按照自然選擇學說，一定有無數的中間類型曾經存在過，這些中間類型以微細的級進把每一群中的一切物種聯結在一起，這些微細的級進就像現存變種那樣，因此我們可以問：為什麼我們沒有在我們的周圍看到這些聯結的類型呢？為什麼一切生物並沒有混雜成不能分解的混亂狀態呢？關於現存的類型，我們應該記住我們沒有權利去希望（除了稀少的例子以外）在它們之間發現直接聯結的連鎖，我們只能在各個現存類型和某一絶滅的、被排擠掉的類型之間發現這種連鎖。如果一個廣闊的地區在一個長久時期內曾經保持了連續的狀態，並且它的氣候和其他生活條件從被某一個物種所佔有的區域逐漸不知不覺地變化到為一個密切近似物種所佔有的區域，即使在這樣的地區內，我們也沒有正當的權利去希望在中間地帶常常找到中間變種。因為我們有理由相信，每一屬中只有少數物種曾經發生變化；其他物種則完全絶滅，而沒有留下變異了的後代。在的確發生變化的物種中，只有少數在同一地區內同時發生變化；而且一切變異都是逐漸完成的。

我還闡明，起初在中間地帶存在的中間變種大概會容易地被任何方面的近似類型所排擠；因為後者由於生存的數目較大，比起生存數目較少的中間變種一般能以較快的速率發生變化和改進；結果中間變種最後就要被排擠掉和消滅掉。

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世界上現存生物和絶滅生物之間以及各個連續時期內絶滅物種和更加古老物種之間，都有無數連結的連鎖已經絶滅。按照這一學說來看，為什麼在每一地質層中沒有填滿這等連鎖類型呢？為什麼化石遺物的每一次採集沒有為生物類型的逐級過渡和變化提供明顯的證據呢？雖然地質學說的研究毫無疑問地揭露了以前曾經存在的許多連鎖，把無數的生物類型更加緊密地連結在一起，但是它所提供的過去物種和現存物種之間的無限多的微細級進並不能滿足這一學說的要求；這是反對這一學說的許多異議中的最明顯的異議。還有，為什麼整群的近似物種好像是突然出現在連續的地質諸階段之中呢？（雖然這常常是一種假象。）雖然我們現在知道，生物早在寒武紀最下層沉積以前的一個無可計算的極古時期就在這個地球上出現了，但是為什麼我們在這個系統之下沒有發見巨大的地層含有寒武紀化石的祖先遺骸呢？因為，按照這個學說，這樣的地層一定在世界歷史上的這等古老的和完全未知的時代裡，已經沉積于某處了。

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我只能根據地質紀錄比大多數地質學家所相信的更加不完全這一假設來回答上述的問題和異議。一切博物館內的標本數目與肯定曾經生存過的無數物種的無數世代比較起來，是絶不足道的。任何兩個或更多物種的親類型不會在它的一切性狀上都直接地介於它的變異了的後代之間，正如岩鴿在嗉囊和尾方面不直接介於它的後代突胸鴿和扇尾鴿之間一樣。如果我們研究兩種生物，即使是這研究是周密進行的，除非我們得到大多數的中間連鎖，我們就不能辨識一個物種是否是另一變異了的物種的祖先；而且由於地質紀錄的不完全，我們也沒有正當的權利去希望找到這麼許多連鎖。

如果有兩三個或者甚至更多的連結的類型被發現，它們就會被許多博物學者簡單地列為那樣多的新物種，如果它們是在不同地質亞層中找到的，不管它們的差異如何輕微，就尤其如此。可以舉出無數現存的可疑類型，大概都是變種；但是誰敢說將來會發現如此眾多的化石連鎖，以致博物學者能夠決定這些可疑的類型是否應該叫做變種？只有世界的一小部分曾經作過地質勘探。只有某些綱的生物才能在化石狀態中至少以任何大量的數目被保存下來。許多物種一旦形成以後如果永不再進行任何變化，就會絶滅而不留下變異了的後代；而且物種進行變化的時期，雖然以年來計算是長久的，但與物種保持同一類型的時期比較起來，大概還是短的。

占優勢的和分佈廣的物種，最常變異，並且變異最多，變種起初又常是地方性的——由於這兩個原因，要在任何一個地層裡發現中間連鎖就比較不容易。地方變種不等到經過相當的變異和改進之後，是不會分佈到其他遙遠地區的；當它們散佈開了，並且在一個地層中被發現的時候，它們看來好像是在那裡被突然創造出來似的，於是就被簡單地列為新的物種。大多數地層在沉積中是斷斷續續的；它們延續的時間大概比物種類型的平均延續時間較短。在大多數情形下，連續的地質層都被長久的空白間隔時間所分開；因為含有化石的地質層，其厚度足以抵抗未來的陵蝕作用，按照一般規律，這樣的地質層只能在海底下降而有大量沉積物沉積的地方，才能得到堆積。

在水平面上升和靜止的交替時期，一般是沒有地質紀錄的。在後面這樣的時期中，生物類型大概會有更多的變異性；在下降的時期中，大概有更多的絶滅。

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