從理論上說，哥倫布仍然壟斷着對「印度」群島的發現權，但方塞卡頒發許可證給奧赫達允許他來這些地方活動的事實說明，費迪南和伊莎貝拉對年事漸高的海洋統帥逐漸失去了信心。方塞卡此後又批准了兩次這樣的航行，更加證明了這一新的情況。其中第一次航行是由哥倫布從前的領航員皮拉隆索·尼尼諾率領進行的，他們到了帕里亞，滿載珍珠回到西班牙；第二次是由「尼尼亞」號的老船長文森特·平松帶領進行的，他們考察了現在的巴西的東北部海岸，發現了亞馬孫河河口。
1498年8月31日，哥倫布回伊斯帕尼奧拉島。他的弟弟——唐·巴托羅繆向他介紹了當時的形勢：情況不妙唐·克里斯托瓦爾採取了比唐·巴托羅繆更加軟弱的政策，他傾向于不使用武力。10月25日，哥倫布給羅爾丹寫了一封非常客氣的信，允諾了他的條件。另外還給羅爾丹及其追隨者寫了一封對他們的反叛行為不予懲罰的保證書，目的是誘使他們與自己談判，以後再與他們算賬。
在此期間，哥倫布帶來的西班牙人繼續不斷地投奔羅爾丹，剩下來忠於他的只有70人。羅爾丹在和哥倫布的談判中要價不斷提高，最後才達成協議。會談以副王向「起義者」完全屈服而結束；羅爾丹被任命為大市長；如果哥倫布不尊重協議，羅爾丹及其隨從有權武裝反對他；這次「起義」僅僅被說成是對唐·巴托羅繆個人的公開非難行動，並且既往不咎。
哥倫布「讓步」的結果是對他的「離心」傾向越來越嚴重。他對羅爾丹的妥協極大地損害了他的威信。新的反叛接踵而來。一個名叫費南多·德·格瓦拉的年輕貴族子弟發動了一場「起義」，此人和王室有親戚關係，被鎮壓下去了。

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格瓦拉被監禁。第二次是羅爾丹的副官亞德里安·德·莫克賽卡發動的，後果極其嚴重。當時哥倫布正在康謝普賽翁島上，那裡設有要塞，是按哥倫布兄弟早先的命令在島內設立的一連串要塞中的一個。當哥倫布聽說莫克賽卡帶著隊伍前來進犯時，哥倫布只帶了十來個親信從要塞中出來迎戰。

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他們利用夜間進行突然襲擊，捕獲了莫克賽卡和他的幾個追隨者，把這次騷亂也鎮壓下去了。莫克賽卡在聖多明各被當場處以絞刑，他的同夥被加上鐐銬投入監獄。其餘的逃入森林，哥倫布兄弟此時對他們毫不手軟，追捕到手以後或當場殺死，或處以絞刑。
此後，哥倫布兄弟更是惡名難於洗刷。他們對殖民地的管理受到譴責，被指斥為「暴君」，「不惜用西班牙人的血維持殘酷的統治」。滿懷怨恨的人繼續不斷回到西班牙，他們衣衫襤褸，身無分文。仇恨擴展到對哥倫布的兒子身上，在宮殿裡做伴童的迭戈和費迪南几乎不敢在公開場合露面。
最惱火的問題是殖民地花費了西班牙大量錢財製造船隻和保證提供殖民地所需的一切物資。哥倫布關於從「印度」群島帶回大量財富的承諾變成了一句空話。他在第二次西航時對帕里亞的勘查錯過了那裡盛產珍珠的好些地方。他作為財富運回西班牙的大批奴隷並沒有產生多大的經濟效益，反而惹惱了伊莎貝拉女王。
女王曾明確指出，她不要那些還沒有皈依天主教的土著人來到西班牙。當又一船奴隷到達時，人們發現其中許多土人都是懷孕的女子或是剛生下嬰兒的產婦，伊莎貝拉再也不能忍耐了，下令立即把她們送回伊斯帕尼奧拉去。雖然國王和王后對哥倫布仍然懷有好感。也肯定他的發現功績，但對他在伊斯帕尼奧拉的管理確實有很大懷疑，因此下令進行全面的調查。
事態演變得越來越嚴重。國王終於感覺到為了伊斯帕尼奧拉島上的所有臣民——西班牙人和印第安人——的利益，他們不得不出面干預了。他們派遣忠誠可靠而又受人愛戴的弗朗西斯科·德·博巴迪利亞前往伊斯帕尼奧拉，授他以全權處理那裡的混亂局面。
博巴迪利亞的權力是絶對的。他有權逮捕任何反抗者，沒收他們的財產。他有權處理一切控訴，恢復法律和秩序。他有權接管所有要塞的防務、武器和王室的財產，他就是國王和王后派出的欽差大臣。
1499年5月21日，國王們命令博巴迪利亞以王室名義行使對那些島嶼和大陸的行政權和司法權，而不必要理會同時在印度擔任同一性質公職的那兩個人的名字，即唐·克里斯托瓦爾——副王和大總督；唐·巴托洛梅——先行官。這個安排使博巴迪利亞有權決定：「如果他認為對我們有利……他就可以讓現在在那些島嶼和大陸的，以及今後到那裡的任何人離開那裡；就可以不讓任何人進去和停留在那裡；就可以讓他們①回來並送到我們面前，就可以代表我們下達命令，讓他們離開。」 「在同一天，國王們還下達了另一項命令，稱『尊敬的唐·克里斯托瓦爾·哥倫布，我們的印度島嶼和大陸的海軍上將，以及尊敬的海軍上將的弟弟們』，從而謹慎和有意地略去了前者的副王和總督頭銜，以及唐·巴托洛梅的先行官頭銜。這個命令要求哥倫布兄弟和其他人，把『堡壘、房屋、船隻、武器、裝備、給養、馬匹、牲畜和我們在上述島嶼上的所有其他東西』都移交給博巴迪利亞。

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