入朝，為館閣校勘。范仲淹以言時事貶，在廷多論救，司諫高若訥獨以為當黜。修詒書責之，謂「不知世間有羞恥事」。若訥上其書，坐貶夷陵令，稍徙乾德令、武成節度判官。仲淹使陝西，闢掌書記，修笑而辭曰：「昔者之舉，豈以為利哉？同其退不同其進可也。」久之，復校勘，進集賢校理。

慶歷三年，知諫院。時仁宗更用大臣，杜衍、富弼、韓琦、仲淹皆在位，增諫官員，修首在選中。每進見，勸帝延問執政，咨所宜行。既多所張弛，小人翕翕不便。修慮善人必不勝，數為帝分別言之。又上《朋黨論》，其略以謂：小人無朋，惟君子則有之。小人所好者利祿，所貪者財貨，當同利之時，暫相黨引，及見利而爭先，則反相賊害，雖兄弟親戚不能相保，故曰小人無朋。君子則不然，所守者道義，所行者忠信，所惜者名節，以之修身則同道而相益，以之事國則同心而共濟，終始如一，故曰君子有朋。紂有臣億萬，惟億萬心，可謂無朋矣，而紂用以亡。武王有臣三千，惟一心，可謂大朋矣，而周用以興。蓋君子之朋，雖多而不厭故也。

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修天性疾惡，論事無所回隱，人視之如仇，而愈奮勵不顧。帝獨獎其敢言，面賜五品服，顧侍臣曰：「如歐陽修者，何處得來？」同修起居注，遂知制誥。故事，必試而後命，詔特除之。

奉使河東。自西方用兵，議者欲廢麟州以省饋餉。修曰：「麟州天險，不可廢。廢之，則河內郡縣民皆不安居矣。不若分其兵，駐並河諸堡，緩急得以應援，而平時可省轉輸，于策為便。」由是州得存。又言：「忻、代、岢嵐多禁地廢田，願令民得耕之，不然將為虜有。」朝廷下其議，久乃行，歲得粟數百萬斛。

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使還，會保州兵亂，以為龍圖閣直學士、河北都轉運使。陛辭，帝曰：「勿為久留計。有所欲言，言之。」對曰：「臣在諫職，得論事。今越職而言，罪也。」帝曰：「但言之，毋以中外為間。」賊平，大將李昭亮、通判馮博文私納婦女。修捕博文系獄，昭亮懼，立出之。兵之始亂也，招以不死，既而皆殺之，脅從二千人分隷諸郡。富弼為宣撫使，恐後生變，將使同日誅之。與修遇于內黃，夜半，屏人告之故。修曰：「禍莫大於殺已降，況脅從乎？既非朝命，脫一郡不從，為變不細。」弼悟而止。

杜衍等相繼罷去，修上疏曰：「此四人者，天下皆知其有可用之賢，而不聞其有可罷之罪。小人欲廣陷良善，必指為朋黨；欲動搖大臣，必誣以專權。蓋善人少過，唯指以為黨，則可一時盡逐。今四人一旦罷去，臣為朝廷惜之。」於是邪黨益忌修，因其孤甥張氏獄，傅致以罪，左遷知制誥、知滁州。居二年，徙揚州、潁州。復學士，召判流內銓，時在外十一年矣。帝見其發白，問勞甚至。又有詐為修奏，乞汰內侍為奸利者，其群皆怨怒，譖之，出知同州。帝納吳充言而止。遷翰林學士。於是富弼、韓琦復用，慶歷故臣稍集，士大夫知天子有致治之意，相賀于朝。修乞蔡州去，帝復納劉敞、趙之言而止。奉使契丹，其主命貴臣四人押燕，曰：「此非常制，以卿名重故爾。」

知嘉二年貢舉，時士子尚為險怪奇澀之文，號太學體。修痛排抑之，凡如是者輒黜。畢事，向之囂薄者伺修出，聚噪于馬首，街邏不能制。然場屋之習，從是遂變。

加龍圖閣學士、知開封府，承包拯威嚴之後，簡易循理，不求赫赫名，京師亦治。旬月，改群牧使。在翰林八年，知無不言。河決商胡，北京留守賈昌朝欲開橫壟故道，回河使東。有李仲昌者，欲導入六塔河。議者莫知所從。修以為：「河水重濁，理無不淤，下流既淤，上流必決。以近事驗之，決河非不能力塞，故道非不能力復，但勢不能久耳。橫壟功大難成，雖成，將複決。六塔狹小，而以全河注之，濱、棣、德、博必被其害。不若因水所趨，增堤峻防，疏其下流，縱使入海，此數十年之利也。」宰相陳執中主昌朝，文彥博主仲昌，竟為河北患。

狄青為樞密使，有威名，帝不豫，訛言籍籍。修請出之於外，以保其終。

嘉元年水災，修上疏曰：「陛下臨禦三紀，而儲宮未建。昔漢文帝初即位，以群臣之言，即立太子，而享國長久，為漢太宗。唐明宗惡人言儲嗣事，不肯早定，致秦王之亂，宗社遂覆。陛下何疑而久不定乎？」其後建立英宗，蓋原于此。

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