包含在路德的學說中但是他沒有着意闡發、應用和論證的懲罰原則，被梅蘭希頓這位更冷酷的天才發展成一個明確的理論體系。由於缺乏路德那種對於自身力量和教義之絶對成功的自信，他更加渴望用武力取得勝利。起初，像他的導師一樣，他過于優柔寡斷，反對使用嚴厲手段對付茨威考的先知；但當他看到異議的萌芽在生長，統一的路德教派逐漸解體時，他為自己不合時宜的仁慈感到後悔。他毫不遲疑地堅持懲罰的責任，不惜冒着將武器交給宗教改革之敵的危險。他承認這種危險，但是他否認他們有這種權利。他認為天主教國家也許可以公正地施加懲罰，但是只能懲罰謬誤。它們必須採用路德教徒改採用的同一標準，然後才可以正當地懲罰也為路德教徒所懲處的人。世俗權力沒有權利為了把自己從四分五裂、人心不穩的危險中拯救出來而鎮壓一種宗教。對事實和危險的判斷，必須由教士而不是世俗官員做出。罪行不在於異議，而在於謬誤。因此，梅蘭希頓雖然要求天主教徒的幫助，卻拒絶承認他們的學說和實踐。因為天主教時代一切不寬容行為的基礎都是兩種想法的結合：叛教是有罪的；國家沒有能力維持其權威，因為社會中一部分人的道德意識反對它。因此，宗教改革者讚賞天主教徒的不寬容，甚至鼓勵它，儘管他們自己的懲罰原則與它既不相關，也不相類。假如簡單地接受帝國的有關宗教統一的中世紀理論遺產，他們就成了它的受害者。他們斷言，惟有懲罰謬誤，亦即純粹為了宗教，懲罰才是正當的。據此，他們手持盾牌，揮劍刺向他們欲滅之而後快的教派。對於鎮壓某些教派，他們比天主教徒還要積極。不論我們將新教不寬容的根源歸因于宗教改革的理論還是它的教派利益，它都同天主教時代的傳統或天主教的影響毫無干係。在此之前天主教徒所實施的一切嚴厲措施都有一個實際的原因；但是新教的懲罰建立在純粹臆斷(speculative)的基礎之上，部分由於《聖經》先例的影響，部分由於新教教派的假想利益的驅動，它從不承認排除異議是國家的政治權利，但是主張壓制謬誤是它的政治義務。因而，說新教徒師從天主教徒學會了懲罰，或說他們因為復仇而施加懲罰，同樣是錯誤的。因為他們的懲罰理論建立在非常不同的、自相矛盾的基礎之上，他們甚至承認天主教徒有懲罰新教教派的權利。

梅蘭希頓教導說，分裂的教派應當用刀劍翦滅，新觀點的提出者應處以死刑。他細緻地論證道，這些嚴厲措施是必要的，其原因並不是存在着針對國家的危險，或不道德的教說，甚至不是那些削弱教會組織的政權或制約其行為的分歧，而僅僅是因為新教神學中不同的分歧，不論這個分歧是多麼的細微。塔預設為異教徒亦有得救的可能性；施文克菲爾特教誨說，上帝與人類交流的渠道，是心靈的內在啟示與恩寵，而非成文的經典；茨溫利派對聖餐的含義持一種不同的見解——所有這些人的下場比狂熱的再洗禮派好不了多少。據說，國家維持政治社會秩序的那些法令有多麼嚴厲，它就必須用相同的嚴厲手段來維護這個第一位的法律。教會的統治受世俗官員的管理，因此執行宗教命令也是他們的職責。宣佈何謂正統宗教觀念和律法的權力，也掌握著貫徹這種正統和律法的利劍。除非借助于世俗權力，宗教權威不可能存在。教會與國家融為一體；但是反過來說，國家的法律也被等同手宗教戒律。

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