茨溫利去世後不久，利奧·尤德要求對天主教徒採取更嚴厲的措施，可是又明確表示他們夠不上死罪。他說：「逐出教會的懲罰很容易執行，無需執掌刀劍的國家去做，犯下的過失還沒有嚴重到要以死刑相威脅的地步。」[9]後來他對針對異議者採取的嚴厲措施是否適當也表示懷疑，但是他的教友布林格(Bullinger)和卡庇托成功地消除了他的良心不安，並使他默許了這種不寬容措施。他的傳記作者說，對新教教會而言，這種不寬容乃是個生死攸關的問題。就像茨溫利一樣，布林格對於這個問題所持的態度比德國一般態度更實際。他認為，嚴密防範宗教分歧的發生，比用火和劍去解決它們更加妥善；他說：「因為在這種情況下，受害者將自己比作早期的殉道者，將所受的懲罰用作辯護的武器。」[10]然而，他沒有禁止針對異端邪說者的死刑。1535年，他提出了處理宗教謬誤的觀點，口吻極其溫和。他在這篇文章中說：「在教會中製造分裂的一切教派皆應禁止，不只是對再洗禮派這種旨在顛覆社會的組織應當如此，因為秩序與統一的瓦解在開始的時候往往表現為似無大礙或不易察覺。應當溫和地審查有罪者。若其天性善良，將不會拒受教導；即使不是這樣，仍應示之以耐心，直至完全無望使其改邪歸正。而後方可像對待其他罪犯一樣，把他交付刑吏或劊子手。」[11]此後的蘇黎世再無人因信仰而被處死，而且即使是在茨溫利時代，被處死者的人數與其他地方相比也是相當少的。但是人們仍然認為，對證據確鑿的異端分子應當處死。1546年，在答覆教皇的特蘭托會議邀請信時，布林格憤怒駁斥了瑞士的新教各州是異端地區的暗示，「因為，仰賴上帝的恩寵，我們一直把異端分子和雞姦者付諸火刑。我們以恐懼的心情看待他們，過去如此，現在仍然如此。」[12]對異端的這次譴責點燃了宗教改革者迫害異端的狂熱，這是為了向天主教徒表示，他們決不同情異端分子。基于這些背景，布林格建議處死塞爾維特。「如果高等法院使他得到一個卑劣的瀆神者應得的下場，整個世界都將看到，日內瓦人民憎恨瀆神者，他們用正義之劍懲罰頑固不化的異端……高度的忠誠與警惕是必需的，因為我們的各教會在國外聲名不佳，彷彿我們就是異端分子和異端邪說的擁護者。現在神的天意已賜給我們一個洗刷不白之冤的機會。」[13](12)此事過後，他建議加爾文證明它的正當性，因為有些人對此感到惶惑。他說：「無論何處都有這樣的優秀人物，他們確信，不信上帝者和瀆神者不僅應受到譴責和監禁，而且應處以死刑……我看不出塞爾維特如何能被寬宥。」[14]

俄科蘭帕迪烏斯對這些問題有着獨特而不同尋常的立場。他惟恐國家侵佔教會的職能，因而設計了一個部分由世俗官員、部分由教士組成，一共12人的長者議事會，由它來管理教會事務。他說：「許多事情由世俗權力予以懲罰，不能達到教會的尊嚴所要求的嚴厲程度。相反，它又懲罰得到教會寬宥的懺悔者。它或者由於放縱罪犯而劍刃鏽蝕，或者由於嚴刑峻罰使人們對福音書心懷不滿。」[15]然而，巴塞爾人民不理會這位改革者的言論，和其他地方一樣，這裡的世俗權力也攫取了教會的權位。與這種對政治干涉的妒恨相一致，俄科蘭帕迪烏斯對再洗禮派非常仁慈，他說：「嚴厲的刑罰可能導致更多的邪惡，而寬恕總是治病救人的良藥。」[16]然而，幾個月後，他又為這種寬宏大度而反悔。他在給一個教友的信中寫道：「我們感到有時表現了太多的寬恕；但是這要好於實施暴政或放棄教會的作用。」[17]另一方面，他在為驅逐天主教徒而歡呼的同時，也真誠地為天主教迫害者的行為辯護。「在教會的早期歲月，當基督的神性通過奇蹟展示于世界時，上帝就指導使徒們嚴懲不敬神者。當神蹟消失，信仰被普遍接受時，他贏得了君主和統治者的心靈，因此後者開始用劍去保護教會的仁愛與耐心。他們嚴厲懲治蔑視教會的人，以履行自己的義務。」[18]他繼續說道： 「教士們的殘暴是因為他們僭取了本應和其他人分享的權力；既然人民害怕教會權威的這種暴政卷土重來，新教教士最好不要行使賦予他們的開除教籍之類的權力。」

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