師征金川，以溫福為定邊將軍，阿桂、豐升額為副將軍，高宗命福康安賫印往授之，即授領隊大臣。乾隆三十八年夏，至軍，阿桂方攻當噶爾拉山，留福康安自佐。木果木師敗，溫福死事，覆命阿桂為定西將軍，分道再舉。攻喇穆喇穆，福康安督兵克其西各碉，與海蘭察合軍，克羅博瓦山；北攻，克得斯東寨。賊夜乘雪陟山，襲副將常祿保營，福康安聞槍聲，督兵赴援，擊之退。賊屯山麓，乘雨築兩碉，福康安夜率兵八百冒雨逾碉入，殺賊，毀其碉，上手詔嘉其勇。進克色淜普山，破堅碉數十，殲賊數百。又與額森特、海蘭察合軍，攻下色淜普山南賊碉，遂盡破喇穆喇穆諸碉卡，並取日則丫口。再進克嘉德古碉，攻遜克爾宗西北寨。賊潛襲我軍後，福康安擊之退。賊以距勒烏圍近，屢夜出擊我師，福康安與戰屢勝。
阿桂慮賊守隘不時下，改道自日爾巴當噶路入；檄福康安攻下達爾紮克山諸碉。再進，攻格魯克古，率兵裹糧，夜逾溝攀崖，自山隙入當噶海寨，克陡烏當噶大碉、桑噶斯瑪特木城石卡。再進，克勒吉爾博寨。阿桂令福康安將千人從海蘭察赴宜喜，自甲索進攻得楞山，焚薩克薩古大小寨數百，渡河取斯年木咱爾、斯聶斯羅市二寨。再進，次榮噶爾博山。擢內大臣，賜號嘉勇巴圖魯。再進，至章噶。福康安偕額森特攻巴木圖，登直古腦山，拔木城、碉寨五十，焚冷角寺，遂克勒烏圍。
阿桂令取道達烏圍進攻噶拉依，分其軍為七隊，福康安率第一隊，奪達沙布果碉、當噶克底、綽爾丹諸寨為木柵，斷科思果木走雅瑪朋道。進克達噶木碉二，阿穰曲前峰碉木城各二十。焚奔布魯木護起寨。取捨勒圖租魯傍碉一、寨二，格什格章寨一，薩爾歪碉寨三，阿結占寨二。陟科布曲山梁，盡得科布曲諸寨。四十一年春，再進，克舍齊、雍中二寺。自拉古爾河出噶拉依之右，移砲擊其寨。噶拉依既下，金川平。論功，封福康安三等嘉勇男。師還，郊勞，賜禦用鞍轡馬一。飲至，賜緞十二端、白金五百。圖形紫光閣，賜雙眼花翎。授正白旗滿洲都統，出為吉林、盛京將軍。
授雲貴總督。南掌貢象，自陳為交趾所侵，乞以餘象易砲。福康安諭以國家法制有定，還其象，不予砲。疏入，上深韙之。移四川總督，兼署成都將軍。四川莠民為寇盜，號啯匪，命福康安捕治。踰年，福康安疏言盜已徐戢，陳善後諸事。擢禦前大臣，加太子太保。召還京，署工部尚書。授兵部尚書、總管內務府大臣。

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四十九年，甘肅回田五等立新教，糾眾為亂。授參贊大臣，從將軍阿桂討賊。旋授陝甘總督。師至隆德，田五之徒馬文熹出降。攻雙峴賊卡，賊拒戰，阿桂令海蘭察設伏，福康安往來督戰，殲賊數千，遂破石峰堡，擒其渠。以功，進封嘉勇侯。轉戶、吏二部尚書，協辦大學士。
五十二年，台灣林爽文為亂，命福康安為將軍，而以海蘭察為參贊大臣，督師討之。時諸羅被圍久，福建水師提督柴大紀堅守。上褒大紀，改諸羅為嘉義，以旌其功。陸路提督蔡攀龍督兵赴援，圍未解。福康安師至，道新埤，援嘉義，與賊戰侖仔頂，克俾長等十餘莊。會日暮，雨大至，福康安令駐師土山巔，賊經山下，昏黑無所見，發銃仰擊。福康安戒諸軍士毋動。既曙，雨霽，海蘭察已自他道入，師與會，圍解。進一等嘉勇公，賜紅寶石帽頂、四團龍補服。

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大紀以方在圍中，謁福康安未具櫜鞬禮，福康安銜之，疏論大紀骫法、牟利諸罪狀，並及攀龍陳戰狀不實。上以大紀困危城久，攀龍亦有勞，意右之，詔謂「二人或稍涉自滿，在福康安前禮節不謹，為所憎，遂直揭其短」，戒福康安宜存大臣體。然大紀卒以是坐死。時論冤大紀，亦深非福康安嫉能，不若傅恆遠也。福康安復劾攀龍，左遷；而福州將軍恆瑞師逗遛不進，福康安與有連，力庇之，詔亦斥其私。
福康安既解嘉義圍，令海蘭察督兵追捕爽文，檻致京師；復得副賊莊大田。台灣平，賜黃腰帶、紫繮、金黃辮珊瑚朝珠。命台灣、嘉義皆建生祠塑像，再圖形紫光閣。疏請募熟番補屯丁，並陳善後諸事，要在習戎事，除奸民，清吏治，肅郵政，上悉從之。旋授閩浙總督。
五十四年，安南阮惠攻黎城，孫士毅師退。上移福康安兩廣總督，詔未至，福康安疏請往蒞其事。上獎福康安忠，謂：「大臣視國如家，休戚相關，當若此也。」惠更名光平，乞輸款，福康安為疏陳，請罷兵，上允之。禦史和琳劾湖北按察使李天培為福康安致木材，令湖廣糧船運京師，福康安疏請罪。上手詔謂阮光平方入朝，特寬之；命奪職留任，仍罰總督俸三年、公俸十年。五十五年，福康安率光平朝京師，以獲盜免罰總督俸。
五十六年，廓爾喀侵後藏，命福康安為將軍，仍以海蘭察為參贊大臣，督師討之，免罰公俸。五十七年三月，福康安師出青海，初春草未盛，馬瘠，糧不給，督諸軍速進。行四十日，至前藏，自第理浪古如絨轄、聶拉木，察地勢，疾行向宗喀，至轄布基。諸道兵未集，督所部分六隊，趨擦木，潛登山，奪賊前後二碉，殲賊渠三、賊二百餘，擒十餘。進次瑪噶爾轄爾甲山梁，賊渠手紅旗，擁眾登，令設伏誘賊進，至山半，伏起橫擊，搴旗賊盡殪。進攻濟隴，濟隴當賊要隘，大碉負險，旁列諸碉卡，相與為犄角；乃分兵先翦其旁諸碉卡，併力攻大碉，縛大木為梯，督兵附碉登，毀壘。戰自辰至亥，克其寨，斬六百，擒二百。捷聞，上為賦誌喜詩書扇，並解禦用佩囊以賜。
六月，自濟隴入廓爾喀境，進克索勒拉山。度熱索橋，東越峨綠山，自上遊潛渡。越密裡山，攻旺噶爾，克作木古拉巴載山梁。攻噶勒拉、堆補木諸山，破甲爾古拉、集木集兩要寨。轉戰深入七百餘裡，六戰皆捷。上詔褒福康安勞，授武英殿大學士。福康安恃勝，軍稍怠，督兵冒雨進；賊為伏以待，台斐英阿戰死。廓爾喀使請和，福康安允之。廓爾喀歸所掠後藏金瓦寶器，令大頭人噶木第馬達特塔巴等賫表進象、馬及樂工一部，上許受其降。師還，加賜福康安一等輕車都統畀其子德麟，授領侍衛內大臣，視王公親軍校例，置六品頂戴藍翎三缺，官其傔從。復圖形紫光閣，大學士阿桂讓福康安居首。
福康安初征金川，與海蘭察合軍討亂回，同為參贊；及征台灣、定廓爾喀，皆專將，海蘭察為參贊，師有功，受殊賞。上手詔謂：「福康安能克陽布，俘拉特納巴都爾、巴都爾薩，當酬以王爵。今以受降班師，不克副初原。然福康安孝賢皇後侄，大學士傅恆子，進封為王，天下或議朕厚於後族，富察氏亦慮過盛無益。今如此蕆事，較蕩平廓爾喀倍為欣慰。」陽布，廓爾喀都城；拉特納巴都爾等，其渠名也。五十八年，疏陳西藏善後十八事，詔從之。
安南國王阮光平卒，上慮其國且亂，命福康安如廣西。福康安母卒於京師，令在任守制。福康安途中病，命禦醫往視。福康安疏言：「安南無事，乞還京師，冀得廬墓數日。」詔許之，加封嘉勇忠鋭公。移四川總督。旋又率金川土司入覲。恆秀時為吉林將軍，以采參虧庫帑累民，命福康安蒞讞，擬罪輕，上責福康安袒戚誼。復移雲貴總督。方寒，賜禦服黑狐大腿褂。
六十年，貴州苗石柳鄧，湖南苗吳半生、石三保等為亂，命福康安討之。柳鄧圍正大營、嗅腦營、松桃三城，福康安師至，力戰，次第解三城圍，賜三眼花翎。福康安率貴州兵破老虎岩賊寨，詗得柳鄧蹤跡。和琳時為四川總督，將四川兵來會，攻滿華寨，焚賊寨四十。柳鄧入湖北，投三保，三保方圍永綏，福康安督兵赴援。師當渡，賊築卡拒守。分兵出上流，縛筏，縱民牧牛，設伏；待賊至掠牛，伏起，奪賊船，所縛筏亦順流至，師盡濟。攻石花寨，越得拉山戰，殺賊甚眾，令總兵花連布間道援永綏，師從之，戰三日，圍解。

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