好，結出的果子自然好，這無須強迫；對一株結出果實而非荊棘的蘋果樹施以法律之斧鉞，豈不是瘋狂？」[2]這種觀點自然是源於凡信仰《奧格斯堡信綱》者必能得救的信條。它是路德政治學說中最重要的組成部分，因為它在建立起新教專制政府的同時，也否定了天主教政府的權威。新教和天主教的不寬容在這裡走到了一起。假如建立國家是為促進信仰，那麼對有着另一種信仰的國家就不能表示絲毫的服從。新教徒不應做天主教政權的忠實臣民，因而他們也不會得到寬容。異教徒在正統國家中無權利可言，異教君主對正統臣民亦無權威可言。因此，路德越是鼓吹反抗有罪和權力神授，他在天主教國家中的影響就越具有顛覆性。不論是對抗天主教國家還是促進新教暴政，他的學說同樣具有革命性。他沒有政治權利的概念。他不曾在《新約》中找到這種權利的權威根據，而且他認為正義無需靠機構來展示自身。

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