至四十四年七月，河決沛縣，上下二百餘裡運道俱淤。全河逆流，自沙河至徐州以北，至曹縣棠林集而下，北分二支：南流者繞沛縣戚山楊家集，入秦溝至徐；北流者繞豐縣華山東北由三教堂出飛雲橋。又分而為十三支，或橫絶，或逆流入漕河，至湖陵城口，散漫湖坡，達於徐州，浩渺無際，而河變極矣。乃命硃衡為工部尚書兼理河漕，又以潘季馴為僉都御史總理河道。明年二月，復遣工科給事中何起鳴往勘河工。
衡巡行決口，舊渠已成陸，而盛應期所鑿新河故跡尚在，地高，河決至昭陽湖不能復東，乃定計開濬。而季馴則以新河土淺泉湧，勞費不貲，留城以上故道初淤可復也。由是二人有隙。起鳴至沛，還，上言：「舊河之難復有五。黃河全徙必殺上流，新集、龐家屯、趙家圈皆上流也，以不貲之財，投於河流已棄之故道，勢必不能，一也。自留城至沛，莽為巨浸，無所施工，二也。橫亙數十里，褰裳無路，十萬之眾何所棲身，三也。挑浚則淖隱，築岸則無土，且南塞則北奔，四也。夏秋淫潦，難保不污，五也。新河開鑿費省，且可絶後來潰決之患。宜用衡言開新河，而兼采季馴言，不全棄舊河。」廷臣議定，衡乃決開新河。
時季馴持復故道之議，廷臣又多以為然。遂勘議新集、郭貫樓諸上源地。衡言：
“河出境山以北，則閘河淤；出徐州以南，則二洪涸；惟出境山至小浮橋四十餘裡間，乃兩利而無害。自黃河橫流，碭山郭貫樓支河皆已淤塞，改從華山分為南北二支：南出秦溝，正在境山南五里許，運河可資其利；惟北出沛縣西及飛雲橋，逆上魚台，為患甚大。

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朝廷不忍民罹水災，拳拳故道，命勘上源。但臣參考地形有五不可。自新集至兩河口皆平原高阜，無尺寸故道可因，郭貫樓抵龍溝頗有河形，又系新淤，無可駐足，其不可一也。黃河所經，鮮不為患，由新集則商、虞、夏邑受之，由郭貫樓則蕭、碭受之，今改復故道，則魚、沛之禍復移蕭、碭，其不可二也。河西注華山，勢若建瓴，欲從中鑿渠，輓水南向，必當築壩橫截，遏其東奔，於狂瀾巨浸之中，築壩數里，為力甚難，其不可三也。役夫三十萬，曠日持久，騷動三省，其不可四也。大役踵興，工費數百萬，一有不繼，前功盡隳，其不可五也。惟當開廣秦溝，使下流通行，修築南岸長堤以防奔潰，可以蘇魚、沛昏墊之民。”
從之。衡乃開魚台南陽抵沛縣留城百四十餘裡，而浚舊河自留城以下，抵境山、茶城五十餘裡，由此與黃河會。又築馬家橋堤三萬五千二百八十丈，石堤三十里，遏河之出飛雲橋者，趨秦溝以入洪。於是黃水不東侵，漕道通而沛流斷矣。方工未成，河複決沛縣，敗馬家橋堤。論者交章請罷衡。未幾，工竣。帝大喜，賦詩四章誌喜，以示在直諸臣。

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隆慶元年五月加衡太子少保。始河之決也，支流散漫遍陸地，既而南趨濁河。迨新河成，則盡趨秦溝，而南北諸支河悉併流焉。然河勢益大漲。三年七月決沛縣，自考城、虞城、曹、單、豐、沛抵徐州俱受其害，茶城淤塞，漕船阻邳州不能進。已雖少通，而黃河水橫溢沛地，秦溝、濁河口淤沙旋疏旋壅。硃衡已召還，工部及總河都御史翁大立皆請於梁山之南別開一河以漕，避秦溝、濁河之險，後所謂泇河者也。詔令相度地勢，未果行。
四年秋，黃河暴至，茶城復淤，而山東沙、薛、汶、泗諸水驟溢，決仲家淺運道，由梁山出戚家港，合於黃河。大立復請因其勢而浚之。是時，淮水亦大溢，自泰山廟至七里溝淤十餘裡，而水從諸家溝傍出，至清河縣河南鎮以合於黃河。大立又言：「開新莊閘以通回船，復陳瑄故道，則淮可無虞。獨黃河在睢寧、宿遷之間遷徙未知所定，泗州陵寢可虞。請浚古睢河，由宿遷歷宿州，出小浮橋以泄二洪之水。且規復清河、魚溝分河一道，下草灣，以免衝激之患，則南北運道庶幾可保。」時大立已內遷，方受代，而季馴以都御史復起總理河道。部議令區畫。
九月，河複決邳州，自睢寧白浪淺至宿遷小河口，淤百八十里，糧艘阻不進。大立言：「比來河患不在山東、河南、豐、沛，而專在徐、邳，故先欲開泇河口以遠河勢、開蕭縣河以殺河流者，正謂浮沙壅聚，河面增高，為異日慮耳。今秋水洊至，橫溢為災。權宜之計，在棄故道而就新沖；經久之策，在開泇河以避洪水。」乞抉擇於二者。部議主塞決口，而令大立條利害以聞。大立遂以開泇口、就新沖、復故道三策併進，且言其利害各相參。會罷去，策未決，而季馴則主復故道。
時茶城至呂梁，黃水為兩崖所束，不能下，又不得決。至五年四月，乃自靈璧雙溝而下，北決三口，南決八口，支流散溢，大勢下睢寧出小河，而匙頭灣八十里正河悉淤。季馴役丁夫五萬，盡塞十一口，且浚匙頭灣，築縷堤三萬餘丈，匙頭灣故道以復。旋以漕船行新溜中多漂沒，季馴罷去。
六年春，覆命尚書衡經理河工，以兵部侍郎萬恭總理河道。二人至，罷泇河議，專事徐、邳河，修築長堤，自徐州至宿遷小河口三百七十里，並繕豐、沛大黃堤，正河安流，運道大通。衡乃上言：「河南屢被河患，大為堤防，今幸有數十年之安者，以防守嚴而備禦素也。徐、邳為糧運正道，既多方以築之，則宜多方以守之。請用夫每裡十人以防，三里一鋪，四鋪一老人巡視。伏秋水發時，五月十五日上堤，九月十五日下堤，願攜家居住者聽。」詔如議。六月，徐、邳河堤工竣，遂命衡回部，賞衡及總理河道都御史萬恭等銀幣有差。
是歲，御史吳從憲言：「淮安而上清河而下，正淮、泗、河、海沖流之會。河潦內出，海潮逆流，停蓄移時，沙泥旋聚，以故日就壅塞。宜以春夏時浚治，則下流疏暢，泛溢自平。」帝即命衡與漕臣勘議。而督理河道署郎中事陳應薦挑穵海口新河，長十里有奇，闊五丈五尺，深一丈七尺，用夫六千四百餘人。
衡之被召將還也，上疏言：「國家治河，不過浚淺、築堤二策。浚淺之法，或爬或澇，或逼水而沖，或引水而避，此可人力勝者。然茶城與淮水會則在清河，茶城、清河無水不淺。蓋二水互為勝負，黃河水勝則壅沙而淤，及其消也，淮漕水勝，則沖沙而通。水力蓋居七八，非專用人力也。築堤則有截水、縷水之異，截水可施於閘河，不可施於黃河。蓋黃河湍悍，挾川潦之勢，何堅不瑕，安可以一堤當之？縷水則兩岸築堤，不使旁潰，始得遂其就下入海之性。蓋以順為治，非以人力勝水性，故至今百五六十年為永賴焉。清河之淺，應視茶城，遇黃河漲落時，輒挑河、潢，導淮水沖刷，雖遇漲而塞，必遇落而通，無足慮也。惟清江浦水勢最弱，出口處所適與黃河相值。宜于黃水盛發時，嚴閉各閘，毋使沙淤。若口則自隆重慶三年海嘯，壅水倒灌低窪之地，積瀦難泄。宜時加疏濬，毋使積塞。至築黃河兩岸堤，第當縷水，不得以攔截為名。」疏上，報聞而已。 　　
志第六十 河渠二
○黃河下

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