九月，鴻章會常勝軍攻嘉定，克之。紹光及偽聽王陳炳文復糾援寇十餘萬，分道自太倉、崑山來犯，北由蟠龍鎮至四江口，圖據黃渡以當青浦；南由安亭至方泰鎮，圖入南翔。尋我軍卻寇南翔，寇乃於三江口、四江口立左右大寨，設浮橋潛渡，困我水師；而青浦西北洋新涇、趙屯橋、白鶴江寇益蔓延，擾及重固鎮張堰，距青浦十餘裡。黃翼升率水師自青浦出沖敵舟，寇扼白鶴江不得進，別隊犯黃渡，李鶴章會擊敗之。時四江口久被圍，紹光屯吳淞江口，炳文踞南岸。鴻章督諸軍至黃渡，分三路進擊，自辰至未，屢沖不動。鴻章督戰益急，諸軍逾壕直逼寇營，學啟砲傷胸，復裹創疾戰，寇由南岸潰而北。四江營守將皆沖圍而出，寇退崑山。我軍毀其浮橋石卡殆盡，斃數萬，夷壘二百座。寇自是不復窺松、氵扈，悉力堅守崑山、太倉，尤為蘇州門戶，寇所必爭者也。
寧國再陷，寇復由句容進薄鎮江，壁湯岡。馮子材督軍破湯岡九壘，寇歸青山老巢，乘勝拔之，竄還句容。初，偽護王陳坤書糾眾四五萬圖犯金柱關，彭玉麟禦之花津，五戰皆捷。尋寇以戰艦數百從東壩拖出，我軍毀其浮橋，寇乃不敢渡河。至是悍寇結筏偷渡，屢逼金柱關，我軍水陸大舉，敗之花山。寇遁上駟坡，而水師已先毀浮橋，寇回戈轉鬥，諸軍合擊，殲萬餘。其窯頭等處尚延袤百餘裡，我軍環攻，焚其壘。花津、清山、象山、采石磯諸寇巢悉數平毀。自是蕪湖、金柱關六十里之間寇蹤以絶。
時大營軍士患疫方稍止，秀成親率十三偽王，號稱六十萬，麕集金陵，東自方山，西至板橋鎮，旗幟林立，直逼我軍營壘，尤趨重於東西兩隅。曾貞幹等擊敗之小河邊城寇援，寇尋由東西兩路進攻，分黨趨洲上，抄出猛字等營後，我軍分路擊退之。寇之圍逼西路者，歷六晝夜，為我軍擊敗。寇悉向東路，逼營而陣，潛通地道，百計環攻。各軍將士負牆露立，擲火球擊寇。寇負板蛇行而進，填壕欲上。我軍叢矛擊刺，寇拽屍復進，抵死不退。飛彈傷國荃頰，血流交頤，仍裹創上壕守禦。侍賢自浙東來援，急攻吉後營砲台。國荃引軍馳救，寇來益眾，用箱匱實土排砌壕間，暗鑿地道。我軍以火箭攢射，隨出鋭卒擊之，賊鋒稍挫，遂毀西路寇壘。東路之寇環逼不已，嘉字、吉後兩營地道轟發，寇擁入塌口，我軍分路衝出決戰，塌口以內之寇誅戮無遺。壕外寇復舉旗督戰，各營同出抄殺，寇精鋭悉挫折。復於東路別開地道，西路決江水淹絶運糧之路。貞幹在高坡增築小營，令水師駐雙徬護餉道。我軍凡破寇地道五處，寇計益窮。國荃乘勢進拔十餘卡，破東路四壘，西南諸壘望風驚潰，追至南路牛首山一帶，平壘數十座，搜剿至方山之西。雨花台守眾句結城寇絶我軍歸路，我軍左右蕩決，寇分路而遁，重圍始解。是役也，秀成自蘇，侍賢自浙，先後圍攻大營四十六晝夜。國荃率諸將居圍中，設奇破之，弟貞幹力顧餉道，將士獰目髹面，皮肉幾盡。
大營解圍後，秀成仍屯秣陵關、六郎橋一帶。侍賢謂秀成曰：「今江北方空虛，出其不料，馳攻揚州、六合，括其糧以濟軍；復分兵攻國籓於安慶，彼必分軍馳救。我今屯秣陵、溧水之師，乘虛擊之，鮮不濟矣。」秀成納之，別遣偽納王郜永寬、偽對王洪元春等自九洑洲渡江，竄越江浦、浦口者五六萬。洪元春陷巢縣、含山、和州，遂踞運漕鎮、銅城徬、東關各隘，知無為州米足兵單，徑撲州城。提督蕭慶衍攻運漕、銅城，會彭玉麟水師焚燬三石卡，進破運漕鎮，連覆陶家嘴、崑山岡寇壘，繞出銅城徬後。徬口寇沖圍而出，岡東、徬西寇皆遁走。國荃遣軍守東西梁山顧江隘，令李昭慶帶五營自蕪湖北渡援無為，以保皖南各軍運道。國籓調李續宜、毛有銘移防廬州。賴文鴻、古隆賢等自廣德、寧國竄入旌德，總兵硃品隆敗之，解圍去。其攻涇縣之寇，亦被援軍擊退。先是昌化寇率眾數萬竄入績溪，冀絶旌德防軍糧路。唐義訓會浙軍克之。

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十月，我軍連覆上虞、嵊縣、新昌。宗棠屢攻龍遊、湯谿、蘭谿、嚴州諸處，破壘卡三十餘，惟附城諸壘不可破。寇以死守城，穴牆開砲，軍士多傷亡。龍遊、湯谿兩城為金華要道，必兩城下，後路清，而後可攻金華。蘭谿一水直達嚴州，必蘭谿下，餉道通，而後可收嚴郡。此三城者，所謂如骨之梗在喉也。十一月，寇竄太平、黟縣，進陷祁門，將窺伺江西饒州、景德。宗棠恐阻糧路，檄軍助剿，未至而祁門已克。魏喻義攻嚴州，嚴州形勢，外通懷寧，內達杭州。宗棠援浙，謀首下嚴州，而寇在三衢，圖犯江西，斷我餉道。乃先清衢郡，飭劉典攻蘭谿以分寇勢，踞寇偽朝將譚富與蘭谿譚星為兄弟，互相首尾。喻義屯銅關，據險設卡。譚富糾桐廬、浦江諸寇屢來犯，喻義伏兵鐘嶺腳，殲寇前鋒，寇驚還，閉城固守。是夜我軍梯城而入，殲寇萬餘，立克府城，焚船三百餘艘，獲偽印二百九十三顆，餘棄械投誠。
是時紹興偽首王範汝增、偽戴王黃呈忠、偽梯王練業紳率大股由諸暨、東陽、義烏、永康西竄金華，號稱十萬，以援湯谿、龍遊。分黨竄武義，林文察敗之。丹陽、句容寇竄鎮江，馮子材督軍大破於丁村、薛村諸處。寇踞常熟、昭文二縣以窺江北。距城十八里有福山者，為江南重鎮，與江北狼山鎮對峙，由江入海之鎖鑰也。二縣守寇錢桂仁、駱國忠、董正勤與太倉酋錢壽仁密通款我軍，李鶴年攻城，寇約內應。國忠夜飲桂仁酒，就座斫殺偽馮天安錢嘉仁、偽逮天福姚得時，以城降。明日，會水師周興隆破平福山滸，白、徐六涇諸海口寇壘，進規太倉，而蘇州內應事泄。譚永光悉眾爭常熟，招江陰、無錫寇六七萬來會，又令楊舍寇乘隙陷福山。官軍固守常、昭。
十二月，寇圍而攻之，團勇潰。周興隆告急，鴻章遣援，而江陰楊厙寇已竄福山各口阻援師；遣常勝軍及水師攻福山口河西寇壘不下。寇攻常熟急，西北門營壘已失，常勝軍阻寇福山不得達。李鶴年攻太倉，寇援甚眾，亦難驟進。鴻章增調浦東軍由海道繞赴福山，會師援剿。鶴年等自望仙橋進攻太倉，敗之。時蔣益澧攻湯谿不下，劉璈會攻蘭谿寇壘亦失利，劉典合水陸進攻，寇堅伏不出。龍遊、湯谿援寇適大至，乘間西趨擾江、皖，益澧等迎擊湯谿援寇於金華白龍橋，大創之。偽扶王陳得才、偽端王藍成春、偽增王賴文光、偽顧王梁成富、偽主將馬融初，皆陳玉成悍黨也。玉成命北犯牽掣官軍，而得才見廬州被圍急，欲南援，為防軍所扼，奔竄於河南、湖北、山、陝之間，與諸撚合，遂成流寇。
二年正月，秀成調集常州、丹陽諸寇屯江寧下關、中關，號二十萬，自九洑洲陸續渡江，意欲假道皖北，竄擾鄂疆，截斷江、皖各軍運道，圖解江寧之困，蓋近攻不如取遠勢也。既渡江，陷浦口，李世忠退入江浦。偽匡王賴文鴻、偽奉王古隆賢、偽襄王劉官方糾合花旗廣寇數萬圍涇縣。鮑超自寧國馳援，誘之入伏，寇敗還壘，而壘已為我軍所焚，寇大奔，立解城圍。及還軍，而西河寇乘虛犯壘，見超幟，倉皇遁去。蔣益澧、康國器克湯谿，金華寇恃湯谿、龍遊、蘭谿三城為犄角，我軍攻湯谿，寇勢漸蹙。偽朝將彭禹蘭詣營乞降，益澧令內應，誘誅偽天將李尚揚等八名。是夜彭禹蘭啟西門納軍，殺九千餘，城寇遂盡。偽戴王黃呈忠、偽首王範汝增、偽梯王練業紳自白龍橋退奔金華，龍遊寇聞風而遁，左宗棠收之，劉典收蘭谿，高連升等收金華，而武義、永康、東陽、義烏、浦江皆相繼收復。
浙東敗寇從於潛、昌化越叢山關，竄皖南績溪，復逾箬嶺，歸旌德，並句容、太平大股麕集石埭，謀西上。建德大震，江西饒州、九江邊亦急。劉典等克諸暨，譚星自浦江敗後，竄踞桐廬，宗棠飭劉培元會水軍合擊之，遏其西趨。蔣益澧乘勢進攻紹興，提督葉炳忠會英、法軍克之。敗寇萬餘，與桐廬踞寇沿江築壘抗拒，我軍水陸合攻，遂復桐廬。蕭山寇亦竄走，浙東肅清。

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