這年春天，哥兒倆曾造起了一條船。八月底，他們乘船沿著康科德河和梅里麥克河上作了一次航行。在旅途上，一切都很好，只是兩人之間已有著一些微妙的裂紋，彼此都未言明，實際上他們已成了情敵。後來約翰曾向她求婚而被她拒絕了。再後來，亨利也給過她一封熱情的信，而她回了他一封冷淡的信。不久後，艾倫就嫁給了一個牧師。這段插曲在亨利心頭留下了創傷。但接著發生了一件絕對意想不到的事，1842年的元旦，約翰在一條皮子上磨利他的剃刀片刀刃時，不小心劃破了他的左手中指一他用布條包紮了，沒有想到兩三天後化膿了，全身疼痛不堪。趕緊就醫，已來不及，他得了牙關緊閉症，敗血病中之一種。他很快進入了彌留狀態。十天之後，約翰竟此溘然長逝了。
突然的事變給了亨利一個最沉重的打擊。他雖然竭力保持平靜，回到家中卻不言不語。一星期後，他也病倒了，似乎也是得了牙關緊閉症。幸而他得的並不是這種病，是得了由於心理痛苦引起來的心身病狀態。整整三個月，他都在這個病中，到四月中他又出現在園子里了，才漸漸地恢複過來。
那年亨利寫了好些悼念約翰的詩。在《哥哥，你在哪里》這詩中，他問道：「我應當到哪里去／尋找你的身影？／沿著鄰近的那條小河，／我還能否聽到你的聲音？」答複是他的兄長兼友人，約翰，已經和大自然融為一體了。他們結了綢，他已以大自然的容顏為他自己的容顏了，以大自然的表情表達了他自己的意念……大自然已取走了他的哥哥，約翰已成為大自然的一部分。

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從這里開始，亨利才恢複了信心和歡樂。他在日記中寫著：「眼前的痛苦之沉重也說明過去的經歷的甘美。悲傷的時候，多麼的容易想起快樂！冬天，蜜蜂不能釀蜜，它就消耗已釀好的蜜。」這一段時間里，他是在養病，又養傷；在蟄居之中，為未來作准備，在蓄勢，蓄水以待開閘了放水，便可以灌溉大地。

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在另一篇日記中，他說：“我必須承認，若問我對於社會我有了什麼作為，對於人類我已致送了什麼佳音，我實在寒酸得很。無疑我的寒酸不是沒有原因的，我的無所建樹也並非沒有理由的。我就在想望著把我的生命的財富獻給人們，真正地給他們最珍貴的禮物。我要在貝殼中培養出珍珠來，為他們釀制生命之蜜，我要陽光轉射到公共福利上來。要沒有財富要隱藏。我沒有私人的東西。我的特異功能就是要為公眾服務。惟有這個功能是我的私有財產。任何人都是可以天真的，因而是富有的。
我含蘊著，並養育著珍珠，直到它的完美之時。

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