一個世俗法庭就是根據這些原則判定塞爾維特有罪，前者並不具有支配後者的權威，也沒有對其犯罪的管轄權。因此，懲罰史上的這次最大膽、最具革命性的行為，受到梅蘭希頓的高度讚揚。他宣稱這對後世來說是個極有益的範例，而不理會並不如此看待的人們。不錯，由於否定基督的神性，塞爾維特易於被改革者們較平時更嚴厲地指控為褻瀆神明。但是天主教徒並不是這樣的。他們並不像某些教派那樣代表着瓦解新教的因素，他們的大部分教義為改革者們所承認。他們並不反對現存的權威；也不需要任何新的特殊保護，他們僅要求信仰的改變不應是強制性的。然而梅蘭希頓認為他們也應被剝奪法律的保護，因為他們崇拜偶像。他為此採用了一個咄咄逼人的不寬容原則，這在當時對基督教世界來說是新鮮的。當天主教平信徒的狂熱超出了合法的範圍，這一原則曾經成為天主教教會的教皇和公會議譴責的對象。中世紀迫害的血腥程度遠甚于新教徒施加的迫害。各種各樣的事情曾成為它的導因，各種各樣的論證曾為它辯護。但是新教徒據以鎮壓天主教徒的這個原則是新鮮的。天主教徒從未承認過絶對寬容的理論，這個理論起初為路德，後來為某些教派闡述過。在原則上，他們與新教徒在寬容問題上的差別，正如在不寬容問題上的差別一樣大。他們鎮壓了諸如阿爾比派(the Abigenses)那樣意在顛覆基督教社會結構的教派。在以宗教統一為基礎的國家裡，在這種統一構成了其法律和行政之必要組成部分的國家裡，他們剝奪了不同宗教的存在權利。他們走得更遠，懲罰了教會所指責的叛教者；這些做法所要維護的，在前一種情況下不是社會的道德基礎，在後一種情況下也不是國家的宗教根基，而是教會的權威和教義的純潔，這才是他們所依靠的社會及政治秩序的支柱和保障。當國家的一部分臣民選擇了另一種教義時，無論他們是猶太人、阿拉伯人、異教徒還是裂教者，他們一般都被寬容對待，享有財產權和人身自由，但不享有政治權力或自治權力。他們被拒絶給予政治自由，因為他們不接受作為政治自由基礎的共同的義務觀。然而，這個立場是站不住腳的，是動亂的根源。新教徒能夠以類似的方式為幾種懲罰找到理由。他們可以將索齊尼派(the Socinians)列入瀆神者之列；而褻瀆神明，同嘲弄聖物一樣，都瓦解尊敬與畏懼，導致社會的毀滅。他們可以爭辯說，再洗禮派是革命的狂熱分子，其教義對世俗秩序具有顛覆性；某些教理派(dogmaticsects)可能會破壞新教世界自身內部的宗教統一。但是，他們將不寬容的必要性建立在宗教謬誤的簡單基礎之上，並以此對抗他們曾經拋棄的教會，從而採用了一個純主觀的檢驗標準，一個十足革命性的學說。正是依據上述理由，那種認為天主教徒和新教徒之間的不寬容乃是出於報復的觀點，是站不住腳的。天主教的不寬容是從過去的時代繼承下來的。那時仍存在着統一教會，而維護這種統一對社會的統一至關重要，因此它不僅是環境的結果，也是國家存在的必要條件。相反，新教的不寬容是教義學說的獨特產物，它的內容和原則不同於天主教徒中實際存在的不寬容的內容和原則。西班牙人的不寬容所造成的流血遠非瑞典人所能比；但是在西班牙，存在着一些與宗教利益無關的重大的政治與社會原因使懲罰成為正當，並不需要找任何教義的支持；而在瑞典，所有這些習慣因素或是不存在，或是反對實施懲罰，因此除了宗教改革的理論，別無其他懲罰的正當理由。新教理論曾為天主教徒改採用的惟一事例，就是《南特敕令》的廢除。

晚年的梅蘭希頓不再是一個嚴格的路德主義者，先前不可妥協的立場有所鬆懈，並反對在細微的神學分歧上錙銖必較。他將這兩類情況區別開來，一類是需要懲罰的謬誤，另一類是現實中無關緊要的多樣性。在瑪麗·都鐸統治時期，英國的一些加爾文主義者到德國避難。他們受到比梅蘭希頓更嚴格的路德派人士不友好的對待。有人請教梅蘭希頓應採用何種方針對待避難者，他建議寬容。但是使他深感厭惡的是，無論在韋瑟爾還是法蘭克福，他的建議都被拒絶了。

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