世宗立，革錦衣傳奉官十六，汰旗校十五，復諭緝事官校，惟察不軌、妖言、人命、強盜重事 ，他詞訟及在外州縣事，毋得與。未幾，事多下鎮撫，鎮撫結內侍，多巧中。會太監崔文奸利事發，下刑部，尋以中旨送鎮撫司。尚書林俊言：「祖宗朝以刑獄付法司，事無大小，皆聽平鞫。自劉瑾、錢寧用事，專任鎮撫司，文致冤獄，法紀大壞。更化善治在今日，不宜復以小事撓法。」不聽。俊復言：「此途一開，恐後有重情，即夤緣內降以圖免，實長亂階。」御史曹懷亦諫曰：「朝廷專任一鎮撫，法司可以空曹，刑官為冗員矣。」帝俱不聽。六年，侍郎張璁等言：「祖宗設三法司以糾官邪，平獄訟，設東廠、錦衣衛以緝盜賊，詰奸宄。自今貪官冤獄仍責法司，其有徇情曲法，乃聽廠衛覺察。盜賊奸宄，仍責廠衛，亦必送法司擬罪。」詔如議行。然官校提人恣如故。給事中蔡經等論其害，願罷勿遣。尚書胡世寧請從其議。詹事霍韜亦言：「刑獄付三法司足矣，錦衣衛復橫撓之。昔漢光武尚名節，宋太祖刑法不加衣冠，其後忠義之徒爭死效節。夫士大夫有罪下刑曹，辱矣。有重罪，廢之、誅之可也，乃使官校眾執之，脫冠裳，就桎梏。朝列清班，暮幽犴獄，剛心壯氣，銷折殆盡。及覆案非罪，即冠帶立朝班，武夫捍卒指目之曰：‘某，吾辱之，某，吾系執之。’小人無所忌憚，君子遂致易行。此豪傑所以興山林之思，而變故罕仗節之士也。願自今東廠勿與朝儀，錦衣衛勿典刑獄。士大夫罪謫廢誅，勿加笞杖鎖梏，以養廉恥，振人心，勵士節。」帝以韜出位妄言，不納。祖制，凡朝會，廠衛率屬及校尉五百名，列侍奉天門下糾儀。凡失儀者，即褫衣冠，執下鎮撫司獄，杖之乃免，故韜言及之。迨萬曆時，失儀者始不付獄，罰俸而已。世宗銜張鶴齡、延齡，奸人劉東山等乃誣二人毒魘咒詛。帝大怒，下詔獄，東山因株引素所不快者。衛使王佐探得其情，論以誣罔法反坐。佐乃枷東山等闕門外，不及旬悉死，人以佐比牟斌。牟斌者，弘治中指揮也。李夢陽論延齡兄弟不法事，下獄，斌傅輕比，得不死雲。世宗中年，衛使陸炳為忮，與嚴嵩比，而傾夏言。然帝數興大獄，而炳多保全之，故士大夫不疾炳。
萬曆中，建言及忤礦稅榼者，輒下詔獄。刑科給事中楊應文言：「監司守令及齊民被逮者百五十餘人，雖已打問，未送法司 ，獄禁森嚴，水火不入，疫癘之氣，充斥囹圄。」衛使駱思恭亦言：「熱審歲舉，俱在小滿前，今二年不行。鎮撫司監犯且二百，多拋瓦聲冤。」鎮撫司陸逵亦言：「獄囚怨恨，有持刀斷指者。」俱不報。然是時，告訐風衰，大臣被錄者寡。其末年，稍寬逮系諸臣，而錦衣獄漸清矣。
田爾耕、許顯純在熹宗時為魏忠賢義子，其黨孫雲鶴、楊寰、崔應元佐之，拷楊漣、左光鬥輩，坐臓比較，立限嚴督之。兩日為一限 ，輸金不中程者，受全刑。全刑者曰械，曰鐐，曰棍，曰拶，曰夾棍。五毒備具，呼BK聲沸然，血肉潰爛，宛轉求死不得。顯純叱吒自若，然必伺忠賢旨，忠賢所遣聽記者未至，不敢訊也。一夕，令諸囚分舍宿。於是獄卒曰：「今夕有當壁挺者。」壁挺，獄中言死也。明日，漣死，光鬥等次第皆鎖頭拉死。每一人死，停數日，葦席裹尸出牢戶，蟲蛆腐體。獄中事秘，其家人或不知死日。莊烈帝擒戮逆黨，冤死家子弟望獄門稽顙哀號，為文以祭。帝聞之惻然。

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自劉瑾創立枷，錦衣獄常用之。神宗時，御史硃應轂具言其慘，請除之。不聽。至忠賢，益為大枷 ，又設斷脊、墜指、刺心之刑。莊烈帝問左右：「立枷何為？」王體乾對曰：「以罪巨奸大憝耳。」帝愀然曰：「雖如此，終可憫。」忠賢為頸縮。東廠之禍，至忠賢而極。然廠衛未有不相結者，獄情輕重，廠能得于內。而外廷有扞格者，衛則東西兩司房訪緝之，北司拷問之，鍛鍊周內，始送法司。即東廠所獲，亦必移鎮撫再鞫，而後刑部得擬其罪。故廠勢強，則衛附之，廠勢稍弱，則衛反氣凌其上。陸炳緝司禮李彬、東廠馬廣陰事，皆至死，以炳得內閣嵩意。及後中官愈重，閣勢日輕。閣臣反比廠為之下，而衛使無不競趨廠門，甘為役隷矣。

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錦衣衛升授勛衛、任子、科目、功升，凡四途。嘉靖以前，文臣子弟多不屑就。萬曆初，劉守有以名臣子掌衛，其後皆樂居之。士大夫與往還 ，獄急時，頗賴其力。守有子承禧及吳孟明其著者也。莊烈帝疑群下，王德化掌東廠，以慘刻輔之，孟明掌衛印，時有縱舍，然觀望廠意不敢違。而鎮撫梁清宏、喬可用朋比為惡。凡縉紳之門，必有數人往來蹤跡，故常晏起早闔，毋敢偶語。旗校過門，如被大盜，官為囊橐，均分其利。京城中奸細潛入，傭夫販子陰為流賊所遣，無一舉發，而高門富豪跼蹐無寧居。其徒黠者恣行請託，稍拂其意，飛誣立構，摘竿牘片字，株連至十數人。姜采、熊開元下獄，帝諭掌衛駱養性潛殺之。養性泄上語，且言：「二臣當死，宜付所司，書其罪，使天下明知。若陰使臣殺之，天下後世謂陛下何如主？」會大臣多為采等言，遂得長系。此養性之可稱者，然他事肆虐亦多矣。
錦衣舊例有功賞，惟緝不軌者當之。其後冒濫無紀，所報百無一實。吏民重困，而廠衛題請輒從。隆慶初，給事中歐陽一敬極言其弊 ，言：「緝事員役，其勢易逞，而又各類計所獲功次，以為升授。則憑可逞之勢，邀必獲之功，枉人利己，何所不至。有盜經出首倖免，故令多引平民以充數者；有括家囊為盜臓，挾市豪以為證者；有潛構圖書，懷挾偽批，用妖言假印之律相誣陷者；或姓名相類，朦朧見收；父訴子孝，坐以忤逆。所以被訪之家，諺稱為剗，毒害可知矣。乞自今定製，機密重情，事干憲典者，廠衛如故題請。其情罪不明，未經讞審，必待法司詳擬成獄之後，方與紀功。仍敕兵、刑二部勘問明白，請旨升賞。或經緝拿未成獄者，不得虛冒比擬，及他詞訟不得概涉，以侵有司之事。如獄未成，而官校及鎮撫司拷打傷重，或至死者，許法司參治。法司容隱扶同，則聽科臣並參。如此則功必覆實，訪必當事，而刑無冤濫。」時不能用也。

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