蒙古貴族在侵入中原的初期，由於他們還不知道農業經濟的重要性，曾佔領一部分農田為牧場，蒙古大臣別迭等人甚至提出了「漢人無補于國，可悉空其人以為牧地」的主張。但在元世祖統一中國的過程中，在中原和江南地區高度發展的農業經濟影響下，蒙古貴族不得不放棄落後的遊牧經濟和剝削方式，開始重視農業，採取了一些恢復農業生產的措施。由於農民的辛勤勞動，南方的農業在原來比較發達的基礎上繼續有所發展，北方的農業也逐漸獲得恢復。「民間墾闢種藝之業，增前數倍。」(《農桑輯要》王磐原序)棉花種植也有了進一步的發展。元代出現了十多種農業科學專著，其中王禎的《農書》總結了從《齊民要術》以來我國人民在農業生產上取得的成就，介紹了三百多種農具的構造和使用方法，對元代及以後的農業生產起了促進作用。

元朝建立初期，為了滿足蒙古貴族的消費和供應官府的需要，曾在大都等地設置了各種官營的手工業作坊和管理手工業的機構，拘略全國工匠達數十萬人，在工場進行半奴隷式的勞動。民間手工業生產一度受到破壞。到元成宗元貞大德(1295—1307)年間，隨着農業生產的恢復和發展，民間手工業也在前代的基礎上有所發展。松江人黃道婆從海南島黎族人民那裡學習到紡織棉布的新技術，帶回上海，很快就在江浙一帶推廣。絲織業是江南農民的主要副業，這時杭州城內已開始出現小型的絲織業手工作坊。瓷器在宋代的基礎上繼續發展，產品遠銷國內外。

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由於農業和手工業的恢復和發展，海運和漕運的溝通，中西交通的擴大，促進了大城市經濟的繁榮。《馬哥孛羅行紀》記載當時大都(今北京)的狀況說：「外國巨價異物及百物之輸入此城者，世界諸城無能與比。蓋各人自各地攜物而至，或以獻君主，或以獻宮廷，或以供此廣大之城市，或以獻眾多之男爵騎尉，或以供屯駐附近之大軍。百物輸入之眾，有如川流不息。」又說：「娼妓為數亦伙，計有二萬有餘。」南宋滅亡之後不久，杭州的繁華也很快恢復，據關漢卿在當時所見到的景象是「滿城中綉幕風簾，一哄地人煙輳集」，「百十里街衢整齊，萬餘家樓閣參差」。此外，如中定(今濟南)、太原、平陽(今臨汾)、京兆(今西安)、彰德、涿州、汴梁(今開封)、泉州、溫州、蘇州、廣州等地，工商業都很繁盛，為雜劇和南戲的發展準備了物質條件。

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