兩船會合以後，哥倫布面臨新的選擇：是留下來繼續尋找黃金呢？或者是直接駛回西班牙？他決定回西班牙。原因有二：一是他雖然未能找到中國和日本，但他堅信那是很快可以做到的事情，另外此行雖然沒有弄到大量黃金滿載而歸，但他的發現無疑地具有很高的價值，因此他自然希望儘快回去向費迪南和伊莎貝拉稟報功績。還有一個原因是他對平松及其一夥不能信任，擔心在此停留時間越長，這些人會弄出更多的麻煩事來。只要一回到西班牙，他就再也不會忍受這一幫違抗他的命令而又以怨報德的傢伙了。
他們在基督山島停留了幾天，對船隻進行保養維修，從河流中補充淡水。哥倫布發現這裡的河沙十分沉重，盛水的桶裡似乎有金砂閃爍。
他想將來一定要返回這裡淘金。一路上他不斷給沿岸起伏的地勢取名，在他的本子上有一張聖人名單和姓氏名單，他從中找出一些名字來命名他發現的這些地方。
經過長距離的航行和風暴的襲擊，風帆破爛，桅杆斷裂，他們必須經常進行修補或更換。嚴重的是船身腹部長期被海水浸蝕，捻縫滲水，難於修復，龍骨處開始進水。沉船的危險隨時都可能來臨。

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返航的第一個禮拜一切都還順利。1月13日，船隊在一個哥倫布叫做「箭頭灣」的地方拋錨。在這裡他們第一次碰見懷着敵意的土人。土人們手握弓箭隨時準備進攻來犯者。
哥倫布為了避免武裝衝突下令趕快起錨離開。1月16日，趁着順風，掉轉船頭朝着東偏北的方向進入茫茫大海。1月20日，禮拜天，船隊向東北方向駛去，一些海鳥伴着船隻飛行。船上有六個印第安人蹲在甲板後部，神情憂鬱。
他們顯然是因為離開自己的故土和親人而悶悶不樂。返航的前四分之三的路程一直風平浪靜。但是到了2月12日夜間，海上起了風暴。巨浪迎面朝船打來。
船隻時而被波浪高高掀起，拋向鉛色的天空，時而像麥稈一樣地墜入深淵。

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「尼尼亞」號由於沒有了壓載物眼看就要傾覆。船帆都被刮掉，船隻光着桅杆掙扎着前進。哥倫布在此時表現出高度的沉着和冷靜。他到處察看著，指揮着，避開了一次又一次的滅頂之災。
危難中，兩隻船都掛起了很多燈，以便相互保持聯繫，辨明彼此方位。但是由於風浪太大，「平塔」號船被拋到後面，兩船的差距越來越大，後來再也不見「平塔」號的蹤影。全體船員在千鈞一髮的關頭，三次抽籤，決定在萬一得救後由誰代表他們去教堂感謝神靈。哥倫布和船員們一齊向上帝發誓，如果得救，回到陸地上，「他們一定打着赤腳，穿著剩下的一件襯衣，整隊到附近任何一個教堂去，向聖母瑪利亞感恩祈禱」。
在風暴施虐最凶的時候，在極度絶望的時候，哥倫布把自己遠航發現陸地的經過扼要寫在羊皮紙上，鄭重其事地簽上自己的名字，用塗上蠟的布包裹好，放入一個小木桶，然後把木桶投入海裡，希望在他遇難後有人會把木桶從海裡撈起來，使他探險的成就能為世人所知。
在連續兩天與風浪殊死搏鬥中，船員們個個精疲力竭，似乎陷入一種麻木狀態。好在到了傍晚，狂風巨浪漸趨平息。更加令人欣喜的是 2月15日在東北面地平線上露出了一抹銀色的陸地。有人驚呼，這是非洲北部海外的馬德拉群島；還有人說這是葡萄牙的海岸；海洋統帥以十分權威的口吻糾正他們說，這是葡萄牙所屬的亞速爾群島。
但此後三天狂風巨浪又起，船員們經過艱難的搏鬥才靠了岸。
海浪的咆哮打擊，桅杆和船板的嘎吱嘎吱聲，風的呼嘯和呻吟，渾身泡浸在水裡——一切困苦都過去了。在岸上等待着他們的是什麼呢？2ASDC葡萄牙人的「歡迎」1493年2月19日，「尼尼亞」號船藉著風力順勢駛入聖瑪利亞島上最南端的亞速爾港，拋了錨。要上岸了，船還需稍作打扮。主桅杆上升起了鑲金的石榴紅西班牙旗，飄揚的三角航海信號旗顯得神氣活現。
但是船員們卻打不起精神來，從上個禮拜五開始他們一直與風浪搏鬥，個個都缺少睡眠。
哥倫布尤其感到睏倦。在狂風巨浪中他一直站在船樓上，指揮航行。
他的雙眼熬紅了，佈滿血絲，雙腿痠疼，勉強支撐。他派出一批人上岸與葡萄牙人聯絡，讓他們去找一個合適的教堂履行他們在危難時向上蒼發下的誓言。他們現在惟一的需要是安靜與和平。但在這塊土地上等待他們的卻不是安靜與和平。
在船隻拋錨的地方，哥倫布瞭解到附近有一個敬奉聖母瑪利亞的小教堂。他還記得在船隻遇險時許下的諾言，於是派遣了一半的船員作為第一批到教堂去感謝聖母對他們的拯救。島上的葡萄牙人目瞪口獃地看著這一批人上岸進入那間小教堂，跪伏在聖像前祈禱着。這時島上的一夥人有的騎馬有的步行突然奔來把在教堂裡所有的西班牙抓捕了，隨即投入監獄。
然後，一隊全副武裝的人員來到船邊。哥倫布大發雷霆，不准他們上船並威脅說要用武力攻佔全島。
這種緊張局面維持了幾天。後來當地的一位教士出面調停，他看到了哥倫布出示的檔案，證實了哥倫布的身份。他說服島上的衛戍司令相信哥倫布確實是西班牙王室任命的海洋統帥，此行是從「印度」遠征回來。這時，被監禁的船員才被釋放，還給哥倫布的船上補給了淡水和新鮮食物。

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