加爾文作為一個專制君主國的臣民和一個共和國的精神領袖，他關於國家的目的及其對教會的義務的思想，不同於德國及瑞士改革者。作為一個被逐出祖國的人，他拋棄了君主制的想像和習慣。在定居瑞士之前，他關於戒律和教義的思想便已成熟。他的學說不是依據現有事實，亦非根源於歷史，而是純理想的和思辯的，因而較他人的學說更具有一致性和靈活性。路德的政治思想囿於他生活于其中的君主專制制度。茨溫利的政治思想受到本國民主形式的影響，這種民主形式給予每一個公民任命統治機構的權利。加爾文不受這些因素的影響，他只關注如何實現自己的教義，不管是利用現存權威，還是把它們打翻在地。在他看來，教義的利益至高無上，促進它們是最高的義務，阻礙它們是不可饒恕的犯罪。在凡人的制度中沒有任何東西、任何權威、任何權利與自由值得他去維護，或能夠喚起他的崇敬感或義務感。在他的理論中，維護宗教真理就是國家的目的和職責，因此國家不能控制教會，而是必須保護和服從教會。宗教中第一位的和最重要的信條是，維繫道德是政府的一個重要職責，但是保護教義的純潔是它的最高職責。這種理論的結果就是建立了一個純粹的神權政體。加爾文教導說，如果世上只有選民，政治秩序並無存在的必要，再洗禮派否定它便是正確的；但是選民只是少數，有罪的棄民卻熙熙攘攘，對他們只能用刀劍實行強制，這樣才能使整個世界服從真理。他期望用刀劍推行宗教，但是將死刑留作對叛教者的懲罰；由於這項法律也包括被加爾文視為真理背叛者的天主教徒，因此他把它的適用範圍進一步縮小，只適用於背叛其共同體的人。他說，這樣天主教徒便沒了報復的藉口；就像對待猶太人和阿拉伯人一樣，必須允許他們活着；死刑只用來懲罰那些墮入謬誤的新教徒；但是它同樣適用於那些改宗天主教或加入某些宗派而失去信仰的人。只有在他的言論不會成為攻擊新教徒的藉口的情況下，以及在他那些無意發表的書信中，他才表示天主教徒應當受到和叛教者一樣的處罰。他的根據是，上帝的威嚴如同國王的王位一樣，必須受到嚴格的保護，對冒犯者要嚴懲不貸。

若保護真理是把權力授予君主的目的，這自然也應是他們保有權力的條件。在1688年革命很久之前，加爾文就斷言，否認真正信仰的君主，等於「放棄」了自己的王冠，不應再受到服從；任何違背新教利益的誓約皆不具有約束力。他極力醜化同時代的君主，祈求上帝毀滅他們。然而，對於他的教友反叛君主的行為，只要他對其成功深表懷疑，他便一概予以譴責。但是，他的原則常常比他的勸阻更強大，他難以阻止法國的屠殺和反叛運動。在他死後，再無他人能加以阻止。顯然，他讓世俗權力服從宗教的學說，比路德給予國家支配教會的絶對權力的理論，對寬容更加有害。同路德一樣，加爾文也積極主張，不論統治方式如何，人們都有服從統治者的義務。他一貫宣稱，不可基於政治原因反抗暴政，世俗權利不可凌駕於政府的神聖權力之上；只有為此目的而設的特殊機構除外。如果沒有此類機構，或這些民意機構失去了獨立性，便不存在什麼保護措施了。這就是宗教改革者的政治學說中最重要的核心特徵之一。由於使保護宗教成為政府的主要事務，他們看不到政府更迫切和更普遍的義務，並導致國家的政治目的消失在它的宗教目的之後。在他們看來，評價政府的統一標準就是看它對新教教會的忠誠。如果它達到了這個要求，其他對政府的指控將一概不予理睬。一個暴君，只要是一名正統的教徒，就是不可反抗的；一個賢君，只要疏於履行這個最重要的信仰義務，就應被廢黜。可見新教既有利於專制，又有助于革命，它甚至願意為自己的利益而毀掉一個優良政府。它既顛覆君主國，卻又譴責那些為政治原因而從事顛覆的人；但是，儘管它所顛覆的君主國有些是專制的，所阻止的叛亂有些是革命的，它所保護或力求建立的政治制度，卻從來都不是公正和自由的，因為這種制度總是被賦予改變宗教信仰的職能，被授予這樣的責任：凡是不利於它履行那個基本職能的一切傳統的、社會的、政治的權利或權力，它統統都能廢除。

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加爾文在塞爾維特之死中所起的作用，迫使他更充分地發展了自己的異端懲罰觀。他寫了一部論述宗教裁判的小冊子，認為政府有義務鎮壓異端，任何否認宗教懲罰之公正性的人，本身就應受到懲罰。這本書由作為加爾文支持者的全體日內瓦教土署名。一般認為這是一次失敗。因為出現了一本表示反對意見的小冊子，它行文巧妙，以至在新教世界引起了很大的共鳴。這本如今極難覓見的著名小冊子，並不像有人認為的那樣，「包含着几乎在歐洲每個地方都取得了最終勝利的那些觀點的要素」；它也沒有鼓吹無條件的寬容。[19]但是它通過引述出現于加爾文《基督教原理》第一版，以後各版卻被刪去的主張寬容的言論，沉重打擊了加爾文。該書作者稱：「我們所引述的一些觀點作者後來有所改變。然而我們認為較早的觀點才是正確的觀點，因為這種觀點形成於宗教迫害的重壓之下。」[20]加爾文本人曾告訴世人，第一版旨在為那些被處死的新教徒辯護，旨在制止這種迫害。它是匿名發表的，自然闡發了寬容的諸項原則。

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