康熙帝得了敗報，定議親征，先命裕親王福全為撫遠大將軍，率同皇子允礽，出長城古北口，恭親王常寧為安北大將軍，率同簡親王雅布，出長城喜峰口，並命阿爾尼率舊部，會裕親王軍，聽裕親王節制。又別調盛京吉林及科爾沁兵助戰。車駕擬親幸邊外，調度各路大兵。是年七月，康熙帝啟鑾出巡，方出長城，忽得探報，恭親王軍在喜峰口九百里外，被噶爾丹殺敗回來，康熙帝命諸軍急進；途次，又聞噶爾丹前鋒，已到烏蘭布通，距京師只七百里，康熙帝倒也驚愕起來，飛詔徵調裕親王軍，到烏蘭布通，會截敵兵。旋得裕親王軍報，已至烏蘭布通駐紮，帝心少安。

且說噶爾丹乘勝南趨，到烏蘭布通，遇著清營阻住，遂遣使入見裕親王，略言追喀爾喀仇人，闌入內地，非敢妄思尺土，但教執畀土謝圖汗，即當班師。裕親王福全，把來使叱回。次日，兩軍對仗，噶爾丹用了駝城，依山為陣。什麼叫作駝城？他用橐駝萬餘，縛足臥地，背加箱垛，蒙蓋濕氈，環列如柵，作為前蔽，所以名叫駝城。前有象陣，後有駝城，倒是極妙巧對。清軍隔河立陣，前面純立火炮，遙轟中堅，自午至暮，駝皆倒斃，駝城中斷。清軍分作兩翼，越河陷陣，遂破敵疊，噶爾丹乘夜遁去。次日，遣喇嘛至清營乞和。福全飛報行在，有詔「速即進兵，毋中他緩兵之計」，於是福全急發兵追趕，已自不及。噶爾丹奔回厄魯特，遺失器械牲畜無算，復遣人賫書謝罪，誓不再來犯邊，康熙帝偶有不適，遂諭來使回報噶爾丹，嗣後不得犯喀爾喀一人一畜，來使唯唯而去，遂詔諸王班師。第一次親征，第一次班師。

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三十年，康熙帝以喀爾喀新附部眾數十萬，應用法令部勒，且準部寇邊，由土謝圖汗啟釁，不能不嚴加訓斥，乃議出塞大閲，先檄內外蒙古各率部眾，豫屯多倫泊百里外，靜候上命。過了數日，車駕出張家口，至多倫泊，盛設兵衛，首召土謝圖汗，責他奪妾開釁。土謝圖汗頓首謝罪，帝乃加恩特赦，留他汗號。復諭車臣、札薩克二汗，約束本部，永遠歸清，二汗亦即首謝恩。於是編外蒙古為三十七旗，令與內蒙古四十九旗同例，又因蒙俗素信佛教，命在多倫泊附近，設立匯宗寺，居住喇嘛，仍聽蒙人遊牧近邊，自此外蒙歸命。

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隔了兩年，擬遣三汗各歸舊牧，誰知噶爾丹又來尋釁，屢奉書索土謝圖汗，並陰誘內蒙古叛清歸己，科爾沁親王據實奏聞，康熙帝令科爾沁親王，覆書噶爾丹，偽許內應，誘令深入。噶爾丹果選騎兵三萬名，沿克魯倫河南下。克魯倫河在外蒙古東境，他到了河邊，竟停住不進。康熙帝又令科爾沁致書催促，去使還報，噶爾丹聲言借俄羅斯鳥槍兵六萬，等待借到，立刻進兵。真是乖刁。科爾沁復馳奏北京。康熙帝道：「這都是捏造謡言，他道是前次敗走，因火器不敵我軍的緣故，所以佯言借兵，恐嚇我朝，朕豈由他恐嚇的？」料敵頗明。

遂召王大臣會議，再決親征。

康熙三十五年，命將軍薩布素，率東三省軍出東路，遏敵前鋒。大將軍費揚古，振武將軍孫思克等，率陝、甘兵出寧夏西路，斷敵歸道。自率禁旅出中路，由獨石口趨外蒙古，約至克魯倫河會齊，三路夾攻。是年三月，中路軍已入外蒙古境，與敵相近，東西兩軍，道阻不至，帝援兵以待。訛言俄兵將到，大學士伊桑阿懼甚，力請迴鑾。康熙帝怒道：「朕祭告天地宗廟，出師北征，若不見一賊，便即回去，如何對得住天下？況大軍一退，賊必盡攻西路，西路軍不要危殆麼？」叱退伊桑阿，不愧英主。命禁旅疾趨克魯倫河，手繪陣圖，指示方略。從行王大臣，還是議論紛紛，各執一見，帝獨遣使噶爾丹促他進戰。噶爾丹登高遙望，見河南駐紮禦營，黃幄龍纛，內環軍幔，外布網城，護衛兵統是勇猛異常，不由的心驚腳癢，拔營宵遁。狡黠的人，往往膽小。翌日，大軍至河，北岸已無人跡，急忙渡河前追，到拖諾山，仍不見有敵蹤，乃命回軍；獨命內大臣明珠，把中路的糧草，分運西路，接濟費揚古軍。

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