這些著作同主人一樣，命運坎坷。幾經波折，能保存下來，確實不容易。這位博學的學者雖然寫下了大量著作，但生前基本上沒有由自己整理和公開發表過。他早期在柏拉圖學園時曾寫過一些和柏拉圖相似的對話，現在都已佚失了，只留下了一些殘篇。現保存下來的這些著作，也都經歷了許多離奇的曲折。
關於亞里士多德著作的坎坷命運，早在公元11世紀就以傳奇故事的形式記載於著名的地理和歷史學家斯特拉波的《地理學》和阿加德米哲學家、傳記作家普魯塔克的《道德論集》中。公元前322年亞里士多德逝世後，遺著原稿由弟子泰奧弗拉斯特保存，泰奧弗拉斯特逝世前，將書稿託付於同事納留斯，納留斯將書稿帶回故鄉小亞細亞公開展覽，任人傳抄。後來珀加蒙王國的君主為自己的圖書館曾向民間徵集書籍，納留斯的後人對這些書不感興趣，但為了防止這些書稿被徵收充公，就將書稿藏於塞普西斯的地窖中，一藏就是130年。直到公元前1世紀，泰奧弗拉斯特的後裔幾經尋找，才找到這批手稿。長時間的埋藏，已有許多處破爛了。後來台奧斯的哲學家阿柏裡康買下了這些手稿，重新帶回雅典。公元前86年，羅馬統帥蘇拉率軍攻佔了雅典，書稿又成了羅馬帝國的戰利品。被劫到羅馬的書稿後又轉手到文法學家提蘭尼奧手裡，準備編輯抄傳。前後經過兩個世紀輾轉劫藏、播遷散亂、蟲蛀黴爛，書稿已面目全非，加上謄抄手文化不高，缺乏專業知識，錯誤迭出，所以書稿的內容次序、寫作順序已無法辨別。直到公元前60—前50年，呂克昂學園第11任主持安德羅尼珂有幸獲得了先師的原稿，將原稿與學園留存的、經過幾度翻抄的講義相校勘，進行了分門別類的整理，重新加以編輯。當時，安德羅尼珂已無法查清這些書稿的寫作年代，只能用當時流行的分類歸納法，把它們按內容進行編排。

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