他知道英國政府一直對穆斯林主張將印度教徒和穆斯林分隔開來的要求持鼓勵態度，並利用這種不和諧作為繼續佔領印度的藉口。與此同時，國大黨和穆斯林聯盟的領袖沙浦洛和前馬德拉省省督拉賈斯進行談判，意在團結穆斯林共同為爭取印度責任政府而鬥爭，因為當時英國政府就是以穆斯林不願參加這個政府為由而拖延不幹。但是會談也沒有實質性成果。這一點應該說是可以預料到的。
因為就在這年的3月23日紀念「巴基斯坦日”的時候，真納曾發出文告，公開闡明了自己的觀點。文告說：“我們離實現我們自己的目標巴基斯坦和贏得我們的自由更近了。……穆斯林不達到目的決不罷休。……巴基斯坦對我們來說，就意味着我們的安全、我們的解放、我們的命運。」
但是，聖雄是個樂觀主義者。他一生熾熱地相信印度教徒與穆斯林之間的理解併為此而努力工作。他還常為解決宗教間的對立而絶食。他從不輕易就相信失敗，就算他對此憂鬱不堪，但他絶不會感到沮喪。
7月17日，聖雄給真納寫去一封信，建議他們倆在一起坐下來討論當前的政治形勢。甘地的信充滿誠意並且非常懇切。信中說：「請不要把我看成伊斯蘭教或印度穆斯林的敵人。我一向不僅是你本人而且是人類的朋友和僕人。
親愛的真納兄弟，請勿使我失望。」
真納覆信表示，願意在家接待他。
9月 9日，甘地趕往孟買真納家中進行會晤。兩位領袖的談判一直進行到27日。會談結束當天，雙方在一項聲明中宣佈會談失敗。並把會談期間彼此之間的通信交給新聞界發表。
事實上，甘地在會談中冒着眾叛親離的危險，承認了巴基斯坦的原則。
但是，他提出的先決條件是，應該通過西北和東北全體居民的投票來決定。
真納堅決反對。他們雙方的態度，在他們會談過程中的書信中可以看得很清楚。

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甘地給真納的信說：「無論根據什麼國際法典，我們都是一個民族。」
真納給甘地的信說：「你說你渴望代表印度所有居民，我很抱歉，我不能認為你的話是對的。你除了代表印度教徒之外誰也不能代表。不但穆斯林，而且印度其他人民的真正幸福都有賴于印度分治。」
甘地回答說：「如果你的信是定論，那麼希望就渺茫了。能否保留在兩個民族問題上的分歧而只在自決權的基礎上來解決這個問題呢？”真納卻說：“我們是在作為一個民族，而不是作為一個地區的單位要求我們的自決權。」
甘地在信中說：「我們認為穆斯林是一個單獨的民族，如果分治不可避免，也應該像兄弟倆分家一樣分治。」
真納請甘地進一步解釋這個說法。
甘地回信說：「我是從這種設想出發的，即不是把印度看成兩個或更多的民族，而是看成一個由許多成員組成的家庭。」
雙方都不能接受對方的觀點。
會談結束時，真納向記者說，無法與甘地達成協議。但是甘地卻說：「我相信這並非是我們努力的最後結果。失敗歸失敗，這種失敗只能意味着無限期休會。」
這次甘地遭到副王的拒絶，加上又願意到真納府上談判，使不少甘地的追隨者深為不滿，甚至反感。認為甘地這樣做是助長了真納的傲慢自大，這是一種羞辱。但是甘地並非這麼看。他認為，為了祖國的尊嚴和人民的利益，以及個人自身精神的超越，不存在羞辱，即便是羞辱，也算不得什麼。
就是在如此艱難的情況下，甘地又給丘吉爾寫了一封信，希望得到他的支持，當然這是不可能實現的幻想。他的信全文如下：親愛的首相：有報道說你想徹底擊潰微不足道的「裸體苦行僧」據說你這樣稱呼我。
我一直想當苦行僧和裸行者這是件很難的事。因而，我將此看成是一種無意識的讚賞。所以，我想以此接近你。為了你的人民和我的人民，並通過他們，為了全世界的人民，請求你信任並任用我。
你真誠的朋友甘地甘地試圖輓救他即將支離破碎的國家，甚至不惜向丘吉爾求助，顯然是不明智的，也是必然會遭到冷遇的。從這一點看，甘地多少也是迂腐的。一位印度作者提出了這樣的問題：“甘地在南非及其後來在印度，都成功地爭取了懷有敵意的外國人，可是在對待自己的同胞的問題上，他卻遭到了慘敗。
人們對此又如何解釋呢？為什麼這位仁慈的非暴力運動的倡導者卻未能贏得大多數印度穆斯林的心呢？這是一個值得歷史學家和心理學家注意的問題。
他不僅沒有贏得支持，反而使穆斯林和很多印度教徒脫離了他。這真是一個悲劇性的諷刺。”
對這個問題，法國作家拉皮埃爾和英國作家柯林斯作了分析回答。他們認為，印度教徒與穆斯林分裂的原因多在於社會方面的因素。印度社會的種姓制度，在他們中間築起了一條不可踰越的鴻溝。加上人生有輪迴生死之說，統治者就利用先祖這些規定性作為精神控制，維護社會上的不平等，而且說服鼓勵貧苦大眾，聽從命運的安排，只有忍耐，他們在輪迴中才能享有美好的命運。
穆斯林則譴責這種制度。他們認為，伊斯蘭教體現教友之間無與倫比的兄弟關係。在歸依伊斯蘭教的新教徒中，絶大多數來自于原來信奉印度教的賤民，即不可接觸者。加入伊斯蘭教後，他們地位迅速得到提高，擺脫了不虔誠教徒昔日遭受的指責和凌辱。

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