亞里士多德死後，其著作未能及時整理成正式版本發行。儘管呂克昂學園存在多年，他的學生們基本上也都堅持他的觀點，但主要是對某些學科進行研究，還不是系統研究他的著作。後來他的著作被發現並逐漸整理出來，然而由於羅馬時期在哲學上占主要地位的是柏拉圖學派、畢達哥拉斯學派以及原子論唯物主義者伊壁鳩魯等的學說，所以亞里士多德的哲學並沒受到應有的重視。
中世紀的歐洲是宗教經院哲學占絶對統治地位的，凡是被認為是違反宗教教義的哲學都要受到排斥。早期的經院哲學以柏拉圖的唯心論作為理論基礎。經院哲學主張理性服從信仰，哲學是「神學的婢女」，目的在於論證基督教教義，維護教會和封建主的統治。基督教是排他性很強的宗教，敵視科學研究，與把求是看作是人的本性的希臘哲學針鋒相對。公元4世紀，基督教被羅馬帝國定為國教，對希臘哲學精神更是容忍不下。公元529年，東羅馬皇帝查士丁尼下令封閉了全部非基督教學校，亞里士多德哲學被認為是違背教義的，禁止研究。從此，古希臘哲學的後裔們攜帶著珍貴的哲學文獻逃到東方，亞里士多德學說的研究也就向東方轉移了。

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亞里士多德著作經由波斯、敘利亞，最後在阿拉伯人那裡達到了一定程度的研究熱潮。由於敘利亞人的影響和阿拉伯人自身所具有的比較發達的科學技術水平，阿拉伯人比較注重研究亞里士多德哲學，尤其是他的形而上學和自然哲學。阿拉伯世界致力研究亞里士多德哲學，由此形成了具有阿拉伯色彩的亞里士多德主義。其中最重要的研究者是阿維森納和阿威羅依。而此時的西方，人們僅知道柏拉圖，至於亞里士多德，知之甚少，幾乎沒有他的著作流傳。公元12世紀，隨著東西方文化的交流，亞里士多德的《形而上學》《物理學》《論靈魂》《尼各馬科倫理學》《分析篇》以及阿拉伯人對這些著作的評註，傳入西方，歐洲人重新見到了亞里士多德的著作。於是，在歐洲人面前，突然出現了一個知識淵博、思想深邃、體系龐大的亞里士多德哲學。

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