桑結忌策妄阿喇布坦盡收準部故地，致噶爾丹無所歸，奏防其猖獗，而策妄阿喇布坦亦奏第巴奸譎，及所立新達賴之偽，欲藉詞侵藏。聖祖以二人皆叵測，不之許也。四十四年，桑結以拉藏汗終為己害，謀毒之，未遂，欲以兵逐之。拉藏汗集眾討誅桑結，詔封為翊法恭順拉藏汗，因奏廢桑結所立達賴，詔送京師。行至青海，道死，依其俗，行事悖亂者拋棄屍骸。卒，年二十五。時康熙四十六年也。論者謂達摩創法震旦，有一花五葉之讖，至六世啟衣鉢之爭，故六祖不復傳衣鉢，與宗喀巴至第六世達賴之事若一轍。天數所極，佛法不能違，而況第巴詐偽出之，以尊己擅權，卒釀拉藏汗、准噶爾相尋之禍。
七輩羅布藏噶爾桑嘉穆錯於康熙四十七年在裡塘轉世。生有異表，右臂紋如法輪。七歲與眾喇嘛談經，均莫能難，蓋有夙慧也。初拉藏汗既奏廢羅布藏仁青策養嘉穆錯，別立博克達山之呼畢勒罕阿旺伊什嘉穆錯為達賴，聞其名忌之，將以兵戕之，其父索諾木達爾紮繈負走，乃免。青海砲台吉以不辨真偽爭，詔遣官率青海使人往視。拉藏汗奏：「前解偽達賴時，曾奉旨尋真達賴，訪得博克達山呼畢勒罕，以班禪言坐床。」廷議以呼畢勒罕尚幼，俟再閲數年給封，又以拉藏汗與青海台吉不睦，遣侍郎赫壽協理藏務。是為西藏設官辦事之始，然猶不常置也。四十九年，班禪、拉藏汗會同管理藏務赫壽奏：「阿旺伊什嘉穆錯熟諳經典，青海台吉信之，請給冊印。」詔依其請。而青海實不之信，與藏中所奏互相是非。五十三年，青海諸台吉等遣兵取道德格，迎羅布藏噶爾桑嘉穆錯至青海坐床，請賜冊印。聖祖恐其構釁，詔徙至京，不果行。復令送紅山寺，繼請送西寧宗喀巴寺。青海貝勒察罕丹津等復尼之，且以兵脅異己者。詔大兵護送，乃居宗喀巴寺。聖祖以拉藏汗年近六旬，一子青海駐紮，一子策妄阿喇布坦就婚，恐託詞愛婿，覊留不歸，勢頗孤危。況自殺第巴，彼處人難保不生猜忌。額魯特秉性多疑，又甚疏忽，倘事出不測，相隔萬里，救之不及。諭令深謀防範。
五十六年，策妄阿喇布坦遣台吉策淩敦多布等率兵六千，徒步繞戈壁，逾和闐南大雪山，涉險冒瘴，晝伏夜行，赴阿里克，揚言送拉藏汗長子噶爾丹忠夫婦歸。拉藏汗不知備，賊至達木始覺，偕仲子索爾紮拒，交戰兩月，不敵，奔守佈達拉，始來疏乞援。賊誘噶卜倫沙克都爾紮卜，將小招獻降，唐古特台吉納木紮勒等開佈達拉北城入，戕拉藏汗，拘其季子色布騰及宰桑等，搜各廟重器送伊犁，禁阿旺伊什嘉穆錯於紮克布里廟。索爾紮率兵三十人潰走，為所擒，其妻間道來奔，詔優養之。
西安將軍額倫特率西寧、松潘、打箭爐、噶勒丹，會同青海諸台吉及土司屬下赴援，至喀喇河，遇伏，敗歿。賊復誘裡塘營官喇嘛歸藏，於是巴塘、察木多、乍雅、巴爾喀木皆為所搖惑矣。尋詔都統法喇移打箭爐兵屯裡塘護呼畢勒罕，復令索諾木達爾紮傳諭營官喇嘛，將抗不就撫者誅之，傳檄巴塘、察木多、乍雅各籍其土及民數，遂進屯巴塘。策淩敦多布懼，返所掠。而兵自巴爾喀木歸，言唐古特有瘴癘，浮腫，難久處，青海蒙古皆憚進藏，慫恿達賴奏可隨地安禪，興大兵恐擾眾。王大臣懲前敗，亦皆言藏地險遠，不決進兵議。聖祖以西藏屏蔽青海、川、滇，若準夷盜據，將邊無寧日。且賊能沖雪縋險而至，何況我軍。策淩敦多布聞我師至，自必望風遠遁。俟定立法教後，或暫留守視，或久鎮其地。唐古特眾皆為我兵，準夷若再至，以逸待勞，何難剿滅。安藏大兵，決宜前進。詔封羅布藏噶爾桑嘉穆錯為弘法覺眾第六輩達賴喇嘛。命皇十四子允為撫遠大將軍，屯青海之木魯烏蘇治軍餉，平逆將軍延信出青海，定西將軍噶爾弼出四川，兩路搗藏。藏人亦知青海達賴之真，藏中舊立之贋，合詞請於朝，乞擁置禪榻，詔許給金冊印。於是蒙古汗、王、貝勒、台吉各自率所部兵，或數百，或數千，隨大兵扈從達賴入藏。

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策淩敦多布由中路自拒青海軍，分遣其宰桑以兵三千六百拒南路。將軍噶爾弼招撫裡塘、巴塘番眾，進至察木多，奪洛隆宗嘉玉橋之險。旋奉大將軍檄，俟期併進。噶爾弼恐期久糧匱，用副將嶽鍾琪以番攻番計，招土司為前馳，集皮船渡河，直搗拉薩，降番兵七千。宣諭大小第巴及喇嘛，封達賴倉庫，分兵塞險，扼賊餉道。而青海亦三敗其中途劫營之賊，斬俘千計。額魯特進退受敵，遂大潰，不敢歸藏，由克庇雅北竄，崎嶇凍餒，得還伊犁者不及半。
五十九年九月十五日，達賴至佈達拉坐床，出阿旺伊什嘉穆錯於禁所，發回京師廢之，盡誅額魯特喇嘛之助逆者。留蒙古、川、滇兵四千，命公策旺諾爾布總統戍藏，額駙阿寶、都統武格參贊軍務。以藏遺臣空布之第巴阿爾布巴首向效順，同大兵取藏，阿里之第巴康濟鼐截擊准噶爾迴路，俱封貝子；隆布奈歸附，授輔國公，理前藏務，頗羅鼐授紮薩克一等台吉，理後藏務，各授噶卜倫。於是裡塘所屬之上下牙色，巴塘所屬之桑阿、壩林、卡石等番，次第歸順；郭羅克之吉宜卡、納務、押六等寨先後剿撫矣。
雍正元年，召回允等，撒駐藏防兵，設戍於察木多。二年，青海喇嘛助羅卜藏丹津之叛。青海諸寺喇嘛眾各數千，群起騷動。章嘉胡圖克圖之呼畢勒罕拒戰於郭隆寺，察汗諾們汗亦黨賊助戰。石門寺喇嘛陽稱投順，陰肆劫掠，夾木燦堪布將竄藏，年羹堯等討平之。世宗謂「玷辱宗門，莫斯為甚」，乃收各寺明國師、禪師印，並定廟舍毋逾二百楹，眾毋逾三百人。
五年七月，阿爾布巴、隆布奈、紮爾鼐恃與達賴姻，爭貝子康濟鼐之權，聚兵害之，欲投准噶爾。詔吏部尚書查朗阿率川、陝、滇兵萬有五千進討。未至，而台吉頗羅鼐率後藏及阿里兵九千，自潘玉口至喀巴，先遣兵千餘衝破喀木卡倫，與隆布奈兵交綏。夜，西藏斥堠俱歸順，頗羅鼐即率兵直抵拉薩。駐藏大臣馬喇、僧格往佈達拉護達賴，各寺喇嘛將阿爾布巴等擒獻送馬喇所。查朗阿至，誅首逆及其孥。詔以頗羅鼐為貝子，總藏事。賜犒兵銀三萬兩。留大臣正副二人，領川、陝兵二千，分駐前後藏鎮撫，是為大臣駐藏三年一代之始。收巴塘、裡塘隷四川，設宣撫司治之；中甸、維西隷雲南，設二治之。
是年策妄阿喇布坦死，子噶爾丹策零立，請赴藏熬茶，又聲言欲送還所虜拉藏汗二子。詔嚴兵備之，移達賴於裡塘之惠遠廟。八年，遷於泰寧，護以兵千。每年夏初，西藏官兵赴防北路騰格里海之隘，以備準夷，冬雪封山，撤兵。蓋通準夷之路有三：其極西由葉爾羌至阿里，中隔大山，迂遠易備；其東路之喀喇河又有青海蒙古隔之；中路之騰格里海逼近衛地，故防守尤要。並以頗羅鼐子珠爾默特策布登統阿里諸路兵，保唐古特，授為紮薩克一等台吉。追念康濟鼐前勛，無嗣，以其兄噶錫鼐色布登喇佈陣亡阿里，封其子噶錫巴納木劄勒色布騰為輔國公，尋授噶卜倫。達賴之父索諾木達爾紮亦為輔國公。晉頗羅鼐貝勒。十年，拉達克汗德忠納木劄納奏：「臣理國事，尊釋教，偵准噶爾情輒以告。」優詔答之。准噶爾請和，詔果親王偕章嘉胡圖克圖送達賴由泰寧歸藏，減戍藏兵四之三。章嘉胡圖克圖為達賴請巴塘、裡塘還前藏，以其為達賴所降生，諸土司建寺安禪，制最宏麗也。詔以其地商稅年銀五千兩賜之，地仍內屬。

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