雖然該書並沒有譴責一切不寬容，雖然它極其溫和，加爾文及其同黨還是充滿了恐懼。巴薩(Beza)驚呼：「如果我們預設此人在序言中所叫囂的東西，基督教還能剩下什麼‧……自基督教誕生以來，還從未聽到過如此褻瀆神明的話。」[21]巴薩精心撰寫一書為加爾文辯護。[22]他駕輕就熟地引證那些贊成處死異端這種做法的所有重要改革者的權威著述，一一列舉了過去論述這些問題的著者們的觀點。他用比加爾文更為系統的手法，首先將非基督徒——猶太人、土耳其人和異教徒——排除在外，他的研究不涉及這些人：「在基督徒中間，有些是分裂派，他們的罪惡在於破壞教會的秩序；有些是不服從教會的，他們拋棄了他的教義。在他們之中，一些人由於無知而犯錯；如果他們的錯誤並不嚴重，如果他們沒有益惑他人，則無需懲罰。」[23]「但是頑固不化的異端分子比弒父者要壞得多，即使悔改，也應處死。」「懲罰他們是國家的義務，因為整個宗教秩序是由政治秩序支撐的。」[24]早期，這種權力是由世俗統治者行使的；他們召集會議，懲罰異端，宣傳教義。後來，教皇制興起於邪惡的年代，這雖是一個巨大的災難，但是較之以仁慈和寬容之名為之辯護的無政府狀態，它仍然要好上一百倍。

塞爾維特被定罪的環境，為宗教改革者們抽象的不寬容提供了一個最恰當、最典型的實例。塞爾維特沒有任何政治犯罪，他不是日內瓦的居民，而且即將離去。他沒有任何不道德的行為，他甚至不是絶對寬容的擁護者。拘捕他時，天主教徒與新教徒之間正進行着一場關於哪一方最熱心于肅清謬誤的爭論。加爾文很早以前就宣稱，如果塞爾維特來到日內瓦，他不會活着離開。因此加爾文竭力使維也納的宗教法庭認定塞爾維特有罪。在日內瓦，他渴望那會是個死刑判決，並且受到瑞士一些教會，特別是巴薩、法雷爾、布林格和殉道者彼得的鼓勵。因此，所有的新教權威人物都同意，處死一名作者是公正的，因為這一案件中，不存在任何不寬容的次要動機。塞爾維特不是一個宗派領袖，他也沒有有可能破壞教會的安寧和統一的信徒。他的教義是思辨的，並不像路德教那樣對民眾具有吸引力，也沒有對道德有顛覆作用，或像再洗禮派教義那樣直接影響社會生存的結論。他與日內瓦無怨無仇。假如他在別處被處死，那裡的迫害者將歡欣鼓舞。哈勒姆(Hallam)說：「培爾對這場爭論有出色的評論。」[25]培爾的評論如下：「只要新教徒發出抱怨，他們總能得到加爾文和巴薩所授權的世俗官員的響應。直到今天，沒有哪個心地善良的人對這場argumentum ad hominem(不許對方反駁的辯論)不抱反對態度。」

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對新教改革者的寬容觀的起源及其相互關係的探討，並不涉及這場宗教改革或懲罰行為的功過問題。我們所描述的那些理論，並沒有影響到那些對宗教懲罰的正當性有好感的人，它們對教義之爭沒有任何影響。凡是贊同人們享有良知自由這一早期教會原則，因而譴責一切不寬容行為的人，對天主教徒和新教徒會同樣發出指責。在我們看來，有些人由於堅信自己不但有信仰真理的權利和義務，而且有宏揚真理的權利和義務，他們在追求這一原則上走得太遠，以至于走到了它的反面。這種人既贊同新教徒又贊同天主教徒的行為，除非他們把懲罰的正義性建立在所維護的教義真理的基礎上，而在這種情況下他們就會分道揚鑣。此外，由於對實際刑罰殘酷性或是危險的錯誤理論感受更為強烈，這些人可能會把自己的憤怒集中在朗格多克和西班牙的天主教徒身上；而那些在評判原則時不是根據在它們的實現過程中偶然出現的細節，而是根據其基本義理的人，將會得出不同於新教徒的結論。然而，這些比較研究沒有多大價值。如果我們讚美寬容，我們必須牢記，西班牙的摩爾人和歐洲的土耳其人一直都比基督徒更寬容；如果我們贊同不寬容原則，並根據具體境況來判斷是否採用這一原則，那麼我們就必須承認，羅馬人比任何近代國家都更有理由實行迫害，因為借助傳統宗教而崛起的羅馬帝國面臨着這種宗教的衰落，而沒有一個基督教國家僅僅因為出現了不同的宗教而遭到顛覆。進一步說，這種比較也毫無道理，因為天主教的不寬容和新教的不寬容沒有任何共同之處。天主教以自由原則始，自由不僅是它的權利要求，而且是它的準則；在它成功地建立起統一的精神世界之後，外部的境況使它變得不寬容了，儘管它曾經宣稱過自由，曾經遭受過迫害。而新教則將不寬容視為一條強制性的律令，使它成為其教義的一部分，在它施加的嚴厲懲罰沒能阻止內部分裂的進程之後，受自己的處境所迫，它才不得不承認了寬容。

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