初，薙發令下，諸生許用德者，以閏六月朔懸明太祖禦容于明倫堂，率眾拜且哭，士民蛾聚者萬人，欲奉新尉陳明選主城守。明選曰：「吾智勇不如閻君，此大事，須閻君來。」乃夜馳騎往迎應元。應元投袂起，率家丁四十人，夜馳入城。是時城中兵不滿千，戶裁及萬，又饟無所出。應元至，則料尺籍，治樓櫓，令戶出一男子乘城，余丁傳餐。已，乃發前兵備道曾化龍所制火藥火器貯堞樓。已，乃勸輸巨室，令曰：「輸不必金，出粟、菽、帛、布及他物者聽。」國子上舍程璧首捐二萬五千金。捐者麕集。於是圍城中有火藥三百罌，鉛丸、鐵子千石，大炮百，鳥機千張，錢千萬緡，粟、麥、豆萬石，他酒、酤、鹽、鐵、芻、藁稱是。已，乃分城而守：武舉黃略守東門，把總某守南門，陳明選守西門，應元自守北門，仍徼巡四門。部署甫定，而外圍合。

時大軍薄城下者已十萬，列營百數，四面圍數十重，引弓仰射，頗傷城上人。而城上礧炮、機弩乘高下，大軍殺傷甚眾。乃駕大炮擊城，城垣裂。應元命用鐵葉裹門板，貫鐵縆護之；取空棺實以土，障隤處。又攻北城，北城穿。下令人運一大石塊，于城內更築堅壘，一夜成。會城中矢少，應元乘月黑，束藁為人，人竿一燈，立陴間，匝城，兵士伏垣內，擊鼓叫噪，若將縋城斫營者。大軍驚，矢發如雨；比曉，獲矢無算。又遣壯士夜縋城入營，順風縱火；軍亂，自蹂踐相殺死者數千。

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大軍卻，離城三里止營，帥劉良佐擁騎至城下，呼曰：「吾與閻君雅故，為我語閻君，欲相見。」應元立城上與語。劉良佐者，故弘光四鎮之一，封廣昌伯，降本朝總兵者也。遙語應元：「弘光已走，江南無主，君早降，可保富貴。」應元曰：「某明朝一典史耳，尚知大義。將軍胙土分茅，為國重鎮，不能保障江淮，乃為敵前驅，何面目見吾邑義士民乎？」良佐慚退。

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應元偉軀幹，面蒼黑，微髭。性嚴毅，號令明肅，犯法者，鞭笞貫耳，不稍貰；然輕財，賞賜無所恡。傷者手為裹創，死者厚棺斂，酹醊而哭之；與壯士語，必稱「好兄弟」，不呼名。陳明選寬厚嘔煦，每巡城，拊循其士卒，相勞苦，或至流涕。故兩人皆能得士心，樂為之死。

先是，貝勒統軍略地蘇、松者，既連破大郡，濟師來攻。面縛兩降將，跪城下說降，涕泗交頤。應元罵曰：「敗軍之將，被禽不速死，奚喋喋為！」又遣人諭令：「斬四門首事各一人，即撤圍。」應元厲聲曰：「寧斬吾頭，奈何殺百姓！」叱之去。會中秋，給軍民賞月錢，分曹攜具，登城痛飲；而許用德制樂府五更轉曲，令善謳者曼聲歌之，歌聲與刁斗、笳吹聲相應，竟三夜罷。

貝勒既覘知城中無降意，攻愈急；梯衝死士，鎧冑皆鑌鐵，刀斧及之，聲鏗然，鋒口為缺，炮聲徹晝夜，百里內地為之震。城中死傷日積，巷哭聲相聞。應元慷慨登陴，意氣自若。旦日，大雨如注。至日中，有紅光一縷起土橋，直射城西。城俄陷，大軍從煙焰霧雨中，蜂擁而上。應元率死士百人，馳突巷戰者八，所當殺傷以千數；再奪門，門閉不得出。應元度不免，踴身投前湖，水不沒頂。而劉良佐令軍中，必欲生致應元，遂被縛。良佐箕踞乾明佛殿，見應元至，躍起持之哭。應元笑曰：「何哭？事至此，有一死耳。」見貝勒，挺立不屈。一卒持槍刺應元貫脛，脛折踣地。日暮，擁至棲霞禪院。院僧夜聞大呼「速斫我！」不絶口。俄而寂然。應元死。

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