郎中徐元祉受命振災，上言：「河本以泄水，今反下壅；澱本以瀦水，今反上溢。故畿輔常苦水，順天利害相半，真定利多於害，保定害多於利，河間全受其害。弘、正間，嘗築長堤，排決口，旋即潰敗。今惟疏濬可施，其策凡六。一浚本河，俾河身寬邃。九河自山西來者，南合滹沱而不侵真定諸郡，北合白溝而不侵保定諸郡。此第一義也。一浚支河。令九河之流，經大清河，從紫城口入；經文都村，從涅槃口入；經白洋澱，從蘭家口入；經章哥AH，從楊村河入。直遂以納細流，水力分矣。一浚決河。九河安流時，本支二河可受，遇漲則岸口四沖。宜每衝量存一口，復浚令合成一渠，以殺湍急，備淫溢。一浚澱河。令澱澱相通，達於本支二河，使下有所泄。一浚淤河。九河東逝，悉由故道，高者下，下者通。佔據曲防者抵罪。一浚下河。九河一出青縣，一出丁字沽，二流相匝於苑家口。故施工必自苑家口始，漸有成效，然後次第舉行，庶減諸郡水害。」帝嘉納之。
明年，香河郭家莊自開新河一道，長百七十丈，闊五十丈，近舊河十里餘。詔河官亟繕治。
十三年，巡撫都御史周金言：「蘭家圈決口，塞之則東溢，病河間；不塞則東流漸淤，病保定。宜存決口而浚廣新河，使水東北平流，無壅涸患。」從之。
二十四年，浚南京後湖。初，胡體乾按吳，以松江泛溢，進六策：“曰開川，曰浚湖，曰殺上流之勢，曰決下流之壑，曰排潮漲之沙，曰立治田之規。是年，呂光洵按吳，復奏蘇、松水利五事：

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一曰廣疏濬以備瀦泄。三吳澤國，西南受太湖諸澤，水勢尤卑。東北際海，岡隴之地，視西南特高。高苦旱，卑苦澇。昔人於下流疏為塘浦，導諸湖水北入江，東入海，又引江潮流衍於岡隴外。瀦泄有法，水旱無患。比來縱浦橫塘，多堙不治，惟黃浦、劉河二江頗通。然太湖之水源多勢盛，二江不足以泄之。岡隴支河又多壅絶，無以資灌溉。於是高下俱病，歲常告災。宜先度要害，於氵殿山等茭蘆地，導太湖水散入陽城、昆承、三泖等湖。又開吳淞江及大石、趙屯等浦，泄澱山之水以達於海。浚白茆、鯰魚諸口，泄昆承之水以注於江。開七浦、鹽鐵等塘，泄陽城之水以達於江。又導田間之水，悉入小浦，以納大浦，使流者皆有所歸，瀦者皆有所泄。則下流之地治，而澇無所憂矣。乃浚艾祁、通波以溉青浦，浚顧浦、吳塘以溉嘉定，浚大瓦等浦以溉崑山之東，浚許浦等塘以溉常熟之北，浚臧村等港以溉金壇，浚澡港等河以溉武進。凡隴岡支河堙塞不治者，皆浚之深廣，使復其舊。則上流之地亦治，而旱無所憂矣。此三吳水利之經也。
一曰修圩岸以固橫流。蘇、松、常、鎮東南下流，而蘇、松又常、鎮下流，易瀦難泄。雖導河浚浦引注江海，而秋霖泛漲，風濤相薄，則河浦之水逆行田間，沖嚙為患。宋轉運使王純臣嘗令蘇、湖作田塍禦水，民甚便之。司農丞郟亦云：「治河以治田為本。」故老皆云，前二三十年，民間足食，因餘力治圩岸，田益完美。近皆空乏，無暇修繕，故田圩漸壞，歲多水災。合敕所在官司專治圩岸。岸高則田自固，雖有霖澇，不能為害。且足制諸湖之水咸歸河浦中，則不待決泄，自然湍流。而岡隴之地，亦因江水稍高，又得畝引以資灌溉，不特利於低田而已。
一曰復板閘以防污氵殿。河浦之水皆自平原流入江海，水慢潮急，以故沙隨浪湧，其勢易淤。昔人權其便宜，去江海十里許夾流為閘，隨潮啟閉，以禦淤沙。歲旱則長閉以蓄其流，歲澇則長啟以宣其溢，所謂置閘有三利，蓋謂此也。近多堙塞，惟常熟福山閘尚存。故老以為河浦入海之地，誠皆置閘，自可歷久不壅。

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一曰量緩急以處工費。
一曰重委任以責成功。
詔悉如議。光洵因請專委巡撫歐陽必進。從之。二十六年，給事中陳斐請仿江南水田法，開江北溝洫，以祛水患，益歲收。報可。
三十八年，總督尚書楊博請開宣、大荒田水利。從之。巡撫都御史翁大立言：「東吳水利，自震澤浚源以注江，三江導流以入海，而蘇州三十六浦，松江八匯，毘陵十四瀆，共以節宣旱澇。近因倭寇衝突，汊港之交，率多釘柵築堤以為捍禦，因致水流停瀦，淤滓日積。渠道之間，仰高成阜。且具區湖泖，並水而居者雜蒔茭蘆，積泥成蕩，民間又多自起圩岸。上流日微，水勢日殺。黃浦、婁江之水又為舟師所居，下流亦淤。海潮無力，水利難興，民田漸磽。宜於吳淞、白茆、七浦等處造成石閘，啟閉以時。挑鎮江、常州漕河深廣，使輸輓無阻，公私之利也。」詔可。
四十二年，給事中張憲臣言：「蘇、松、常、嘉、湖五郡水患疊見。請浚支河，通潮水；築圩岸，禦湍流。其白茆港、劉家河、七浦、楊林及凡河渠河蕩壅淤沮洳者，悉宜疏導。」帝以江南久苦倭患，民不宜重勞，令酌浚支河而已。四十五年，參政凌雲翼請專設御史督蘇、松水利。詔巡鹽御史兼之。
隆慶三年，開湖廣竹筒河以泄漢江。巡撫都御史海瑞疏吳淞江下流上海淤地萬四千丈有奇。江面舊三十丈，增開十五丈，自黃渡至宋家橋長八十里。明年春，瑞言：「三吳入海之道，南止吳淞，北止白茆，中止劉河。劉河通達無滯，吳淞方在挑疏。土人請開白茆，計浚五千餘丈，役夫百六十四萬餘。」又言：「吳淞役垂竣，惟東西二壩未開。父老皆言崑山夏駕口、吳江長橋、長洲寶帶橋、吳縣胥口及凡可通流下吳淞者，逐一挑畢，方可開壩。」並從之。是年築海鹽海塘。越四年，從巡撫侍郎徐栻議，復開海鹽秦駐山，南至澉浦舊河。
萬曆二年，築荊州采穴，承天泗港、謝家灣諸決堤口。復築荊、岳等府及松滋諸縣老垸堤。
四年，巡撫都御史宋儀望言：「三吳水勢，東南自嘉、秀沿海而北，皆趨松江，循黃浦入海；西北自常、鎮沿江而東，皆趨江陰、常熟。其中太湖瀦蓄，匯為巨浸，流注龐山、瀆墅、澱山、三泖，陽城諸湖。乃開浦引湖，北經常熟七浦、白茆諸港入於江，東北經崑山、太倉穿劉家河，東南通吳淞江、黃浦，各入於海。諸水聯絡，四面環護，中如仰盂。杭、嘉湖、常、鎮勢繞四隅，蘇州居中，松江為諸水所受，最居下。乞專設水利僉事以裨國計。」部議遣御史董之。
六年，巡撫都御史胡執禮請先浚吳淞江長橋、黃浦。先是，巡按御史林應訓言：
“蘇、松水利在開吳淞江中段，以通入海之勢。太湖入海，其道有三：東北由劉河，即古婁江故道；東南由大黃浦，即古東江遺意；其中為吳淞江，經崑山、嘉定、青浦、上海，乃太湖正脈。今劉河、黃浦皆通，而中江獨塞者，蓋江流與海潮遇，海潮渾濁，賴江水迅滌之。劉河獨受巴、陽諸湖，又有新洋江、夏駕浦從旁以注；大黃浦總會杭、嘉之水，又有澱山、泖蕩從上而灌。是以流皆清駛，足以敵潮，不能淤也。
惟吳淞江源出長橋、石塘下，經龐山、九里二湖而入。今長橋、石塘已堙，龐山、九里復為灘漲，其來已微。又有新洋江、夏駕浦掣其水以入劉河，勢乃益弱，不能勝海潮洶湧之勢而滌濁渾之流，日積月累，淤塞僅留一綫。水失故道，時致淫濫。支河小港，亦復壅滯。舊熟之田，半成荒畝。

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