達爾文在給亨斯羅寄去一箱化石時，特別注意把這些蒐集物依次編上號，並加以完善保存。他後來給亨斯羅寫道：「我被您把所有骸骨都清除乾淨這句話弄得驚惶不安，因為害怕把印在遺骸上的編號弄掉了。為什麼我這樣擔心呢？因為一部分骸骨是從含有現代貝殼的礫石中挖掘出來的，而其他的骸骨是在完全另外一些地層中挖掘出來的。刺鼠的骸骨也是與現代形狀的貝殼在一起的，我認為這是一種美洲所特有的動物，而且我也有興趣來證明，該屬性物種之一在大懶獸時期就有，這些地點和其他許多地點都取決於細心地把編號保存好。」
毋庸置疑，這些化石由於與研究物種起源問題有關係，所以當時就已使達爾文感興趣。古生物學的各種發現，說明對物種的可變性很有利，所以達爾文不得不對賴爾關於有機世界論斷的正確性特別懷疑。
此外，達爾文又開始指出證明拉馬克想法是正確的所有事實。拉馬克的想法是：在更加深入研究和認識物種的新的形態之後，各動物類群和物種之間的許多空白點常常被填補。關於箭齒獸化石，他後來說：「從它的身體大小來看，它有像那樣大；從它的牙齒構造來看，它和嚙齒目動物是親緣；從某些特徵來看，它又和厚皮類動物相類似；根據它的眼睛、耳朵和鼻孔的部位來判斷，它大概是水生動物，其部位和儒艮和海牛一樣。」因此，有那麼多目的動物的特徵兼容于該動物的身上。
他還指出，在沙漠裡最常見的諾丘鳥，按其習性和外貌來說像田鷸和鵪鶉。

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當這種鳥緊貼地面蹲伏着時，就很難從它周圍的地面背景上辨認出它來。
他開始注意到了一些彼此相似的物種，他注意到了在拉普拉塔常見的灶巢鳥，它的顏色、叫聲和跳躍式的奔跑，與在布蘭卡港見到的同一屬的另一種鳥都很相似，但體形稍小一點。它們的不同之處僅在於前者用泥巴和乾草在高處築起外形像爐灶或蜂窩一樣的巢，而後者則是把巢築在通入地下6米之深的筒形洞穴的底部。
達爾文在這裡認識了三種現代犰狳。而第四種他只是在布蘭卡港的北面地方纔碰見過。這三種中的每一種都要比其他種分佈在南方更遠的地方。因此，他在從北到南和從南到北的往來旅途中，發現哺乳動物和鳥類，無論是灶巢鳥，還是鴕鳥或犰狳，它們相似的形態都是互相更替出現的。

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而有關這些近似物種的總起源的想法一定不止一次地在達爾文的腦海中隱約出現過。不過這些事實都是分散的、零星的，所以，即使這種想法在他腦海中浮現過，但卻絲毫沒有在他的《航海日記》中反映出來。
當然，達爾文必定也注意到了各種動物都長有不同類型的保護自己的東西。比如，被當地居民稱作「美達柯」的三絆犰狳的披甲片，分成三條能使身體彎曲的絆帶，一旦遇到危險它就像刺蝟一樣蜷縮成一團，任何一條獵狗都不能用嘴把它那光滑的披甲銜住，而只能使它像球一樣在地上滾動。另一種犰狳即「小犰狳」，一旦遇到危險就非常迅速地鑽進土裡，要捕捉住一隻小犰狳，就必須在一瞧見它時就馬上跳下馬背，否則它就會馬上鑽進鬆軟的土裡。他還碰見過蜥蜴，這種蜥蜴棲息在接近海岸的沙灘上，它身上有多種顏色的斑點，這是一種極好的保護色，使它在沙灘上也不易被發現。
為了使自己不被發現，它就緊貼在沙面上裝死。假使在這種情況下還會受到驚擾的話，那麼它就採取小犰狳的辦法：非常迅速地鑽進沙裡。
冬眠也是動物忍受一年中最困難的幾個月的一種獨特的適應方法，所以達爾文指出，在布蘭卡港地區，也就是在氣候比靠近拉普拉塔的馬爾多納多略微寒冷的地區，冬眠狀態是在溫度比馬爾多納多低的情況下結束的。
8植物的地界線9月8日，達爾文在一名高楚人嚮導的陪伴下離開了布蘭卡港。一開始就不得不沿著荒涼的平原走。不過引起達爾文注意的是文塔那山脈，這是一群高1000米左右、從几乎全是平坦的平原上兀起的未曾勘查過的僻靜的山崖。在他們到達塔巴爾康山脈的山麓那天的前夜，在山麓下不大的一塊地方上降下了一陣冰雹。
冰雹有小蘋果那樣大。士兵們一下子就找到了被冰雹打死的20頭鹿、13隻鴕鳥。達爾文也看到了剛剛扒下來的鹿皮。冰雹還打死了許多小鳥、野鴨、鷂和雷鳥。
在接近薩拉多河彼岸的布宜諾斯艾利斯時，達爾文走進了鋪滿碧綠如毯的良草的地方。人們向他解釋說，這種草總是生長在放牧家畜的地方，因為家畜以它們的糞便來肥沃土地。瓜爾基亞位於德爾蒙特這個優美的小城鎮附近，可以觀察到河溝邊沿上分佈着大量的歸化的歐洲植物，例如茴香。不過與朝鮮薊相似的西班牙薊在南美洲繁殖得特別多。
從薩拉多河起，當地植物在某些地方就完全取代了西班牙薊灌木叢。因此，達爾文看到了賴爾在他的《地質學原理》第二卷中所說的「人類在擴展某些植物的地界線方面是最主要的活動者」這句話的具體的證明。
9限制物種散佈的障礙9月12日，達爾文又來到了布宜諾斯艾利斯。一星期後，他開始沿著巴拉那河到聖菲鎮去進行一次新的旅行。他不得不在被淫雨完全沖毀的惡劣道路上行走。在這裡，生活在這些草原上，■是主要的嚙齒動物，它與住在它的洞裡的小貓頭鷹是形影不離的伴侶。

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