拂曉時分，拉納的第五軍和跟在他後面的近衛軍向前推進，清除了克羅維茨和魯茨羅達兩村中的薩克森部隊，霍恩洛厄便將其餘部隊和呂歇爾軍從卡皮侖多夫調上來，在高原上集結了 4.7萬人。他依靠這些兵力攻佔了依塞爾斯塔特和維爾柴恩——海里根之間的另一道山脊，激戰隨即爆發。上午 9時，內伊率第六軍趕到，此時曉霧已經消散。內伊本來奉命在拉納的右側展開，但當他發現拉納的左側空虛時，他便不顧一切地迅速衝到那裡，一舉攻佔了要地維爾柴恩—海里根村。
會戰全面展開了。拿破崙現已集中了 7.5萬人對付霍恩洛厄的 4.7萬人，並親自指揮督戰。普軍作戰雖然頑強，但動作遲緩，法軍步兵在機動性和主動性方面均遠勝普軍。法軍炮兵的運用也較普軍有效，與步兵的協同也較普軍密切。
下午 3時左右，普軍已潰不成軍，繆拉的騎兵跟蹤追擊，直撲魏瑪和愛爾福特。拿破崙以為他已擊敗了整個普軍，其實他只不過粉碎了擔任不倫瑞克軍團側衛的霍恩洛厄部而已。
普軍因在薩爾費爾德和施萊茨受挫，現在又受到法軍右翼向格拉和瑙姆堡迂迴前進的威脅，普魯士國王和不倫瑞克公爵決定經梅澤堡和哈雷退回交通綫。到 10月 13日夜，其主力從愛爾福特和魏瑪向北行軍到達耶拿以北14英里的埃卡茨貝加。再由東北的一條主要幹道在柯森隘路處跨越薩勒河後再通往瑙姆堡。10月14日清晨，普軍繼續通過埃卡茨貝加和奧爾施泰特向瑙姆堡撤退。

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進攻的前衛由施米圖師和布呂歇爾的騎兵師組成。晨霧升起時，普軍前衛在奧爾施泰特東北 4英里的哈森豪森村附近遭遇了一支法軍縱隊的先頭部隊，隨即爆發一場激戰。原來，他們碰上了達武第三軍的前衛。當時達武根據貝爾蒂埃的命令，正從瑙姆堡出發，先頭師于上午 6時在狹窄的柯森隘路未遇抵抗即順利渡過薩勒河，2小時後抵達哈森豪森。
此時大霧瀰漫，不倫瑞克軍團正在北撤，普軍先頭部隊施米圖師與達武軍的先頭部隊古丁師在此遭遇。施米圖師得到了布呂歇爾騎兵師的支援，後者向法軍縱隊衝鋒，而法軍縱隊則組成方陣自衛。達武趕緊將後面的兩個師部署在哈森豪森和奧爾施泰特之間，戰鬥全面展開了。在這節骨眼上，不倫瑞克公爵趕到了，他立即派沃騰斯勒本和奧林奇親王兩個師增援施米圖和布呂歇爾，這樣普軍便以其主力與達武一個軍會戰。

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然而，這位公爵卻中彈犧牲，施米圖也同時陣亡。普王到達後指揮衝鋒，但普軍陣腳已亂。達武把火炮架在松納貝格山山脊上對著奧爾施泰特谷地縱射，普軍增援隊像刈草一樣紛紛倒下。於是，普王下令退往魏瑪，但這樣做反而增加了混亂，因為其撤退的隊伍碰上了從耶拿戰場敗下陣來的幾千名逃兵，他們正遭到繆拉騎兵的追殺。
法軍一直追擊到很晚才收兵。
法軍在耶拿和奧爾施泰特的二次大捷使普魯士陸軍作為一個戰鬥實體受到了致命打擊。但是，拿破崙的這次成功卻不像在奧斯特裡茨那樣是靠高明的戰術機動贏得的。他在敵軍近在咫尺的情況下，冒險讓 4個軍及其近衛軍擁擠不堪地從狹窄的耶拿隘道通過是很不合理的。如果敵人機警而又有膽量的話，拉納軍或許已被殲滅了，其他各軍也有可能被各個擊破。
由於在蘭德格拉芬山上，拿破崙自以為與其對陣的是普軍的全部兵力，因此他對部隊的這種高度集中就十分危險。他以 7.5萬之眾的有生力量擊敗霍恩洛厄分批投入的 4.7萬人的兵力也並非什麼驚人之舉。比較而言，達武在奧爾施泰特所取得的成就倒是值得讚歎的，他僅以2.6萬人擊潰了4.5萬普軍，這才是一場硬仗。
由此可以看出，拿破崙在耶拿戰役中的成功主要是由於普軍指揮官的無能。首先在戰略上，普軍將左翼和後方交通綫都暴露在薩勒河谷和薩克森邊境之間拿破崙所實施的迂迴行動之下；其次在戰術上，他們忽略了扼守薩勒河在耶拿和瑙姆堡之間的各個渡口。假如普軍拚死抵抗，拿破崙是很難使其營方陣渡過水深流急的薩勒河的，而且如果普軍奪取並守住了柯森隘路的話，那麼達武也几乎不可能到達奧爾施泰特。
法軍這兩次大捷的戰利品是非常可觀的，俘獲的普軍有 2.5萬人，野炮200門，軍旗60面。此後，普軍方面便几乎沒有什麼抵抗，而拿破崙終於在開戰 3周之後，耀武揚威地進入了柏林。途中，他在波茨坦逗留了 3天，從逍遙宮拿走了弗雷德里克大帝的寶劍和軍功章，並將它作為戰利品送給了巴黎殘廢軍人院。
4建立華沙大公國拿破崙進入柏林之後，繼續揮兵追殲潰散之敵。霍恩洛厄親王經馬格德堡撤退，在普倫茨堡被繆拉截住，于10月 28日率 1.6萬人投降。
布呂歇爾雖狡猾，但仍不敵貝爾納多特和蘇爾特經呂貝克的圍追堵截，終於11月7日在波羅的海邊的特拉弗朗德附近，被迫與1萬名普軍一起放下武器。呂貝克被法軍攻陷並遭洗劫。次日，克萊斯特也率 2萬守軍連同馬格德堡要塞向內伊投降。儘管普魯士國王早已在休戰協定上簽了字，但拿破崙卻不予理會，照樣揮兵入侵普屬波蘭，以便對抗俄國人。
當時，俄國人正急於為奧斯特裡茨戰敗雪恥。他們派了兩支俄軍，總計9.1萬人，分別由本尼格森和布克斯霍夫頓率領，開始向法軍逼近。

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