英宗以後，仁、宣之政衰。正統初，三楊當國，猶恪守祖法，禁內外諸司鍛鍊刑獄。刑部尚書魏源以災旱上疑獄 ，請命各巡撫審錄。從之。無巡撫者命巡按。清軍御史、行在都察院亦以疑獄上，通審錄之。御史陳祚言：「法司論獄，多違定律，專務刻深。如戶部侍郎吳璽舉淫行主事吳軏，宜坐貢舉非其人罪，乃加以奏事有規避律斬。及軏自經死，獄官卒之罪，明有遞減科，乃援不應為事理重者，概杖之。夫原情以定律，祖宗防範至周，而法司乃抑輕從重至此，非所以廣聖朝之仁厚也。今後有妄援重律者，請以變亂成法罪之。」帝是其言，為申警戒。至六年，王振始亂政，數辱廷臣，刑章大紊。侍講劉球條上十事，中言：「天降災譴，多感於刑罰之不中。宜一任法司，視其徇私不當者而加以罪。雖有觸忤，如漢犯蹕盜環之事，猶當聽張釋之之執奏而從之。」帝不能用。而球即以是疏觸振怒，死於獄。然諸酷虐事，大率振為之，帝心頗寬平。十一年，大理卿俞士悅以毆鬥殺人之類百餘人聞，請宥，俱減死戍邊。景泰中，陽谷主簿馬彥斌當斬，其子震請代死。特宥彥斌，編震充邊衛軍。大理少卿薛瑄曰：「法司發擬罪囚，多加參語奏請，變亂律意。」詔法官問獄，一依律令，不許妄加參語。六年，以災異審錄中外刑獄，全活者甚眾。天順中，詔獄繁興，三法司、錦衣獄多繫囚未決，吏往往泄獄情為奸。都御史蕭維楨附會徐有貞，枉殺王文、于謙等。而刑部侍郎劉廣衡即以詐撰制文，坐有貞斬罪。其後緹騎四出，海內不安。然霜降後審錄重囚，實自天順間始。至成化初，刑部尚書陸瑜等以請，命舉行之。獄上，杖其情可矜疑者，免死發戍。列代奉行，人獲沾法外恩矣。
憲宗之即位也，敕三法司：「中外文武群臣除臓罪外，所犯罪名紀錄在官者，悉與湔滌。」其後歲以為常。十年，當決囚 ，冬至節近，特命過節行刑。既而給事中言，冬至後行刑非時，遂詔俟來年冬月。山西巡撫何喬新劾奏遲延獄詞僉事尚敬、劉源，因言：「凡二司不決斷詞訟者，半年之上，悉宜奏請執問。」帝曰：「刑獄重事，《周書》曰：‘要囚，服念五六日至于旬時’，特為未得其情者言耳。苟得其情，即宜決斷。無罪拘幽，往往瘐死，是刑官殺之也。故律特著淹禁罪囚之條，其即以喬新所奏，通行天下。」又定製，凡盜賊臓仗未真、人命死傷未經勘驗、輒加重刑致死獄中者，審勘有無故失明白，不分軍民職官，俱視酷刑事例為民。侍郎楊宣妻悍妒，殺婢十餘人，部擬命婦合坐者律，特命決杖五十。時帝多裨政，而于刑獄尤慎之，所失惟一二事。嘗欲殺一囚，不許覆奏。御史方佑復以請，帝怒，杖謫佑。吉安知府許總有罪，中官黃高嗾法司論斬。給事中白昂以未經審錄為請，不聽，竟乘夜斬之。
孝宗初立，免應決死罪四十八人。元年，知州劉概坐妖言罪斬，以王恕爭，得長系。末年 ，刑部尚書閔珪讞重獄，忤旨，久不下。帝與劉大夏語及之，對曰：「人臣執法效忠，珪所為無足異。」帝曰：「且道自古君臣曾有此事否？」對曰：「臣幼讀《孟子》，見瞽瞍殺人，皋陶執之語。珪所執，未可深責也。」帝頷之。明日疏下，遂如擬。前後所任司寇何喬新、彭韶、白昂、閔珪皆持法平者，海內翕然頌仁德焉。

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正德五年會審重囚，減死者二人。時冤濫滿獄，李東陽等因風霾以為言，特許寬恤。而刑官懼觸劉瑾怒，所上止此。後磔流賊趙鐩等於市 ，剝為魁者六人皮。法司奏祖訓有禁，不聽。尋以皮製鞍鐙，帝每騎乘之。而廷杖直言之臣，亦武宗為甚。

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世宗即位七月，因日精門災，疏理冤抑，命再問緩死者三十八人，而廖鵬、王瓛、齊佐等與焉。給事中李復禮等言：「鵬等皆江彬、錢寧之黨。王法所必誅。」乃令禁之如故。後皆次第伏法。自杖諸爭大禮者 ，遂痛折廷臣。六年，命張璁、桂萼、方獻夫攝三法司，變李福達之獄，欲坐馬錄以奸黨律。楊一清力爭，乃戍錄，而坐罪者四十餘人。璁等以為己功，遂請帝編《欽明大獄錄》頒示天下。是獄所坐，大抵璁三人夙嫌者。以祖宗之法，供權臣排陷，而帝不悟也。八年，京師民張福殺母，訴為張柱所殺，刑部郎中魏應召覆治得實。而帝以柱乃武宗後家仆，有意曲殺之，命侍郎許訁贊盡反讞詞，而下都御史熊浹及應召于獄。其後，猜忌日甚，冤濫者多，雖間命寬恤，而意主苛刻。嘗諭輔臣：「近連歲因災異免刑，今復當刑科三覆請旨。朕思死刑重事，欲將盜陵殿等物及毆罵父母大傷倫理者取決，余令法司再理，與卿共論，慎之慎之。」時以為得大體。越數年，大理寺奉詔讞奏獄囚應減死者。帝謂諸囚罪皆不赦，乃假借恩例縱奸壞法，黜降寺丞以下有差。自九年舉秋謝醮免決囚，自後或因祥瑞，或因郊祀大報，停刑之典每歲舉行。然屢譴怒執法官，以為不時請旨，至上迫冬至，廢義而市恩也。遂削刑部尚書吳山職，降調刑科給事中劉三畏等。中年益肆誅戮，自宰輔夏言不免。至三十七年，乃出手諭，言：「司牧者未盡得人，任情作威。湖廣幼民吳一魁二命枉刑，母又就捕，情迫無控，萬里叩閽。以此推之，冤抑者不知其幾。爾等宜亟體朕心，加意矜恤。仍通行天下，咸使喻之。」是詔也，恤恤乎有哀痛之思焉。末年，主事海瑞上書觸忤，刑部當以死。帝持其章不下，瑞得長系。穆宗立，徐階緣帝意為遺詔，盡還諸逐臣，優恤死亡，縱釋幽系。讀詔書者無不嘆息。
萬曆初，冬月，詔停刑者三矣。五年九月，司禮太監孫得勝復傳旨：「奉聖母諭，大婚期近 ，命閣臣于三覆奏本，擬旨免刑。」張居正言：「祖宗舊制，凡犯死罪鞫問既明，依律棄市。嘉靖末年，世宗皇帝因齋醮，始有暫免不決之令，或間從御筆所勾，量行取決。此特近年姑息之弊，非舊制也。臣等詳閲諸囚罪狀，皆滅絶天理，敗傷彞倫，聖母獨見犯罪者身被誅戮之可憫，而不知彼所戕害者皆含冤蓄憤于幽冥之中，使不一雪其痛，怨恨之氣，上干天和，所傷必多。今不行刑，年復一年，充滿囹圄，既費關防，又乖國典，其於政體又大謬也。」給事中嚴用和等亦以為言。詔許之。十二年，御史屠叔明請釋革除忠臣外親。命自齊、黃外，方孝孺等連及者俱勘豁。帝性仁柔，而獨惡言者。自十二年至三十四年，內外官杖戍為民者至百四十人。後不復視朝，刑闢罕用，死囚屢停免去。天啟中，酷刑多，別見，不具論。

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