亞里士多德哲學把物質世界作為思考對象，把神僅僅看作是物質運動的第一推動者，而且是邏輯推論的結果，拋棄了靈魂不滅的說法，這就必然和羅馬教會奉為神明的基督教神學發生尖鋭衝突。這種狀況使羅馬教會視亞里士多德哲學為洪水猛獸。在1209年的宗教會議上，羅馬教會作出決定：任何人不得轉錄、閲讀或以某種形式保存亞里士多德的著作，違者革除教籍。但「決定」並未扼殺亞里士多德著作，也未阻止住其學說的傳播。羅馬教會不得不認真考慮在思想上如何對待亞里士多德哲學，教會內部也沒有一致的認識。弗蘭西斯教派形式上接受了一些亞里士多德哲學的內容，但在原則上卻拒絶採納亞里士多德哲學；拉丁阿威羅依派主張全面接受亞里士多德哲學（實際上是阿拉伯人阿威羅依的亞里士多德主義），與當時的正統經院哲學形同水火，無法讓羅馬教會接受。顯然，兩種觀點都行不通。於是有人在尋找既採納亞里士多德哲學思想，又要維護基督教教義的地位，即尋找亞里士多德哲學為基督教神學服務的途徑。托馬斯·阿奎那①的老師阿爾伯特首先進行了這方面的嘗試，利用柏拉圖主義的一些思想，對亞里士多德哲學進行了改造，力圖調和兩者之間的矛盾，以求與基督教教義的和諧一致。但未成功，未竟事業由他的學生阿奎那完成。
①托馬斯·阿奎那（公元1226-1274），出身於意大利貴族家庭，中世紀神學家和經院哲學家。他的哲學和神學體系稱為托馬斯主義。一生坎坷，至死未獲得羅馬教會的明確支持。死後其著作在羅馬教會中的地位日益上升，被封為「聖徒」、「天使博士」、「聖師」。1879年教皇利奧十三正式定他的哲學為官方哲學。主要著作：《反異教大全》《神學大全》等。

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