六年，總理河漕都御史潘季馴築高家堰，及清江浦柳浦灣以東加築禮、智二壩，修寶應、黃清等八淺堤，高、寶減水閘四，又拆新莊閘而改建通濟閘於甘羅城南。明初運糧，自瓜、儀至淮安謂之裡河，自五壩轉黃河謂之外河，不相通。及開清江浦，設閘天妃口，春夏之交重運畢，即閉以拒黃。歲久法馳，閘不封而黃水入。嘉靖末，塞天妃口，於浦南三里溝開新河，設通濟閘以就淮水。已又從萬恭言，復天妃閘。未幾又從御史劉光國言，增築通濟，自仲夏至季秋，隔日一放回空漕船。既而啟閉不時，淤塞日甚，開硃家口引清水灌之，僅通舟。至是改建甘羅城南，專向淮水，使河不得直射。
十年，督漕尚書凌雲翼以運船由清江浦出口多艱險，乃自浦西開永濟河四十五里，起城南窯灣，歷龍江閘，至楊家澗出武家墩，折而東，合通濟閘出口。更置閘三，以備清江浦之險。是時漕河就治，淮、揚免水災者十餘年。初，黃河之害漕也，自金龍口而東，則會通以淤。迨塞沙灣、張秋閘，漕以安，則徐、氵市間數被其害。至崔鎮高堰之決，黃、淮交漲而害漕，乃在淮、揚間，湖潰則敗漕。季馴以高堰障洪澤，俾堰東四湖勿受淮侵，漕始無敗。而河漕諸臣懼湖害，日夜常惴惴。
十三年從總漕都御史李世達議，開寶應月河。寶應汜光湖，諸湖中最湍險者也，廣百二十餘裡。槐角樓當其中，形曲如箕，瓦店翼其南，秤鈎灣翼其北。西風鼓浪，往往覆舟。陳瑄築堤湖東，蓄水為運道。上有所受，下無所宣，遂決為八淺，匯為六潭，興、鹽諸場皆沒。而淮水又從周家橋漫入，溺人民，害漕運。武宗末年，郎中楊最請開月河，部覆不從。嘉靖中，工部郎中陳毓賢、戶部員外范韶、御史聞人詮、運糧千戶李顯皆以為言，議行未果。至是，工部郎中許應逵建議，世達用其言以奏，乃決行之。浚河千七百餘丈，置石閘三，減水閘二，築堤九千餘丈，石堤三之一，子堤五千餘丈。工成，賜名弘濟。尋改石閘為平水閘。應逵又築高郵護城堤。其後，弘濟南北閘，夏秋淮漲，吞吐不及，舟多覆者。神宗季年，督漕侍郎陳薦於南北各開月河以殺河怒，而溜始平。
十五年，督漕侍郎楊一魁請修高家堰以保上流，砌范家口以制旁決，疏草灣以殺河勢，修禮壩以保新城。詔如其議。一魁又改建古洪閘。先是，汶、泗之水由茶城會黃河。隆慶間，濁流倒灌，稽阻運船，郎中陳瑛移黃河口於茶城東八里，建古洪、內華二閘，漕河從古洪出口。後黃水發，淤益甚。一魁既改古洪，帝又從給事中常居敬言，令增築鎮口閘於古洪外，距河僅八十丈，吐納益易，糧運利之。

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工部尚書石星議季馴、居敬條上善後事宜，請分地責成：接築塔山縷堤，清江浦草壩，創築寶應西堤，石砌邵伯湖堤，疏濬裡河淤淺，當在淮、揚興舉；察復南旺、馬踏、蜀山、馬場四湖，建築坎河滾水壩，加建通濟、永通二閘，察復安山湖地，當在山東興舉。帝從其議。未幾，眾工皆成。

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十九年，季馴言：「宿遷以南，地形西AH，請開縷堤放水。沙隨水入，地隨沙高，庶水患消而費可省。」又請易高家堰土堤為石，築滿家閘西攔河壩，使汶、泗盡歸新河。設減水閘於李家口，以泄沛縣積水。從之。十月，淮湖大漲，江都淳家灣石堤、邵伯南壩、高郵中堤、硃家墩、清水潭皆決。郎中黃日謹築塞僅竣，而山陽堤亦決。
二十一年五月，恆雨。漕河泛溢，潰濟寧及淮河諸堤岸。總河尚書舒應龍議：築堽城壩，遏汶水之南，開馬踏湖月河口，導汶水之北。開通濟閘，放月河土壩以殺洶湧之勢。從其奏。數年之間，會通上下無阻，而黃、淮並漲，高堰及高郵堤數決害漕。應龍卒罷去。建議者紛紛，未有所定。
楊一魁代應龍為總河尚書，力主分黃導淮。治踰年，工將竣，又請決湖水以疏漕渠，言：「高、寶諸湖本沃壤也，自淮、黃逆壅，遂成昏墊。今入江入海之路即浚，宜開治涇河、子嬰溝、金灣河諸閘及瓜、儀二閘，大放湖水，就湖疏渠，與高、寶月河相接。既避運道風波之險，而水涸成田，給民耕種，漸議起科，可充河費。」命如議行。時下流既疏，淮水漸帖，而河方決黃堌口。督漕都御史褚鈇恐泄太多，徐、邳淤阻，力請塞之。一魁持不可，浚兩河口至小浮橋故道以通漕。然河大勢南徙，二洪漕屢涸，復大挑黃堌下之李吉口，輓黃以濟之，非久輒淤。
一魁入掌部事。二十六年，劉東星繼之，守一魁舊議，李吉口淤益高。歲冬月，即其地開一小河，春夏引水入徐州，如是者三年，大抵至秋即淤。乃復開趙家圈以接黃，開泇河以濟運。趙家圈旋淤，泇河未復，而東星卒。於是鳳陽巡撫都御史李三才建議自鎮口閘至磨兒莊仿閘河制，三十里一閘，凡建六閘於河中，節宣汶、濟之水，聊以通漕。漕舟至京，不復能如期矣。東星在事，開邵伯月河，長十八里，闊十八丈有奇，以避湖險。又開界首月河，長千八百餘丈。各建金門石閘二，漕舟利焉。
三十二年，總河侍郎李化龍始大開泇河，自直河至李家港二百六十餘裡，盡避黃河之險。化龍憂去，總河侍郎曹時聘終其事，疏敘泇河之功，言：「舒應龍創開韓家莊以泄湖水，而路始通。劉東星大開良城、侯家莊以試行運，而路漸廣。李化龍上開李家港，鑿都水石，下開直河口，挑田家莊，殫力經營，行運過半，而路始開，故臣得接踵告竣。」因條上善後六事，運道由此大通。其後每年三月開泇河壩，由直河口進，九月開召公壩入黃河，糧艘及官民船悉以為準。
四十四年，巡漕御史硃堦請修復泉湖，言：「宋禮築壩戴村，奪二汶入海之路，灌以成河，復導洙、泗、洸、沂諸水以佐之。汶雖率眾流出全力以奉漕，然行遠而竭，已自難支。至南旺，又分其四以南迎淮，六以北赴衛，力分益薄。況此水夏秋則漲，冬春而涸，無雨即夏秋亦涸。禮逆慮其不可恃，乃於沿河昭陽、南旺、馬踏、蜀山、安山諸湖設立斗門，名曰水櫃。漕河水漲，則瀦其溢出者於湖，水消則決而注之漕。積泄有法，盜決有罪，故旱澇恃以無恐。及歲久禁馳，湖淺可耕，多為勢豪所占，昭陽一湖已作籓田。比來山東半年不雨，泉欲斷流，按圖而索水櫃，茫無知者。乞敕河臣清核，亟築堤壩斗門以廣蓄儲。」帝從其請。
方議浚泉湖，而河決徐州狼矢溝，由蛤鰻諸湖入泇河，出直口，運船迎溜艱險。督漕侍郎陳薦開武河等口，泄水平溜。後二年，決口長淤沙，河始復故道。總河侍郎王佐加築月壩以障之。至泰昌元年冬，佐言：「諸湖水櫃已復，安山湖且復五十五里，誠可利漕。請以水櫃之廢興為河官殿最。」從之。

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