盧森堡夫婦很關心盧梭的處境，經常打聽有關議院的判決。一天晚上，盧梭正在床上讀《聖經》，戴萊絲突然走進來，將盧森堡夫人派人送來的信交給他。信中說，儘管他們盡了很大努力，但議院還是決定要用最嚴厲的方式對盧梭進行起訴，將於明天上午發出逮捕令逮捕他。幸虧孔蒂親王的關係，才使他們答應，如果盧梭走掉了就不追他了。
但是如果他執意要讓人家抓住他的話，他就一定會被逮捕的。信中催促盧梭趕快去跟她商量。
盧梭與盧森堡夫婦會面後決定離開法國。他本想回到自己的祖國日內瓦去的，但那裡反對盧梭的勢力也很強大，尤其是那篇《論人類不平等的起源和基礎》在日內瓦議會引起了強烈的仇恨心理，恐怕到那裡也難得安寧。最後，他決定逃往瑞士，那裡靠近他的祖國，可以看到日內瓦將對他作出什麼決定。
法國議會正式裁決，認定盧梭的《愛彌兒》為異教邪說，尤其是書中所主張的依照自然來教育兒童，只有自然才能使兒童成為有道德的人等觀點。

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此外，盧梭還認為一切宗教都是平等的，沒有宗教信仰的人一樣能得救，人們應該由自己的理性引導去接受宗教信仰。這些觀點，對 18世紀的歐洲來說，無疑是對統治階級的一種挑戰，他的平等自由思想，也無疑是煽動革命的種子。所以最高法院判決將《愛彌兒》燒燬，並立即簽發逮捕令，要將盧梭打入監牢。
盧梭于第二天下午4點動身，法院去抓他的人還沒到，他告別了朋友，上了馬車開始了東躲西藏的流亡生活。坐在車上，剛開始腦子裡還想著眼前的災難，離別的情景和議院、法院以及跟他過不去的那幾個人，想著想著，他就覺得無聊了。到了第二天，他就把剛剛發生的事情忘得乾乾淨淨，腦海裡卻浮現出他新近讀過的《牧歌》來，那樣清晰，那麼淳樸。為了在車中消遣，他想試着寫一首詩，儘管他也知道目前的心境不適合寫這種田園詩，但他剛一試就驚訝地感到，他的思想是那麼溫和，表達又是那麼得心應手。
在他後三天的旅途中，他寫出了這首詩的前三章，後在莫蒂埃完成全作，其動人的淳樸風尚，貼切的性格勾畫，鮮艷的色彩和樸素自然的描寫，成為他一生中最滿意的作品之一。這是一個逃難者多麼動人的心態啊！盧梭坐了4天車，一進入瑞士境內他就叫車伕停車，他下車後趴下來親吻大地，感情激動不已，口中高聲叫道：「天啊！你是道德的保護者，我讚美你，我踏上自由的土地了！」車伕看了大吃一驚，以為這個人瘋了。他又坐了幾個小時的馬車，便到了新主人羅甘先生的家。羅甘伸出手臂緊緊地擁抱著盧梭。

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他一家人都給他以熱烈的歡迎。盧梭感到漂泊的心又遇到了一個溫暖的家，又找到了一個可以暫時棲身和休養的地方。羅甘是盧梭以前在里昂認識的朋友，現住在瑞士的依弗東。盧梭和他們一家相處得很好，常和孩子們一起玩耍，使他一度忘掉了那些不愉快的事情。
但是不久，他就聽說日內瓦也下令燒他的書，並在巴黎通緝令下達第九天，日內瓦也下令通緝他了。兩個通緝令傳遍歐洲，還有不少的報紙、雜誌和小冊子都對他發起攻擊，一片咒罵之聲。說盧梭是一個反教分子，一個無神論者，一個狂人、瘋子、猛獸、豺狼，甚至在伯爾尼一些虔誠的教徒也掀起了反對他的風暴，看來在瑞士也難居住了。聽說要對他下達驅逐令的第二天，他就翻過了一座山，到達了普魯士治下的訥沙泰爾邦。
他在那裡可以得到自然而然的庇護，因為在該地宗教信仰不能成為迫害的藉口。
盧梭離開蒙莫朗西時，戴萊絲曾表示過無論他到哪裡她都願意跟到哪裡。但是盧梭怕她在漂泊的生活中受苦就沒有帶著她。後來盧梭聽說戴萊絲在他的朋友面前急切地表示了要與盧梭會合的願望，而盧梭在隻身漂泊的孤獨中也日夜思唸著戴萊絲，所以到訥沙泰爾後就給戴萊絲寫了一封信：我親愛的，如果你知道我現在已經安全了，相信你一定會為我高興的。我能否知道你的近況以及瞭解一下你是否還像以前一樣愛我呢？我非常盼望我們能重新團聚。
你可以選擇自己的去向，仔細想一想，我親愛的，想想你是否能和我一起過逃亡生活？如果你來了，我會儘力讓你感到舒適的。如果你寧願居住在原地，這也是你的權利。請不要像別人那樣輕視我，那些人能讓我不快，但決不會使我失去正義與道德，我從未違反法紀，這你是很瞭解的。
在信中，盧梭還囑咐戴萊絲如何處理好家中的剩餘物品，並讓她帶來準備寫回憶錄的資料。
戴萊絲接信後立即動身，在他們分別了兩個月後終於又團聚在一起了。
他們相互擁抱，心情無比激動，倆人都流下了愛憐和歡樂的眼淚。
1763年，盧梭和戴萊絲在訥沙泰爾的莫蒂埃暫時定居下來。剛到這裡，他就給訥沙泰爾總督、蘇格蘭元帥喬治·吉斯勛爵寫了一封信，說他到國王陛下的領土上退隱來了，請他關照。勛爵慷慨應允，並邀盧梭去看他。
盧梭和當地的一位領主一起到了勛爵家。吉斯勛爵是一位德高望重的蘇格蘭人，有着令人崇敬的風貌。他們一見面就彼此產生了良好的印象。

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