希爾雷思對1801年傑斐遜就職時兩種體制的鬥爭描繪如下：「從黨派界限清楚劃分的那一刻開始，反對派就已擁有數量上的優勢，惟有聯邦黨人超凡的精力、智慧和實踐技巧與之對抗。在華盛頓偉大而受人尊敬的名望以及無與倫比的影響力的支持下，他們得以支撐八年，度過一場艱苦卓絶的和不確定的鬥爭。聯邦黨以華盛頓和漢密爾頓為領袖，表現出經驗、審慎、實踐智慧、紀律、保守的理性和國家的本能。反對派以傑斐遜為首，表達着國家的嚮往、願望、理論——其中有不少熱情而不可行——特別是它的感情、它的好惡、它對於限制的不耐。聯邦黨人在狹小的地區佔有優勢，在這些地方，集中的人口造成並有助于維持制度的複雜性，以及對社會秩序的尊重。隨着人們有了更加密切的接觸，此二者成了生存更為絶對必要的因素。反對派的極端民主觀在所有更廣大的地區獲勝，那些地方人口分散，個人對奴隷家庭擁有專制權，從而使社會處于不成熟狀態。」[31]在多數沒有義務，少數沒有權利，凡是能做到的就屬合法的原則之下，出現各種措施，使合眾國一部分人的權利和利益受到最專制的壓迫，也就在意料之中了，因為對於他們不存在任何保障和救助。聯邦黨人深感憂慮，以致于漢密爾頓在1804年寫到：「傑斐遜的偏激觀點和對弗吉尼亞的抱負的嫉妒，在新英格蘭地區是對良好原則的並非微不足道的支持。但這些事情正在導致一種意見，即合眾國的分裂是有利的。」[32]

傑斐遜已為這種危險提供了事例，他在與布爾上校競爭總統職位時，就把自己的當選歸功于這些危險。他在1801年2月15日寫給門羅的信中說：「如果允許他們通過一項法律，把政府置於行政長官手中，他們必定會阻止選舉。但我們認為最好一勞永逸地、公開和堅定地宣佈，一旦那樣的法律獲得通過，中部各州便會武裝起來，一天也不會屈從于這場陰謀。」

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不久之後，發生了一件事，促使傑斐遜將他的原則付諸實踐。他改採用的方式使東北部各州大為恐慌。在拿破崙柏林條令和英國議會條令的影響下，他決定頒佈對所有美國船隻的禁運令。他給國會送去一份緊急咨文，參議院在關起門來辯論了四個小時後，批准了這項措施。眾議院的辯論也是秘密進行，但持續了好幾天，而且為取得分組表決常常延至深夜。法案于1807年12月22日通過。在這件事上聽不到公眾的聲音，那些受法案打擊最大的人們大驚失色。這為政府秘密和快捷的行為提供了一個明顯的事例，但這種政府通常並不以這些特性著稱。禁運令對於新英格蘭擁有船舶的州是重重的一擊。其他各州受此影響甚小。漢密爾頓說：「這個國家的自然條件似乎把它的各行業分為不同的階層。有海運的州和無海運的州。北部可以恰當地稱為海運州，南部似乎既不擁有海運工具，也不擁有航海精神。條件的不同自然導致利益和對外貿易觀點上的差異。」[33]

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於是，這條法律，在北部那些州招來一片怒斥。馬薩諸塞的昆西在眾議院宣佈：「讓新英格蘭人民離開海洋，就像不讓江河奔流人海一樣不合情理。他們不相信任何這類法律的合法性。他可能被告知法庭已經解決了那個問題。但在法庭上裁決了一個問題是一回事，在人民面前裁決它是另一回事。」[34]

即使從司法觀點來看，制定這種法律的權利也是很可懷疑的，這件事是司通理第一次參與公共事務，他說：「我認為禁運令是在憲法之下走到了立法權極限的法案。它處于憲法的最邊緣。」[35](34)

後來在南方派手中變得十分重要的州權原則或州拒絶執行的原則，在這件事上因為北部的利益而得到了清晰的表達。康涅狄格州長卻穆伯爾召集立法會議，他在開幕詞中稱，在緊急關頭，當國家立法機關踰越其憲法權力時，州議會有權利和責任「在人民的權利和自由與聯邦政府所稱的權力之間插入他們的防護盾牌。」[36]

他們更進一步，準備從合眾國退出，而這給了反對派後來在十分相似的場合加以效仿的先例。倫道夫警告行政機構，它們正在很快地重蹈諾思勛爵的覆轍。[37]

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