其後，堤岸漸傾，水從高堰決入，淮郡遂同魚鱉。而當事者未考其故，謂海口壅閉，宜亟穿支渠。詎知草灣一開，西橋以上正河遂至淤阻。夫新河闊二十餘丈，深僅丈許，較故道僅三十之一，豈能受全河之水？下流既壅，上流自潰，此崔鎮諸口所由決也。今新河復塞，故河漸已通流，雖深闊未及原河十一，而兩河全下，沙隨水刷，欲其全復河身不難也。河身既復，闊者七八里，狹亦不下三四百丈，滔滔東下，何水不容？匪惟不必別鑿他所，即草灣亦可置勿浚矣。
故為今計，惟修復陳瑄故跡，高築南北兩堤，以斷兩河之內灌，則淮、揚昏墊可免。塞黃浦口，築寶應堤，浚東關等淺，修五閘，復五壩，則淮南運道無虞。堅塞桃源以下崔鎮口諸決，則全河可歸故道。黃、淮既無旁決，並驅入海，則沙隨水刷，海口自復，而桃、清淺阻，又不足言。此以水治水之法也。若夫爬撈之說，僅可行諸閘河，前入屢試無功，徒費工料。”
於是條上六議：曰塞決口以輓正河，曰築堤防以杜潰決，曰復閘壩以防外河，曰創滾水壩以固堤岸，曰止浚海工程以省糜費，曰寢開老黃河之議以仍利涉。帝悉從其請。
七年十月，兩河工成，賚季馴、一麟銀幣，而遣給事中尹瑾勘實。八年春進季馴太子太保工部尚書，廕一子。一麟等遷擢有差。是役也，築高家堰堤六十餘裡，歸仁集堤四十餘裡，柳浦灣堤東西七十餘裡，塞崔鎮等決口百三十，築徐、睢、邳、宿、桃、清兩岸遙堤五萬六千餘丈，碭、豐大壩各一道，徐、沛、豐、碭縷堤百四十餘裡，建崔鎮、徐升、季泰、三義減水石壩四座，遷通濟閘於甘羅城南，淮、揚間堤壩無不修築，費帑金五十六萬有奇。其秋擢季馴南京兵部尚書。季馴又請復新集至小浮橋故道，給事中王道成、河南巡撫周鑒等不可而止。自桂芳、季馴時罷總河不設，其後但以督漕兼理河道。高堰初築，清口方暢，流連數年，河道無大患。

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至十五年，封丘、偃師、東明、長垣屢被衝決。大學士申時行言：「河所決地在三省，守臣畫地分修，易推委。河道未大壞，不必設都御史，宜遣風力老成給事中一人行河。」乃命工科都給事中常居敬往。居敬請修築大社集東至白茅集長堤百里。從之。
初，黃河由徐州小浮橋入運，其河深且近洪，能刷洪以深河，利於運道。後漸徙沛縣飛雲橋及徐州大、小溜溝。至嘉靖末，決邵家口，出秦溝，由濁河口入運，河淺，迫茶城，茶城歲淤，運道數害。萬曆五年冬，河復南趨，出小浮橋故道，未幾復堙。潘季馴之塞崔鎮也，厚築堤岸，束水歸漕。嗣後水發，河臣輒加堤，而河身日高矣。於是督漕僉都御史楊一魁欲復黃河故道，請自歸德以下丁家道口浚至石將軍廟，令河仍自小浮橋出。又言：「善治水者，以疏不以障。年來堤上加堤，水高凌空，不啻過顙。濱河城郭，決水可灌。宜測河身深淺，隨處挑浚，而於黃河分流故道，設減水石門以泄暴漲。」給事中王士性則請復老黃河故道。大略言：

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“自徐而下，河身日高，而為堤以束之，堤與徐州城等。束益急，流益迅，委全力於淮而淮不任。故昔之黃、淮合，今黃強而淮益縮，不復合矣。黃強而一啟天妃、通濟諸閘，則灌運河如建瓴。高、寶一梗，江南之運坐廢。淮縮則退而侵泗。為祖陵計，不得不建石堤護之。堤增河益高，根本大可虞也。河至清河凡四折而後入海。淮安、高、寶、鹽、興數百萬生靈之命托之一丸泥，決則盡成魚暇矣。
紛紛之議，有欲增堤泗州者，有欲開顏家、灌口、永濟三河，南甃高家堰、北築滾水壩者。總不如復河故道，為一勞永逸之計也。河故道由三義鎮達葉家沖與淮合，在清河縣北別有濟運河，在縣南蓋支河耳。河強奪支河，直趨縣南，而自棄北流之道，然河形固在也。自桃源至瓦子灘凡九十里，AH下不耕，無室廬填墓之礙，雖開河費鉅，而故道一復，為利無窮。”
議皆未定。居敬及御史喬璧星皆請復專設總理大臣。乃命潘季馴為右都御史總督河道。
時帝從居敬言，罷老黃河議，而季馴抵官，言：「親集故道，故老言‘銅幫鐵底’，當開，但歲儉費繁，未能遽行。」又言：「黃水濁而強，汶、泗清且弱，交會茶城。伏秋黃水發，則倒灌人漕，沙停而淤，勢所必至。然黃水一落，漕即從之，沙隨水去，不浚自通，縱有淺阻，不過旬日。往時建古洪、內華二閘，黃漲則閉閘以遏濁流，黃退則啟閘以縱泉水。近者居敬復增建鎮口閘，去河愈近，則吐納愈易。但當嚴閘禁如清江浦三閘之法，則河渠永賴矣。」帝方委季馴，即從其言，罷故道之議。未幾，水患益甚。
十七年六月，黃水暴漲，決獸醫口月堤，漫李景高口新堤，衝入夏鎮內河，壞田廬，沒人民無算。十月，決口塞。十八年，大溢，徐州水積城中者踰年。眾議遷城改河。季馴浚魁山支河以通之，起蘇伯湖至小河口，積水乃消。十九年九月，泗州大水，州治淹三尺，居民沉溺十九，浸及祖陵。而山陽復河決，江都、邵伯又因湖水下注，田廬浸傷。工部尚書曾同亨上其事，議者紛起。乃命工科給事中張貞觀往泗州勘視水勢，而從給事中楊其休言，放季馴歸，用舒應龍為工部尚書總督河道。
二十年三月，季馴將去，條上辨惑者六事，力言河不兩行，新河不當開，支渠不當浚。又著書曰河防一覽，大旨在築堤障河，束水歸漕；築堰障淮，逼淮注黃。以清刷濁，沙隨水去。合則流急，急則蕩滌而河深；分則流緩，緩則停滯而沙積。上流既急，則海口自闢而無待於開。其治堤之法，有縷堤以束其流，有遙堤以寬其勢，有滾水壩以泄其怒。法甚詳，言甚辯。然當是時，水勢橫潰，徐、泗、淮、揚間無歲不受患，祖陵被水。季馴謂當自消，已而不驗。於是季馴言詘，而分黃導淮之議由此起矣。
貞觀抵泗州言：「臣謁祖陵，見泗城如水上浮盂，盂中之水復滿。祖陵自神路至三橋、丹墀，無一不被水。且高堰危如累卵，又高、寶隱禍也。今欲泄淮，當以闢海口積沙為第一義。然泄淮不若殺黃，而殺黃於淮流之既合，不若殺於未合。但殺於既合者與運無妨，殺於未合者與運稍礙。別標本，究利害，必當殺於未合之先。至於廣入海之途，則自鮑家口、黃家營至魚溝、金城左右，地勢頗下，似當因而利導之。」貞觀又會應龍及總漕陳於陛等言：「淮、黃同趨者惟海，而淮之由黃達海者惟清口。自海沙開濬無期，因而河身日高；自河流倒灌無已，因而清口日塞。以致淮水上浸祖陵，漫及高、寶，而興、泰運堤亦衝決矣。今議闢清口沙，且分黃河之流於清口上流十里地，去口不遠，不至為運道梗。分於上，復合於下，則沖海之力專。合必於草灣之下，恐其復沖正河，為淮城患也。塞鮑家口、黃家營二決，恐橫衝新河，散溢無歸。兩岸俱堤，則東北清、沭、海、安AH下地不虞潰決。計費凡三十六萬有奇。若海口之塞，則潮汐莫窺其涯，難施畚鍤。惟淮、黃合流東下，河身滌而漸深，海口刷而漸闢，亦事理之可必者。」帝悉從其請。乃議於清口上流北岸，開腰鋪支河達於草灣。

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