這樣，已構思好的書篇幅越來越大。有關這本書的材料的收集工作，在1867年因寫其他幾部著作而中斷了幾次，也因他的健康狀況幾度惡化而停頓。1869年華萊士在《每季評論》上，發表了一篇評論賴爾第十版《地質學原理》和第六版《地質學要素》的文章 。文章涉及到賴爾及賴爾接受達爾文進化學說理論的問題；陳述了華萊士本人對人類起源的觀點，而這些觀點與達爾文的觀點截然相反。
這篇文章的發表，促使達爾文更緊張地編寫《人類的起源》。達爾文在1869年 4月 14日給華萊士的信中，非常讚賞他寫賴爾的地質思想在科學史上的作用和意義的文章的第一部分，也誇獎他「非常出色地」論述了自然選擇理論；達爾文在對華萊士的過分謙虛略表埋怨後，談到了文章 的第二部分：「要是您不告訴我，我會以為這些話即關於人類起源問題的那些意見是另外某個人胡亂加上去的因為文章 是匿名的。正如您所預料的一樣，我是憂鬱的，同您的意見極不相同，這使我感到痛心。關於人類，我不認為有必要把離得比較遠的直接原因扯上來。
不過這個問題太大了，在一封信中是討論不了的。我特別高興談到您的推論，因為目前我正在寫人類問題，並且考慮得很多。」毫無疑問，1864年，特別是1870年，是他寫《人類的起源》最緊張的時刻。1870年 8月底似前，該書脫稿，耗時 3年，8月30日付印。
書的佈局很差，確實，有一半以上的篇幅是談性選擇理論和應用該理論來解釋動物第二性徵的產生問題。涉及到人類的那一部分篇幅較小，其中不少於三分之一是討論人種和人種借助性選擇而產生的問題，而其餘的三分之二，則專談整個人類起源的問題。我們認為從前面六章 開始來分析達爾文這本書是恰當的。

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達爾文在第一章 敘述了他所收集的許多事實，這些事實證明人類非常明顯起源於某種低等生物，在另一章中，他詳細地研究了人類由低等生物發展起來的方式。還有三章專談人的智能和動物智能的比較以及人的智能的發展問題。達爾文和華萊士之間的意見分歧正在於此，也正是在這裡，達爾文認為有必要用全部事實來反駁華萊士的思想。第六章 結束了書的這一部分，並且明確了人類在動物界體系裏佔據什麼地位和人類的譜系一般是怎樣的這樣一個問題。

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總之，達爾文在第一章 中，詳細地研究了人體的構造。人的骨骼、肌肉、神經、血管和內臟，所有這一切都表明人是哺乳動物，具有哺乳動物的一切特徵。奧溫和其他一些作者當年曾用來區分人和其他哺乳動物那種人和類人猿在腦構造方面的差別，正如赫胥黎已經指出的那樣，實際上比類人猿和其他最接近類人猿的猴子如長尾猴和蠻猴之間的差別還要小。人和猴子之間的極大相似之處在生理學上也表現出來了：共同的疾病，藥物的相同作用，甚至像抽菸、喝酒等等所引起的快感也是相同的。
人類的增殖和發育無疑具有猴子所固有的特點：所生的嬰兒也是弱小無力的，性別也是各不相同的。
人的胚胎發育，首先同其他哺乳動物，甚至同其他脊椎動物綱，有共同的特徵：卵細胞的大小和其他哺乳動物相同，和所有其他脊椎動物綱有一樣的鰓溝；人的腳和手也像蜥蜴、鳥和哺乳動物的胚胎上的腳和手，有同樣的位置。接着達爾文引用了所有當時大家都知道的比較胚胎學方面的成就：搏動的血管狀的心臟裝置，胎兒排泄腔的形成，一條發育雖不完全但是真正的尾巴的尾骨的存在，人體胚胎的沃爾夫氏體——長成的魚的腎臟同系物的發育。他指出，7個月的胎兒的大腦皺壁，就像成年的猩猩的大腦皺壁一樣。他在援引赫胥黎的話時指出：「人無可爭辯地相似猴子有過于猴子相似狗。」
達爾文特別注意人的未發育器官痕跡器官。他強調指出，這些器官毫無用處，它們具有特別的變異性以及常有返祖現象。他描述了人的皮下肌肉能抽動皮膚的殘存現象其他哺乳動物，比如馬的皮下肌肉都能抽動皮膚，肌肉能聳動眉毛和頸肌的殘存現象，這種頸肌已經不能任意收縮；他談到了一些返祖現象收縮某些皮下肌肉的能力，這就是在個別人的身上作為例外現象出現的一種能力，例如擺動耳朵的能力，這種能力經常作為一個家庭的特點遺傳下去。他指出，猩猩和黑猩猩的耳朵不能擺動，這是與人的耳朵相似的緣故，指出人的外耳存在特別的、微尖的突出部，後來這一部分被稱之為「達爾文突出部」，他把這一部分看作是哺乳動物耳朵尖部的同系物。
他舉出人的眼睛上的半月形皺紋，說這是第三眼瞼或者說是瞬膜的同系物。原始人種的嗅覺比較靈敏，他把這看作是過去留下來的遺傳物。他認為，人的頭髮又長又密，這只是過去某個時候祖先周身都有濃密的毛髮層這一現象的殘餘。對一些人眉毛中夾有幾根長毛這也是蠻猴和一些狒狒所具有的特徵的現象，他也是這樣解釋的。
他用這一觀點還研究了細毛——6個月的胎兒身上有茸毛狀的毛髮層。

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