他的思想包含着樸素辯證法因素，主要思想是「天道無為」，認為一切事物都在變化，他認為「道」是「先天生地」的，從「道未始有封」，莊子主要認為自然的比人為的要好，提倡無用，認為大無用就是有用。就像「一棵難看的樹被認為無用，有一個木匠要找一棵樹作房梁，但這棵樹太彎了，沒法做房梁；第二個木匠找樹做磨的握柄，要彎的，但這棵樹太難看了，又沒辦法；第三個木匠要做車軲轆，但這棵樹長得不行，從某方面講是無用的。但從莊子的角度看，無用就是有用，大無用就是大有作為，所以莊子提倡無用精神（即“道」是無界限差別的），屬主觀唯心主義體系。「道」也是其哲學的基礎和最高範疇，即關於世界起源和本質的觀念，又是之人認識境界。主張「無為」，放棄一切妄為。又認為一切事物都是相對的，因此他否定一切事物的本質區別，極力否定現實，幻想一種「天地與我並生，萬物與我為一」（《齊物論》）的主觀精神境界，安時處順，逍遙自得，倒向了相對主義和宿命論。在政治上主張「無為而治」，反對一切社會制度，擯棄一切文化知識。
莊子的文章，想像力很強，文筆變化多端，具有濃厚的浪漫主義色彩，並採用寓言故事形式，富有幽默諷刺的意味，對後世文學語言有很大影響。其超常的想象和變幻莫測的寓言故事，構成了莊子特有的奇特的形象世界，「意出塵外，怪生筆端。」（劉熙載《藝概·文概》）莊周和他的門人以及後學者著有《莊子》（被道教奉為《南華經》），道家經典之一。《漢書藝文志》著錄《莊子》五十二篇，但留下來的只有三十三篇。其中內篇七篇，一般定為莊子著；外篇雜篇可能摻雜有他的門人和後來道家的作品。

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《莊子》在哲學、文學上都有較高研究價值。研究中國哲學，不能不讀《莊子》;研究中國文學，也不能不讀《莊子》。魯迅先生說過：「其文汪洋闢闔，儀態萬方，晚周諸子之作，莫能先也。」（《漢文學史綱要》）名篇有《逍遙游》、《齊物論》、《養生主》等，《養生主》中的「庖丁解牛」尤為後世傳誦。

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