成化中，漕運總兵官楊茂言：「每歲自張家灣舍舟，車轉至都下，僱值不貲。舊通惠河石閘尚存，深二尺許，修閘瀦水，用小舟剝運便。」又有議於三里河從張家灣煙墩橋以西疏河泊舟者。下廷臣集議，遣尚書楊鼎、侍郎喬毅相度。上言：「舊閘二十四座，通水行舟。但元時水在宮牆外，舟得入城內海子灣。今水從皇城金水河出，故道不可復行。且元引白浮泉往西逆流，今經山陵，恐妨地脈。又一畝泉過白羊口山溝，兩水沖截難引。若城南三里河舊無河源，正統間修城壕，恐雨多水溢，乃穿正陽橋東南AH下地，開壕口以泄之，始有三里河名。自壕口八里，始接渾河。舊渠兩岸多廬墓，水淺河窄，又須增引別流相濟。如西湖草橋源出玉匠局、馬跑等地，泉不深遠。元人曾用金口水，洶湧沒民舍，以故隨廢。惟玉泉、龍泉及月兒、柳沙等泉，皆出西北，循山麓而行，可導入西湖。請浚西湖之源，閉分水清龍閘，引諸泉水從高梁河，分其半由金水河出，餘則從都城外壕流轉，會於正陽門東。城壕且閉，令勿入三里河併流。大通橋閘河隨旱澇啟閉，則舟獲近倉，甚便。」帝從其議。方發軍夫九萬修濬，會以災異，詔罷諸役。所司以漕事大，乃命四萬人浚城壕，而西山、玉泉及抵張家灣河道，則以漸及焉。越五年，乃敕平江伯陳鋭，副都御史李裕，侍郎翁世資、王詔督漕卒浚通惠河，如鼎、毅前議。明年六月，工成，自大通橋至張家灣渾河口六十餘裡，浚泉三，增閘四，漕舟稍通。然元時所引昌平三泉俱遏不行，獨引一西湖，又僅分其半，河窄易盈涸。不二載，澀滯如舊。正德二年嘗一浚之，且修大通橋至通州閘十有二，壩四十有一。
嘉靖六年，御史吳仲言：「通惠河屢經修復，皆為權勢所撓。顧通流等八閘遺蹟俱存，因而成之，為力甚易，歲可省車費貲二十餘萬。且歷代漕運皆達京師，未有貯國儲於五十里外者。」帝心以為然，命侍郎王軏、何詔及仲偕相度。軏等言：「大通橋地形高白河六丈餘，若浚至七丈，引白河達京城，諸閘可盡罷，然未易議也。計獨浚治河閘，但通流閘在通州舊城中，經二水門，南浦、土橋、廣利三閘皆闤闠衢市，不便轉輓。惟白河濱舊小河廢壩西，不一里至堰水小壩，宜修築之，使通普濟閘，可省四閘兩關轉搬力。」而尚書桂萼言不便，請改修三里河。帝下其疏於大學士楊一清、張璁。一清言：「因舊閘行轉搬法，省運軍勞費，宜斷行之。」璁亦言：「此一勞永逸之計，萼所論費廣功難。」帝乃卻萼議。
明年六月，仲報河成，因疏五事，言：「大通橋至通州石壩，地勢高四丈，流沙易淤，宜時加浚治。管河主事宜專委任，毋令兼他務。官吏、閘夫以罷運裁減，宜複舊額。慶豐上閘、平津中閘今已不用，宜改建通州西水關外。剝船造費及遞歲修艌，俱宜酌處。」帝以先朝屢勘行未即功，仲等四閲月工成，詔予賞，悉從其所請。仲又請留督工郎中何棟專理其事，為經久計。從之。九年擢棟右通政，仍管通惠河道。是時，仲出為處州知府，進所編《通惠河志》。帝命送史館，采入《會典》，且頒工部刊行。自此漕艘直達京師，迄於明末。人思仲德，建祠通州祀之。
薊州河者，運薊州官軍餉道也。明初，海運餉薊州。天順二年，大河衛百戶閔恭言：「南京並直隷各衛，歲用旗軍運糧三萬石至薊州等衛倉，越大海七十餘裡，風濤險惡。新開沽河，北望薊州，正與水套、沽河直，袤四十餘裡而徑，且水深，其間阻隔者僅四之一，若穿渠以運，可無海患。」下總兵都督宋勝、巡按御史李敏行視可否。勝等言便，遂開直沽河。闊五丈，深丈五尺。成化二年一浚，二十年再浚，並浚鴉鴻橋河道，造豐潤縣海運糧儲倉。正德十六年，運糧指揮王瓚言：「直沽東北新河，轉運薊州，河流淺，潮至方可行舟。邊關每匱餉，宜浚使深廣。」從之。初，新河三歲一浚。嘉靖元年易二歲，以為常。十七年浚殷留莊大口至舊倉店百十六里。

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豐潤環香河者，浚自成化間，運粟十餘萬石以餉薊州東路者也。後堙廢，餉改薊州給，大不便。嘉靖四十五年從御史鮑承廕請，復之，且建三閘於北濟、張官屯、鴉鴻橋以瀦水。

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昌平河，運諸陵官軍餉道也。起鞏華城外安濟橋，抵通州渡口。袤百四十五里，其中淤淺三十里難行。隆慶六年大浚，運給長陵等八衛官軍月糧四萬石，遂成流通。萬曆元年復疏鞏華城外舊河。
海運，始於元至元中。伯顏用硃清、張瑄運糧輸京師，僅四萬餘石。其後日增，至三百萬餘石。初，海道萬三千餘裡，最險惡，既而開生道，稍徑直。後殷明略又開新道，尤便。然皆出大洋，風利，自浙西抵京不過旬日，而漂失甚多。
洪武元年，太祖命湯和造海舟，餉北征士卒。天下既定，募水工運萊州洋海倉粟以給永平。後遼左及迤北數用兵，於是靖海侯吳禎、延安侯唐勝宗、航海侯張赫、舳艫侯硃壽先後轉遼餉，以為常。督江、浙邊海衛軍大舟百餘艘，運糧數十萬。賜將校以下綺帛、胡椒、蘇木、錢鈔有差，民夫則復其家一年，溺死者厚恤。三十年，以遼東軍餉贏羡，第令遼軍屯種其地，而罷海運。
永樂元年，平江伯陳瑄督海運糧四十九萬餘石，餉北京、遼東。二年，以海運但抵直沽，別用小船轉運至京，命於天津置露囤千四百所，以廣儲蓄。四年定海陸兼運。瑄每歲運糧百萬，建百萬倉於直沽尹兒灣城。天津衛籍兵萬人戍守。至是，命江南糧一由海運，一由淮、黃，陸運赴衛河，入通州，以為常。陳瑄上言：「嘉定瀕海，當江流之沖，地平衍，無大山高嶼。海舟停泊，或值風濤，觸堅膠淺輒敗。宜於青浦築土為山，立堠表識，使舟人知所避，而海險不為患。」詔從之。十年九月，工成。方百丈，高三十餘丈。賜名寶山。御製碑文紀之。
十三年五月復罷海運，惟存遮洋一總，運遼、薊糧。正統十三年減登州衛海船百艘為十八艘，以五艘運青、萊、登布花鈔錠十二萬餘斤，歲賞遼軍。
成化二十三年，侍郎丘浚進大學衍義補，請尋海運故道與河漕並行，大略言：「海舟一載千石，可當河舟三，用卒大減。河漕視陸運費省什三，海運視陸省什七，雖有漂溺患，然省牽卒之勞、駁淺之費、挨次之守，利害亦相當。宜訪素知海道者，講求勘視。」其說未行。弘治五年，河決金龍口，有請復海運者，朝議弗是。
嘉靖二年，遮洋總漂糧二萬石，溺死官軍五十餘人。五年停登州造船。二十年，總河王以旂以河道梗澀，言：「海運雖難行，然中間平度州東南有南北新河一道，元時建閘直達安東，南北悉由內洋而行，路捷無險，所當講求。」帝以海道迂遠，卻其議。三十八年，遼東巡撫侯汝諒言：「天津入遼之路，自海口至右屯河通堡不及二百里，其中曹泊店、月坨桑、姜女墳、桃花島皆可灣泊。」部覆行之。四十五年，順天巡撫耿隨朝勘海道，自永平西下海，百四十五里至紀各莊，又四百二十六里至天津，皆傍岸行舟。其間開洋百二十里，有建河、糧河、小沽、大沽河可避風。初允其議，尋以御史劉翾疏沮而罷。是年，從給事中胡應嘉言，革遮洋總。

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