12月25日這一天，達爾文是在納希亞村過的聖誕節。次日，他同謝利萬和布希貝一起，坐上一隻小船，沿著卡瓦卡瓦河逆流而上，觀賞美麗的風光。後來這三位旅遊者訪問了幾個村莊，觀看了一個地方酋長女兒的葬禮，查看了一些石灰岩之後，就于當天回到了艦上。12月30日，「比格爾」號離開了群島灣，駛向澳大利亞的悉尼。
7澳大利亞——悉尼「比格爾」號于1836年 1月 12日抵達澳大利亞，在悉尼海灣拋了錨。由於晚上達爾文在這個城市散了步，所以感到非常高興。在幾十年中，這裡真的興起了一座嶄新的城市，市內有許多寬大的正規街道，還有許多兩三層樓高的石屋和商店。像在任何地方一樣，在這裡達爾文也組織了一次到內地去的旅行。
他僱了一名嚮導和兩匹馬，到一個叫做巴瑟斯特的村鎮去，這個村鎮離城大約有 120海里，從前是一個大畜牧區的中心。
達爾文沿著一條非常漂亮的石子路，很快地往前走，這條路是靠放逐到澳大利亞的那些苦役犯的強迫勞動修築起來的。它周圍的風景很單調，只有一個稀疏的樹林和一片細弱而泛白的綠草。因為這裡樹葉的側面都是垂直地向太陽長着，所以沒有蔭涼，傍晚時分，達爾文遇到了二十多個澳大利亞當地人，他們的樣子都很善良，並向達爾文顯示了驚人的投擲鏢槍的技藝。澳大利亞人的文化水平和聰敏程度要比火地人高一些，雖然他們過的是一種漂泊不定的生活方式，他們不種地，不蓋房，也不牧羊。

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酒類的輸入，歐洲人帶來的各種疾病在當地人中間的傳播，以及對當地人所食用的野生動物的捕殺，都使得殖民地的土著人數迅速減少。其中某些病如麻疹，對他們的危害特別大。達爾文在《考察日記》中激憤地寫道：「只要歐洲人一到那裡，死亡就無不立即摧殘着當地的居民。」1月17日，達爾文渡過尼比翁河，很快就到達了藍山山腳，藍山是超出海濱低地的砂岩高地。
從高地往下看，下面是一片十分廣闊的森林，風景非常美麗。尤其漂亮的一些地方，是從樹林右邊突然展現出的深達四百多米的那個大山谷，山谷的懸崖峭壁完全是筆直地挺立着。

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懸崖峭壁的底部的土地上長滿了茂密的樹木。
達爾文離開了高地，穿過芒特·維克托里亞通道，來到了一個樹木更加稀少的樹林和綠草更為茂密的地方後，在邊區的一個養羊場停了下來。在這裡他捕捉袋鼠，但沒有捉到，而只是弄到了一隻小家鼠：他觀看了一些白鸚鵡和其他一些鳥，使他感到滿意的是，他看到了一些一會兒在水面上嬉戲，一會兒又潛入水中的鴨嘴獸。
達爾文躺在一個水塘的岸邊，思索着澳大利亞的動物不同於世界上其他地方的動物的那種奇怪的特性。他在《航行日記》中寫道：「一個什麼宗教都不信仰的人，可能會感嘆地說：在這裡肯定有兩種不同的創造者在工作；但是他們的工作對象是相同的，他們在每一場合下的目標都完全達到了。”除了澳大利亞的哺乳動物的動物群不同於世界上其他地方的動物群的這些區別以外，他還發現了一個例外的情況：他在自己的腳下看到了一個圓錐形的深坑，這是蟻獅設下的典型的陷坑，他觀察了蟻獅幼蟲捕捉蒼蠅和螞蟻的情況，蟻獅幼蟲從陷坑的深處射出一股股沙子，迫使那些吃力地順着沙粒流動的坑壁向外爬的昆蟲流到自己跟前並成為自己的犧牲品。不過這種陷坑要比歐洲通常的陷坑小一半，可能是供當地特有的那種蟻獅用的。
達爾文進一步思索：“不信教的人現在對這種情況將說些什麼呢？能否認為有兩個創造者，他們每一個都發明了這種如此美觀、如此簡單、同時又如此精巧的裝置呢？不可能這樣認為。無疑，創造世界的是用一隻手。也許地質學家會說出一種推測，說什麼創造的時期是各不相同的，這些時期在時間上彼此距離很遠，並且創造者在其工作中有所間斷。」
1月20日，達爾文繼續前進，這一天非常悶熱，從沙漠裡刮來的風吹得塵土飛揚。他到達了旅行的目的地——巴瑟斯特。當時很乾旱，草地變成了褐色，河流完全乾涸，很多幼小的果樹和葡萄樹都已死去。歸來的路上沒有什麼特別的東西。
1月30日，「比格爾」號駛向塔斯馬尼亞，于 2月 3日到達那裡。塔斯馬尼亞的當地人曾經對英國人進行過拚命的抵抗，這時已經被征服了，並被遷移到一個孤島上，接着他們在那裡就很快地死光了。
在塔斯馬尼亞停留的10天中，達爾文經常出去遊覽，主要從事地質學的研究。他在自己的筆記中提到，他曾在這裡登上了一座不高的惠靈頓山，山上長滿了茂密美麗的植物，要穿過這些植物是極其困難的。除了高大的桉樹外，這里長得非常茂密的像樹一樣的蕨類植物尤其使達爾文感到驚訝。3月6日，「比格爾」號駛抵澳大利亞最西南角的喬治亞灣。
在這裡「比格爾」號只停了八天，達爾文認為，在旅行期間他從來沒有這樣無聊過。因為這裡的植物單調而貧乏，在這裡任何有意義的觀察都沒有，這就使得達爾文不想再到附近去考察。只有當地人舉行的那種粗魯的但卻並非尋常的「柯羅別利」舞會，還使人感到有某種民族文化習俗的趣味。

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