與政治相比，明治政治家在宗教領域中制定了更為離奇的制度。當然，他們仍然是實踐日本人那條格言。國家把一種宗教置於管轄之下，奉之為民族統一與優越性的特殊象徵，其他信仰則聽憑個人自由。這種受到國家管理的宗教，就是國家神道。由於它被視為民族象徵而賦予特殊尊敬，就象在美國之尊敬國旗一樣。因此，他們說國家神道不是宗教。所以，日本政府可以要求全體國民信奉國家神道，卻並不認為違反西方的宗教信仰自由原則。就好象美國政府要求人們對星條旗敬禮一樣；這只不過是忠誠的象徵。因為「不是宗教」，日本可以在學校裡教神道而無須擔心西方的非難。在學校裡，國家神道成了神代以來的日本歷史，和對「萬世一系的統治者」天皇的崇拜。國家神道受國家支持、國家管理。而對其他宗教信仰，佛教、基督教固不用說了，甚至其他教派的神道或祭祀神道，也都聽任個人意願，幾乎和美國一樣。這兩種不同領域甚至在行政上和財政上都是分開的：國家神道受內務省神祇局管理，它的神官、祭祀、神社等費用均由國庫開支；一般祭祀神道以及佛教、基督教各派則由文部省宗教局管理，其經費靠教徒自願捐贈。
由於日本政府對這個問題的上述正式立場，人們不能說國家神道是龐大的「國教會」，但至少可以說它是龐大的機關。十一萬多座神社遍佈各地，從祭祀天照大神的伊勢大神宮直到特別祭典時司祭神官才進行清掃的地方小神社。神官系統的全國性等級制與政府系統並列，從最低層的神官到各郡、市和府、縣的神官，直到最高層被尊為「閣下」的神祇官。這些神官，與其說他們是領導民眾進行祭祀，不如說他們是替民眾舉行儀式。國家神道和我們平常到教堂去做禮拜毫不相似。因為它不是宗教，法律禁止國家神道的神官宣講教義，也就不可能有西方人所瞭解的那種禮拜儀式之類。代之而行的則是，在頻繁的祭祀日裡，町、村代表參拜神社，立在神官面前。神官舉起一根紮著麻繩和紙條的「幣帛」，在他們頭上來回揮動，為他們祛邪。然後，神官再打開神龕的內門，扯開嗓子尖聲呼叫，召喚眾神降臨，享用供品。神官祈禱，參拜者們按身份排列，畢恭畢敬地供上自古至今視為神聖的小樹枝，樹枝上垂著幾根細長的紙條。然後，神官再度尖聲喊叫，送回眾神，關閉神龕內門。在國家神道的大祭祀日裡，天皇要親自為國民致祭，政府各部門放假休息。但這種祭祀日和地方神社的祭祀日、以及佛教的祭祀日不一樣，不是群眾的祭祀節日。後者屬於「自由」領域，不在國家神道範疇之內。

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