在一次秘密接頭時，兩位太后與恭親王議定不在贊襄政務王大臣完全控制局勢的熱河採取任何行動，而要在恭親王佔據上風的北京動手；大行皇帝的靈駕將護送回京，到那時將採取迅疾行動。慈禧擔心外國的反應，但恭親王顯然得到了外國支持的保證，而且自信地宣稱將制止外國列強的干涉。
確實，英國人在支持恭親王方面發揮了關鍵的作用。身為北京條約的簽訂人，恭親王以其善意、機敏、舉止優雅和願意合作履行條約義務的姿態，給外國使節留下了深刻的印象。英國人意識到，保證他掌權符合英國的利益。英國公使3在1862年3月12日給倫敦的一份報告中透露了英國在這場宮廷政變中扮演的角色：「......在過去十二個月裡‘我們’培植了一個傾向並相信作友善交往之可能性的派別，且有效地幫助了這個派別掌權，這決非是細小的成功。
‘我們’業已在北京建立了令人滿意的關係，並已在某種程度上成為政府的顧問，而十八個月前我們還在同該政府開戰。」恭親王把駐紮天津的五、六千洋人軍隊看作是「......擊敗其政敵的後盾」。4
1861年9月11日，恭親王返回北京。與此同時，大學士周祖培和其它一些留居北京的官員也對肅順擅權心懷不平，對皇太后臨朝聽政的願望深感同情，他們延請名儒李慈銘準備了一份臨朝備考錄，枚舉歷史上太后臨朝的先例。在李慈銘完成備考錄之前，一名御史5先發制人，向熱河呈送了一份奏摺，籲請兩宮太后執掌朝綱而任命一到兩位宗室親王襄助政務。肅順譏笑這個主意，理由是大清朝還從未有過太后執政的先例。

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10月26日，兩宮太后不顧贊襄政務王大臣的強烈反對，在怡親王和鄭親王的陪同下攜幼帝返京，而咸豐帝的靈柩則由肅順和醇親王護送稍後上路。11月1日，兩宮太后抵達京城，立即收到了大學士周祖培和戶部、刑部尚書的聯名上奏，籲請她們在皇帝年幼期間執掌朝網
這顯然是由恭親王指使的。他們聲討八位贊襄政務王大臣是在左右而非輔佐朝廷。一天之後，兩宮太后召恭親王、大學士和其它一些大員至禁宮，曆數八位贊襄政務王大臣的罪行，並諭令將他們立即解職。
怡親王和鄭親王抗議這個行動不合法度，兩宮太后為此頒發第二道懿旨，褫奪了他倆及肅順的爵位，並將他們交付宗人府懲處。恭親王的侍衛以迅雷不及掩耳之勢拘拿了兩位親王，而正護扶靈柩前來北京的肅順則在途中遭誘捕，也被投入宗人府大牢。怡親王和鄭親王允准自裁；肅順則于11月8日斬首；另外那五位攝政解職。

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在這場政變中獲勝的兩宮太后和恭親王聯合執政，讓母后執掌政務的做法在清朝確是沒有先例的。順治皇帝(1644-1661年)在幼年時由其叔父多爾袞擔任攝政王；康熙帝(1662-1722年)年幼時則由四位攝政輔佐，而以鱉拜為首。從來沒有太后聽政的先例，但沒有先例並不能妨礙意志堅強的慈禧。她讓恭親王當她的前台，授以議政王、軍機大臣、內務府總管大臣和新設的總理衙門6大臣等銜，而恭親王則也需要太后支持以建立他自己的權力基礎。
這樣，他們就達成了一項基于相互利用的聯盟。
幼皇帝的年號是「同治」
或許暗示着兩宮太后的共同統治
以第二年1862年為元年。慈禧不喜歡「母后」的稱呼，因為隱含了她被安排在合法權力來源較遠的一種地位；她更願意依所居住的西宮被稱作「西太后」；另一位住在東宮的太后慈安則成為了「東太后」。儘管兩宮太后一道垂簾聽政並收納大臣的奏章 ，但通常是西太后披閲奏摺、提問和決斷，而以德勝才的東太后在處置政務時則相當謹慎。
外國對這場政變的反應大體上是認同的，英國副外交大臣萊亞德(A．H．Layard)于1862年3月18日在下議院宣稱：「在很短一段時間裡發生了一個重大變化；業已實施的政變導致了大臣的變換......恭親王和兩位太后組織了一個新政府，制定了一項新政策；中國政府第一次承認了外國人的權利，並同意平等地對待他們。」7恭親王和總理衙門成了進步和善待外國人的象徵。
2.合作政策和外交現代化
1860年與英法媾和的慘痛教訓，促使恭親王對洋人的態度發生了徹底的轉變。在此以前，他也是激烈反洋的，主張對外夷索求作堅決抵制並處死巴夏禮(Hany Parkes)；而在媾和以後，他形成了對夷務的新概念。他逐漸尊重甚至崇拜英國的力量，認定中國別無選擇，只有去學會如何與西方共處。
恭親王在與額爾金勛爵和葛羅男爵的周旋中，明確地領悟到了西洋器械的精良。令他驚喜的是，他發現這些從前的敵人不僅不想對中國隱瞞他們的軍事秘密，而且還公開提議要按西洋模式來幫助中國訓練軍隊及鑄造武器。英法佔領軍在締和後立即撤離北京，進一步表明外國列強對中國並無領土野心，而且更非蠻不講理和不守信義，倒是中國人習慣于欺詐他們。恭親王得出結論，只要中國信守條約義務，以善意和開明的態度對待洋人，不給他們以任何抱怨的理由，就能保持和平。

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