時胡宗憲為總督，誅海賊徐海、汪直。直部三千人，復勾倭入寇，閩、廣益騷。三十七年，都御史王詢請「分福建之福、興為一路，領以參將，駐福寧，水防自流江、烽火門、俞山、小埕至南日山，漳、泉為一路，領以參將，駐詔安，水防自南日山至浯嶼、銅山、玄鐘、走馬溪、安邊館。水陸兵皆聽節制。福建省城介在南北，去海僅五十里，宜更設參將，選募精稅部領哨船，與主客兵相應援」。部覆從之。廣東惠、潮亦增設參將，駐揭陽。福建巡撫都御史游震得言：「浙江溫、處與福寧接壤，倭所出沒，宜進戚繼光為副總兵，守之。而增設福寧守備，隷繼光。漳州之月港亦增設守備，隷總兵官俞大猷。延、建、邵為八閩上游，宜募兵以備緩急。」皆允行。既而宗憲被逮，罷總督官，以浙江巡撫趙炳然兼任軍事。炳然因請令定海總兵屬浙江，金山總兵屬南直，俱兼理水陸軍務，互相策應。其後，莆田倭寇平，乃復五水寨舊制。
五寨者，福寧之烽火門，福州之小埕澳，興化之南日山，泉州之浯嶼，漳州之西門澳，亦曰銅山。景泰三年，鎮守尚書薛希璉奏建者也，後廢。至是巡撫譚綸疏言：「五寨守扼外洋，法甚周悉，宜複舊。以烽火門、南日、浯嶼三宗為正兵，銅山、小埕二宗為遊兵。寨設把總，分汛地，明斥堠，嚴會哨。改三路參將為守備。分新募浙兵為二班，各九千人，春秋番上。各縣民壯皆補用精悍，每府領以武職一人，兵備使者以時閲視。」帝皆是之。狼山故設副總兵，至是改為鎮守總兵官，兼轄大江南北。迨隆慶初，倭漸不為患，而諸小寇往往有之。
萬曆三年，設廣東南澳總兵官，以其據漳、泉要害也。久之，倭寇朝鮮，朝廷大發兵往援，先後六年。於是設巡撫官于天津，防畿甸。後十餘年，從南直巡按御史顏思忠言，分淮安大營兵六百守廖角嘴。從福建巡撫丁繼嗣言，設兵自浙入閩之三江及劉澳，而易海澄團練營土著軍以浙兵。
天啟中，築城于澎湖，設游擊一，把總二，統兵三千，築砲台以守。先是，萬曆中，許孚遠撫閩，奏築福州海壇山，因及澎湖諸嶼，且言浙東沿海陳錢、金塘、玉環、南麂諸山俱宜經理，遂設南麂副總兵，而澎湖不暇及。其地遙峙海中，逶迤如修蛇，多岐港零嶼，其中空間可藏巨艘。初為紅毛所據，至是因巡撫南居益言，乃奪而守之。

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自世宗世倭患以來，沿海大都會，各設總督、巡撫、兵備副使及總兵官、參將、游擊等員，而諸所防禦，于廣東則分東、中、西三路，設三參將；于福建則有五水寨；于浙則有六總，一金鄉、盤石二衛，一鬆門、海門二衛，一昌國衛及錢倉、爵溪等所，一定海衛及霩戺、大嵩等所，一觀海、臨山二衛，一海寧衛，分統以四參將；于南直隷則乍浦以東，金山衛設參將，黃浦以北，吳淞江口設總兵；于淮、揚則總兵駐通州，游擊駐廟灣，又于揚州設陸兵游擊，待調遣；于山東則登、萊、青三府設巡察海道之副使，管理民兵之參將，總督沿海兵馬備倭之都指揮，于薊、遼則大沽海口宿重兵，領以副總兵，而以密雲、永平兩游擊為應援。山海關外，則廣寧中、前等五所兵守各汛，以寧前參將為應援，而金、復、海、蓋諸軍皆任防海。三岔以東，九聯城外創鎮江城，設游擊，統兵千七百，哨海上，北與寬奠參將陸營相接，共計凡七鎮，而守備、把總、分守、巡徼會哨者不下數百員。以三、四、五月為大汛，九、十月為小汛。蓋遭倭甚毒，故設防亦最密雲。

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日本地與閩相值，而浙之招寶關其貢道在焉，故浙、閩為最沖。南寇則廣東，北寇則由江犯留都、淮、揚，故防海外，防江為重。洪武初，于都城南新江口置水兵八千。已，稍置萬二千，造舟四百艘。又設陸兵于北岸浦子口，相掎角。所轄沿江諸郡。上自九江、廣濟、黃梅，下抵蘇、松、通、泰，中包安慶、池、和、太平，凡盜賊及販私鹽者，悉令巡捕，兼以防倭。永樂時，特命勛臣為帥視江操，其後兼用都御史。成化四年，從錦衣衛僉事馮瑤言，令江兵依地設防，于瓜、儀、太平置將領鎮守。後六年，守備定西侯蔣琬奏調建陽、鎮江諸衛軍補江兵缺伍。十三年，命擇武大臣一人職江操，毋攝營務。又五年，從南京都御史白昂言，敕沿江守備官互相應援，並給關防。著為令。弘治中，命新江口兩班軍如京營例，首班歇，即以次班操。嘉靖八年，江陰賊侯仲金等作亂，給事中夏言請設鎮守江、淮總兵官。已而寇平，總兵罷不設。十九年，沙賊黃艮等復起。帝詰兵部以罷總兵之故，乃復設，給旗牌符敕，提督沿江上下。後復裁罷。三十二年，倭患熾，復設副總兵于金山衛，轄沿海至鎮江，與狼山副總兵水陸相應。時江北俱被倭，於是量調九江、安慶官軍守京口、圌山等地。久之，給事中范宗吳言：「故事，操江都御史防江，應、鳳二巡撫防海。後因倭警，遂以鎮江而下，通常、狼、福諸處隷之操江，以故二撫臣得諉其責。操江又以向非本屬兵，難遙制，亦漠然視之，非委任責成意。宜以圌山、三江會口為操、撫分界。」報可。其後增上下兩江巡視御史，得舉劾有司將領，而以南京僉都御史兼理操江，不另設。
先是，增募水兵六千。隆慶初，以都御史吳時來請，留四之一，余悉罷遣，並裁中軍把總等官。已，復令分汛設守，而責以上下南北互相策應。又從都御史宋儀望言，諸軍皆分駐江上，不得居城市。萬曆二十年，以倭警，言者請復設京口總兵。南京兵部尚書衷貞吉等謂既有吳淞總兵，不宜兩設。乃設兵備使者，每春汛，調備倭都督，統衛所水、陸軍赴鎮江。後七年，操江耿定力奏：「長江千餘里，上江列營五，兵備臣三；下江列營五，兵備臣二。宜委以簡閲訓練，即以精否為兵備殿最。」部議以為然。故事，南北總哨官五日一會哨于適中地，將領官亦月兩至江上會哨。其後多不行。崇禎中，復以勛臣任操江，偷惰成習，會哨巡徼皆虛名，非有實矣。
衛所之外，郡縣有民壯，邊郡有土兵。
太祖定江東，循元制，立管領民兵萬戶府。後從山西行都司言，聽邊民自備軍械，團結防邊。閩、浙苦倭，指揮方謙請籍民丁多者為軍。尋以為患鄉裡，詔閩、浙互徙。時已用民兵，然非召募也。正統二年，始募所在軍余、民壯願自效者，陝西得四千二百人。人給布二匹，月糧四斗。景泰初，遣使分募直隷、山東、山西、河南民壯，撥山西義勇守大同，而紫荊、倒馬二關，亦用民兵防守，事平免歸。
成化二年，以邊警，復二關民兵。敕御史往延安、慶陽選精壯編伍，得五千餘人，號曰土兵。以延綏巡撫盧祥言邊民驍果，可練為兵，使護田裡妻子，故有是命。

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