另一方面，加拉帕戈斯群島和佛得角群島，在土壤的火山性質、氣候、高度和島的大小方面，則有相當程度的類似：但是它們的生物卻是何等完全地和絶對地不同呀！佛得角群島的生物與非洲的生物相關聯，就像加拉帕戈斯群島的生物與美洲的生物相關聯一樣。對於這類的事實，根據獨立創造的一般觀點，是得不到任何解釋的；相反地，根據本書所主張的觀點，顯然地，加拉帕戈斯群島很可能接受從美洲來的移住者，不管這是由於偶然的輸送方法或者由於以前連續的陸地（雖然我不相信這個理論）。而且佛得角群島也接受從非洲來的移住者；這樣的移住者雖然容易地發生變異——而遺傳的原理依然泄露了它們的原產地在於何處。

能夠舉出許多類似的事實：島上的特有生物與最近大陸上或者最近大島上的生物相關聯，實在是一個近乎普遍的規律。例外是少數的，並且大部分的例外是可以解釋的。這樣，雖然克格倫陸地距離非洲比距離美洲近些，但是我們從胡克博士的報告裡可以知道，它的植物卻與美洲的植物相關聯，並且關聯得很密切：但是根據島上植物主要是藉著定期海流漂來的冰山把種籽連着泥土和石塊一起帶來的觀點看來，這種例外就可以解釋了。新西蘭在本地特有植物上與最近的大陸澳洲之間的關聯比起它與其他地區之間的關聯更加密切：這大概是可以料想得到的，但是它又清楚地與南美洲相關聯，南美洲雖說是第二個最近的大陸，可是離開得那麼遙遠，所以這事實就成為例外了。

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但是根據下述觀點看來，這個難點就部分地消失了，那就是：新西蘭、南美洲和其他南方陸地的一部分生物是從一個近乎中間的雖然遙遠的地點即南極諸島而來的，那是在比較溫暖的第三紀和最後的冰期開始以前面南極諸島長滿了植物的時候。澳洲西南角和好望角的植物群的親緣關係雖然是薄弱的，但是胡克博士使我確信這種親緣關係是真實的，這是更加值得注意的情形；但是這種親緣關係只限于植物，並且毫無疑問，將來會得到解釋。

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決定島嶼生物和最近大陸生物之間的親緣關係的同樣法則，有時可以小規模地但以有趣的方式在同一群島的範圍內表現出來。例如，在加拉帕戈斯群島的每一分離的島上都有許多不同的物種棲息着，這是很奇特的事實；但是這些物種彼此之間的關聯比它們與美洲大陸的生物或與世界其他地區的生物之間的關聯更加密切。這大概是可以料想到的，因為彼此這樣接近的島嶼几乎必然地會從同一根源接受移住者，也彼此接受移住者。但是許多移住者在彼此相望的、具有同一地質性質、同一高度、氣候等的諸島上怎麼會發生不同的（雖然差別不大）變異呢？長久以來這對我是個難點：但是這主要是由於認為一地區的物理條件是最重要的這一根深柢固的錯誤觀點而起的；然而，不能反駁的是，各個物種必須與其他物種進行競爭，因而其他物種的性質至少也是同樣重要的，並且一般是更加重要的成功要素。

現在，如果我們觀察棲息在加拉帕戈斯群島同時也見于世界其他地方的物種，我們可以發見它們在若干島上有相當大的差異。如果島嶼生物曾由偶然的輸送方法而來——比方說，一種植物的種籽曾經被帶到一個島上，另一種植物的種籽曾經被帶到另一個島上，雖然一切種籽都是從同一根源而來的；那麼上述的差異的確是可以預料到的。因此，一種移住者在以前時期內最初在諸島中的一個島上定居下來時，或者它以後從一個島散佈到另一個島上時，它無疑會遭遇到不同島上的不同條件，因為它勢必要與一批不同的生物進行競爭；比方說，一種植物在不同的島上會遇到最適于它的土地已被多少不同的物種所佔據，並且還會受到多少不同的敵人的打擊。如果在那個時候這物種變異了，自然選擇大概就會在不同島上引起不同變種的產生。

儘管如此，有些物種還會散佈開去並且在整個群中保持同一的性狀，正如我們看到在一個大陸上廣泛散佈的物種保持着同一性狀一樣。

在加拉岶戈斯群島的這種情形裡以及在程度較差的某些類似的情形裡，真正奇異的事實是，每一個新物種在任何一個島上一旦形成以後，並不迅速地散佈到其他島上。但是，這些島，雖然彼此相望，卻被很深的海灣分開，在大多數情形裡比不列顛海峽還要寬，並且沒有理由去設想它們在任何以前的時期是連續地連結在一起的。在諸島之間海流是迅速的和急激的，大風異常稀少；所以諸島彼此的分離遠比地圖上所表現的更加明顯。雖然如此，有些物種以及在世界其他部分可以找到的和只見于這群島的一些物種，是若干島嶼所共有的；我們根據它們現在分佈的狀態可以推想，它們是從一個島上散佈到其他島上去的。

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