八月，英人犯通州，帝命怡親王載垣赴通議款。時桂良及軍機大臣穆廕皆在，英使額爾金遣其參贊巴夏裡入城議和，請循天津原議，並約法使會商。翼日，宴於東獄廟。巴夏裡起曰：「今日之約，須面見大皇帝，以昭誠信。」又曰：「遠方慕義，欲觀光上國久矣，請以軍容入。」王憤其語不遜，密商僧格林沁，擒送京師，兵端復作。時帝適秋獮，自行在詔以恭親王奕為全權大臣，守京師，並詔南軍入援。時團防大臣、大學士周祖培，尚書陳孚恩等議籌辦團練城守事。恭親王、桂良駐城外，而英師已薄城下，焚圓明園。英人請開安定門入與恭親王面議和，乃約以次日定和議，而釋巴夏裡於獄，遣恆祺送歸。九月，和議成，增償兵費八百萬，並開天津商埠，復以廣東九龍司地與英人。是年，用裡國太幫辦稅務。
十一年春二月，英人始立漢口、九江市埠，均設洋關。九月，總署因與英使卜魯士議暫訂長江通商章程十二款，納稅章程五款。是月，交還廣東省城。卜魯士始駐京。同治元年，粵賊陷蘇、松、常、太各城，各國懼擾上海商務，謀自衛。英水師提督何伯隨法、美攻剿，復青浦、寧波諸處。捷聞，嘉獎。九月，與英人續訂長江通商章程。二年春，以英將戈登統常勝軍，權授江蘇總兵。四年秋七月，英交還大沽砲台。
五年春正月，與英人議立招工章程。七年十二月，台灣英領事吉必勛因運樟腦被阻，牽及教堂，洋將茄當踞營署，殺傷兵勇，焚燒軍火局庫，索取兵費。事聞，詰英使，久之，始將吉必勛撤任。未幾，英兵船在潮州，又有毀燒民房、殺死民人事，幾釀變。八年九月，與英換新約，英使阿禮國請朝覲，不許。九年，請辦電線、鐵路，不許。既而請設水底電線於中國通商各口，許之。十年，請開瓊州商埠。先是同治七年修新約，英使阿禮國允將瓊州停止通商，以易溫州。至是，英使威妥瑪與法、俄、美、布各國鹹以為請，允仍開瓊州。十二年，穆宗親政，始覲見。初因覲見禮節中外不同，各國議數月不決，英持尤力，至是始以鞠躬代拜跪，惟易三鞠躬為五，號為加禮。

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光緒元年正月乙卯，英繙譯官馬嘉理被戕於雲南。先是馬嘉理奉其使臣威妥瑪命，以總署護照赴緬甸迎探路員副將柏郎等，偕行至雲南騰越屬蠻允土司地被戕。時岑毓英以巡撫兼署總督。威妥瑪疑之，聲言將派兵自辦。帝派湖廣總督李瀚章赴滇查辦。威妥瑪遂出京赴上海，於是有命李鴻章、丁日昌會同商議之舉。威妥瑪至津見李鴻章，以六事相要，鴻章拒之。政府派前兵部侍郎郭嵩燾使英，威妥瑪亦欲拒議。又駐滬英商租上海、吳淞間地敷設鐵軌，行駛火車，總督沈葆楨以英人築路租界外，違約，飭停工。至是，威妥瑪遣其漢文正使梅輝立赴滬商辦，鴻章乃與約，令英商停工，而中國以原價購回自辦。初上海既通商，租界內仍有釐捐局，專收華商未完半稅之貨。至是，威妥瑪欲盡去釐捐局，界內中國不得設局徵收釐稅，鴻章請政府勿許。

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二年五月，諭：「馬嘉理案，疊經王大臣與英使威妥瑪辯論未洽，命李鴻章商辦早結。」六月，命鴻章為全權大臣，赴煙台，與威妥瑪會商，相持者逾月，議始定。七月，鴻章奏稱：「臣抵煙台，威妥瑪堅求將全案人證解京覆訊，其注意尤在岑毓英主使。臣與反覆駁辨，適俄、德、美、法、日、奧六國使臣及英、德水師提督均集煙台，往來談宴，因於萬壽聖節，邀請列國公使、提督至公所燕飲慶賀，情誼聯洽。翌日，威使始允另議辦法，將條款送臣查核。其昭雪滇案六條，皆總理衙門已經應允，惟償款銀數未定。其優待使臣三條：一，京外兩國官員會晤，禮節儀制互異，欲訂以免爭端；一，通商各口會審案件；一，中外辦案觀審，兩條可合併參看。觀審一節，亦經總署於八條內允行。至通商事務原議七條：一，通商各口，請定不應抽收洋貨釐金之界，並欲在沿海、沿江、沿湖地面，添設口岸；一，請添口岸，分作三項，以重慶、宜昌、溫州、蕪湖、北海五處為領事官駐紮，湖口、沙市、水東三處為稅務司分駐，安慶、大通、武穴、陸溪口、嶽州、瑪斯六處為輪船上下客商貨物；一，洋藥準在新關並納稅釐；一，洋貨半稅單，請定劃一款式，華、洋商人均準領單，洋商運土貨出口，商定防弊章程；一，洋貨運回外國，訂明存票年限；一，香港會定巡船收稅章程；一，各口未定租界，請再議訂。以上如洋藥釐稅由新關並徵，既免偷漏，亦可隨時加增；土貨報單嚴定章程，冀免影射冒騙諸弊；香港妥議收稅辦法，均尚於中國課餉有益。其餘亦與條約不背。英使又擬明年派員赴西藏探路，請給護照，因不便附入滇案、優待、通商三端之內，故列為專條。免定口界、添設口岸兩事，反覆爭論，乃允免定口界，僅於租界免抽洋貨釐金，且指明洋貨、土貨仍可抽收。將來洋藥加徵，稍資撥補，似於大局無甚妨礙。至添口岸一節，總署已允宜昌、溫州、北海三處，赫德續請添蕪湖口，亦經奏準。今仍堅持前議，準添四口，作為領事官駐紮處所。其重慶派英員駐寓，總署已於八條內議準，未便即作口岸，聲明俟輪船能上駛時，再行議辦。至沿江不通商口岸上下客商貨物一節，自長江開碼頭後，輪船隨處停泊，載人運物，因未明定章程，礙難禁阻。英使既必欲議準，似不在停泊處所之多寡，要在口岸內地之分明。臣今與訂‘上下貨物，皆用民船起卸，仍照內地定章，除洋貨稅單查驗免釐外，有報單之土貨，只準上船，不准卸賣，其餘應完稅釐，由地方官一律妥辦’等語，是與民船載貨查收釐金者一律，只須各地方關卡員役查察嚴密耳。英使先請湖口等九處，臣與釐定廣東之水東系沿海地方，不准驟開此禁，嶽州距江稍遠，不准繞越行走，姑允沿江之大通、安慶、湖口、武穴、陸溪口、沙市六處，輪船可暫停泊，悉照內地抽徵章程。臣復與德國使臣巴蘭德議及德國修約添口，即照英國議定辦理。威妥瑪請半年後，開辦口岸租界，免洋貨釐，洋藥並納釐稅，須與各國會商，再行開辦，因準另為一條。至派員赴西藏探路一節，條約既准遊歷，亦無阻止之理。臣於原議內由總理衙門、駐藏大臣查度情形字樣，屆時應由總理衙門妥慎籌酌。迨至諸議就緒，商及滇案償款。英使謂去冬專為此事，調來飛遊幫大兵船四隻，保護商民，計船費已近百萬。臣謂兩國並未失和，無認償兵費之例，囑其定數。英使謂吳淞鐵路正滋口舌，如臣能調停主持，彼即擔代，仍照原議作二十萬，遂定議。因於二十六日，將所繕會議條款華、洋文四分，彼此畫押蓋印互換。至滇邊通商，威使面稱擬暫緩開辦，求於結案諭旨之末，豫為聲明。」疏入，報聞。鴻章仍回直督本任。約成互換，是為煙台條約。約分三端：一曰昭雪滇案，二曰優待往來，三曰通商事務。又另議專案一條。是年，遣候補五品京堂劉錫鴻持璽書往英，為踐約惋惜滇案也。
三年，英窺喀什噶爾，以護持安集延為詞。陝甘總督左宗棠拒之。英人欲中國與喀什噶爾劃地界，又請入西藏探路，皆不行。是年始於英屬地星嘉坡設領事。四年秋八月，福建民毀英烏石山教堂，英人要求償所失乃已。五年，英欲與中國定釐稅並徵確數。總署擬仍照煙台原議條款，稅照舊則，釐照舊章。

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