在1849年出版的《美學》雜志第一期上，他發表了一篇論文，用的題目是《對市政府的抵抗》。在1866年（他去世已四年）出版的《一個在加拿大的美國人，及其反對奴隸制和改革的論文集》收入這篇文章時，題目改為《論公民的不服從權利》。此文題目究竟應該用哪一個，讀書界頗有爭論，並有人專門研究這問題。我國一般地慣用了這個《消極反抗》的題名，今承其舊，不再改變。文中，梭羅並沒有發出什麼政治行動的號召，這毋寧說正是他一貫倡導的所謂「更高的原則」中之一項。他認為政府自然要做有利於人民的事，它不應該去幹擾人民。但是所有的政府都沒有做到這一點，更不用說這個保存了奴隸制度的美國政府了，因此他要抗議和抵抗這一個政府，不服從這一個政府。他認為，如果政府要強迫人民去做違背良心的事，人民就應當有消極抵抗的權利，以抵制它和抵抗它。這篇《消極抵抗》的論文，首先是給了英國工党和費邊主義者以影響，後來又對於以絕食方式反對英帝國主義的印度聖雄甘地的「不合作運動」與「非暴力主義」有很大的作用，對於1960年馬丁・路德・金，在非洲爭取民權運動也有很大的作用，對托爾斯泰的「勿以暴抗暴」的思想也有影響，以及對羅曼・羅蘭也有一些影響。
梭羅是一生都反對蓄奴制度的，不止一次幫助南方的黑奴逃亡到自由的北方。在1845年的消極反抗之後，他還寫過《馬省的奴隸制》（1854年）一文，他和愛默生一起支持過約翰・布朗。1859年10月，布朗企圖襲擊哈潑斯渡口失敗而被捕，11月刑庭判處布朗以絞刑，梭羅在市會堂里發表了《為約翰・布朗請願》的演說。布朗死後，當地不允許給布朗開追悼會時，他到市會堂敲響大鐘，召集群眾舉行了追悼會。梭羅關於布朗的一系列文章和行動都是強烈的政治言行。
這期間，梭羅患上了肺結核症，健康明顯地變壞。雖然去明尼蘇達作了一次醫療性的旅行，但病情並無好轉。他自知已不久人世了。在最後的兩年里，他平靜地整理日記手稿，從中選出一些段落來寫成文章，發表在《大西洋月刊》上。他平靜安詳地結束了他的一生，死於1862年5月6日，未滿四十五歲。

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梭羅生前，只出版了兩本書。1849年自費出版了《康科德河和梅里麥克河上的一星期》，這書是他在瓦爾登湖邊的木屋里著寫的，內容是哥兒倆在兩條河上旅行的一星期中，大段大段議論文史哲和宗教等等。雖精雕細刻，卻晦澀難懂，沒有引起什麼反響。印行一千冊，只售出一百多冊，送掉七十五冊，存下七百多冊，在書店倉庫里放到1853年，全部退給作者了。梭羅曾詼諧他說，我家里大約藏書九百冊，自己著的書七百多冊。

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