十三司，各掌其分省及兼領所分京府、直隷之刑名。浙江司帶管崇府、中軍都督府、刑科、內官、御用、司設等監，在京金吾前、騰驤左、瀋陽右、留守中、神策、和陽、武功右、廣洋八衛，蕃牧千戶所，及兩浙鹽運司，直隷和州，涿鹿左、涿鹿中二衛。 江西司帶管淮、益、弋陽、建安、樂安五府，前軍都督府，禦馬監，火藥、酒醋、面觔等局，在京府軍前、燕山左、留守前、龍驤、寬河、忠義前、忠義後、永清右、龍江左、龍江右十衛，及直隷廬州府，廬州、六安、九江、武清、宣府前、龍門各衛。 湖廣司帶管楚、岷、吉、榮、遼五府，右軍都督府，司禮、尚賓、尚膳、神宮等監，天財庫，在京留守右、虎賁右、忠義右、武功左、茂陵、永陵、江淮、濟川、水軍右九衛，及興都留守司，直隷寧國、池州二府，宣州、神武中、定州、茂山、保安左、保安右各衛，渤海千戶所。福建司帶管戶部、太仆寺、戶科、寶鈔提舉司、印綬、都知等監，甲字第十庫，在京金吾後、應天、會州、武成中、武功中、孝陵、獻陵、景陵、裕陵、泰陵十衛，牧馬千戶所，及福建鹽運司，直隷常州府、廣德州，中都留守左、留守中、定邊、開平中屯各衛，美峪千戶所。 山東司帶管魯、德、衡、涇四府，左軍都督府，宗人府，兵部，尚寶司，兵科，典牧所，會同館，供用庫，戈戟司，司苑局，在京羽林右、瀋陽左、長陵三衛，奠靖千戶所，及山東鹽運司，中都留守司，遼東都司，遼東行太仆寺，直隷鳳陽府，滁州、鳳陽、皇陵、長淮、泗州、壽州、滁州、沂州、德州、德州左、保定後各衛，安東中護衛，潮河、龍門、寧靖各千戶所。 山西司帶管晉、代、沈、懷仁、慶成五府，翰林院，欽天監，上林苑監，南、北二城兵馬司，混堂司，甜食房，在京旗手、金吾右、驍騎右、龍虎、大寧中、義勇前、義勇後、英武八衛，及直隷鎮江府、徐州，鎮江、徐州、瀋陽中屯各衛，瀋陽中護衛，倒馬關、平定各千戶所。河南司帶管周、唐、趙、鄭、徽、伊、汝七府，禮部，太常寺，光祿寺，鴻臚寺，詹事府，國子監，禮科，中書舍人，神樂觀，犧牲所，兵仗局，靈台、鐘鼓等司，東城兵馬司，教坊司，在京羽林左、府軍右、武德、留守後、神武左、彭城六衛，及兩淮鹽運司，直隷淮安、揚州二府，淮安、大河、邳州、揚州、高郵、儀真、宿州、武平、歸德、寧山、神武右各衛，海州、鹽城、通州、汝寧各千戶所。 陝西司帶管秦、韓、慶、肅四府，後軍都督府，大理寺，行人司，尚衣監，針工局，西城兵馬司，在京府軍後、騰驤右、豹韜、鷹揚、興武、義勇右、康陵、昭陵、龍虎左、橫海、江陰十一衛，及河東鹽運司，陝西行太仆寺，甘肅行太仆寺，直隷太平府，建陽、保定左、保定右、保定中、保定前各衛，平涼中護衛。 四川司帶管蜀府，工部，工科，巾帽、織染二局，僧道錄司，在京府軍、金吾左、濟川、武驤右、大寧前、蔚州左、永清左、廣武八衛，及直隷松江、大名二府，金山、懷安、懷來各衛，神木千戶所。 廣東司帶管應天府，在京錦衣、府軍左、虎賁左、濟陽、留守左、水軍左、飛熊七衛，及直隷延慶州，懷來千戶所。 廣西司帶管靖江府，通政司，五軍斷事司，中城兵馬司，寶鈔、銀作二局，在京羽林前、燕山右、燕山前、大興左、通州、武驤左、鎮南、富峪八衛，及直隷安慶、徽州二府，安慶、新安、通州左、通州右、延慶、延慶左、延慶右各衛。 雲南司帶管順天府，太醫院，儀衛、惜薪等司，承運庫，及直隷永平、廣平二府，鎮海、真定、永平、山海、盧龍、東勝左、東勝右、撫寧、密雲中、密雲後、大同中屯、潼關、營州五屯、萬全左、萬全右各衛，寬河、武定、蒲州各千戶所。 貴州司帶管吏部，吏科，司菜局，及長蘆鹽運司，大寧都司，萬全都司，直隷蘇州、保定、河間、真定、順德五府，蘇州、太倉、薊州、遵化、鎮朔、興州五屯，忠義中、涿鹿、河間、天津、天津左、天津右、德州、宣府左、宣府右、開平、保安、蔚州、永寧各衛，梁城、興和、廣昌各千戶所。
照磨、檢校，照刷文卷，計錄臓贖。司獄，率獄吏，典囚徒。凡軍民、官吏及宗室、勛戚麗于法者，詰其辭，察其情偽，傅律例而比議其罪之輕重以請。詔獄必據爰書，不得逢迎上意。凡有殊旨、別敕、詔例、榜例，非經請議著為令甲者，不得引比。凡死刑，即決及秋後決，並三覆奏。兩京、十三布政司，死罪囚歲讞平之。五歲請敕遣官，審錄冤滯。霜降錄重囚，會五府、九卿、科道官共錄之。矜疑者戍邊，有詞者調所司再問，比律者監候。夏月熱審，免笞刑，減徒、流，出輕系。遇歲旱，特旨錄囚亦如之。凡大祭止刑。凡贖罪，視罪輕重，斬、絞、雜犯、徒末減者，聽收贖。詞訴必自下而上，有事重而迫者，許擊登聞鼓。四方有大獄，則受命往鞫之。四方決囚，遣司官二人往蒞。凡斷獄，歲疏其名數以聞，曰歲報；月上其拘釋存亡之數，曰月報。獄成，移大理寺覆審，必期平允。凡提牢，月更主事一人，修葺囹圄，嚴固扃鑰，省其酷濫，給其衣糧。囚病，許家人入視，脫械鎖醫藥之。簿錄俘囚，配沒官私奴婢，咸籍知之。官吏有過，並紀錄之。歲終請湔滌之。以名例攝科條，以八字括辭議，以、準、皆、各、其、及、即、若，以五服參情法，以墨涅識盜賊。籍產不入瑩墓，籍財不入度支，宗人不即市，宮人不即獄，悼耄疲癃不即訊。詳《刑法志》。

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洪武元年置刑部。六年，增尚書、侍郎各一人。設總部、比部、都官部、司門部，部設郎中、員外郎各二人，惟都官各一人。總部、比部主事各六人，都官、司門主事各四人。八年，以部事浩繁，增設四科，科設尚書、侍郎、郎中各一人，員外郎二人，主事五人。十三年，升部秩，設尚書一人，侍郎一人，仍分四屬部，部設郎中、員外郎各一人，總部、比部主事各四人，都官、司門主事各二人，尋增侍郎一人。始分左、右侍郎。二十二年，改總部為憲部。二十三年，分四部為河南、北平、山東、山西、陝西、浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、四川、福建十二部，浙江部兼領雲南。部各設官，如戶部之制。二十九年，改為十二清吏司。永樂元年以北平為北京。十八年，革北京司，增置雲南、貴州、交阯三司。宣德十年，革交阯司，遂定為十三清吏司。

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