更由於過去的一些爭吵和不滿情緒藉此機會一起爆發出來；而因為軍隊的主要兵力被抽調去支援意大利戰爭，又加之常有士兵逃走，剩下的兵力已不足以保護住不幸的將軍不受狂怒的人群的襲擊，致使博特裡克和他的幾位主要官員慘遭殺害。有人還拖着他們那遍體鱗傷的屍體在街頭示眾。這時皇帝住在米蘭，得到了有關塞薩洛尼卡人民如此膽大妄為的暴行的情報以後感到十分震驚。這時，一位不動感情的法官的審判將會對行兇的首要分子加以嚴厲懲處；儘管博特裡克的功績可能會使他的主子感到無限悲痛和憤怒。但火爆脾氣的提奧多西不能等待司法部門按部就班的審訊，他匆匆決定他的副職將軍的鮮血必須用行兇手的鮮血來償還。不過他這時的思想還正猶豫于究竟是採取寬大政策還是進行血腥報復之間；主教們的熱情的勸導几乎使得皇帝勉強同意全面寬恕了；但他的大臣魯費努斯的幾句諂媚的話不禁使他的怒火再度燃燒起來；而且，在他已派出信使下達死亡命令之後，他還曾試圖阻止對他的命令的執行，只是時間已經太晚了。
於是一座羅馬城市的復仇計劃就這樣盲目地由一群不分清紅皂白的野蠻人執行了；而且這一敵對行動的計劃還是和一個陰暗、險惡和非法的陰謀一同進行的。
塞薩洛尼卡的市民們得到一份以皇帝的名義發給他們的請帖，假意邀請他們前去觀看馬戲；由於他們對這類娛樂永遠也看不夠，又加上觀眾是如此眾多，一切恐懼或懷疑念頭竟全被打消了。
在觀眾全部來到以後，事先埋伏于競技場周圍的士兵們就在一聲號令中行動起來，不是進行比賽，而是開始大屠殺。這場不分外地人與本地人，不分年齡、性別，不分有罪，無罪的血腥的大屠殺持續了3個小時，被殺人數，根據最保守的估計，不下七千人；更有些作家肯定，至少有15000人成為奉獻給博特裡克的英靈的犧牲品。一位外國來的商人可能不曾想到自己會被殺，因而提出用自己的生命和全部財產來換取他的二子之一的性命，正在他對兩個兒子都同樣捨不得，不知該選定哪一個、犧牲哪一個猶豫不決的時候，士兵們幫他做出決定：用匕首同時刺進了這兩個毫無防衛能力的孩子的胸膛。這些劊子手們所說的他們不得不拿出足夠的人頭交令的藉口只是使這場看來有領導、有預謀，並系按照提奧多西的命令行事的大屠殺更顯得駭人聽聞而已。由於這位皇帝經常長時間在塞薩洛尼卡居住，他的罪責就更為嚴重了。
這座不幸的城市的位置，它的街道和建築的外貌，它的居民的衣着和形容對他都十分熟悉。以至都隨時浮現在他的眼前；提奧多西甚至十分親切地感到遭他屠殺的那些人還依然存在。
皇帝對正教牧師懷有的敬意，使他對安布羅斯的性格不免格外喜愛和欽佩。因為他的身上可說凝聚着一切主教的最高美德。

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提奧多西的朋友和大臣們處處效仿他們的君主；而他卻只是有些驚訝，而並無不快地發現，他所有的秘密打算轉眼便傳到這位大主教的耳朵裡，而他的行為總根據一個值得讚揚的信念：民事政府的一舉一動都可能和神的榮譽及真正宗教的利益有某種聯繫。波斯邊境上的一座不知名的小鎮卡利尼庫姆的僧人和市民受到他們自己的以及他們的主教的狂熱情緒的激勵，曾在暴亂中燒燬了一處瓦倫提尼安派集會的場所和一所猶太教堂。煽動閙事的高級教士受到該省行政官員的判處，或者重建那所猶太教堂，或者賠償全部損失，這項溫和的判決也得到皇帝的認可。但卻沒有得到米蘭大主教的批准。他為此口授了一封批評和指責的信函，那口氣簡直彷彿皇帝曾受過割禮，已背叛了他曾受洗禮的宗教信仰。安布羅斯認為對猶太教的寬容就是對基督教的迫害，並大膽聲稱，他自己以及每一位真正的信徒都迫切希望，就這一行動的功過以及授與殉教烈士頭銜問題，和卡利尼庫姆的主教進行一次評論；他並以十分悲痛的口氣抱怨說，這次判決如加以執行，將對提奧多西的聲譽和得救產生不堪設想的後果。由於這一私下的告誡沒有立即產生效果，這位大主教又站在他佈道的講台上向在位的皇帝公開發表講話；而且在得不到提奧多西的嚴肅、明確的保證不懲治卡利尼庫姆的主教及僧侶之前，決不同意提供祭壇上的祭品。提奧多西鄭重地收回了原來的判決；並且在他居住米蘭的那段時間裡，他對安布羅斯的敬愛之心一直伴隨着他們的虔誠的推心置腹的交談而有增無已。
提奧多西的悔罪安布羅斯得知提奧多西的大屠殺的消息，他心中充滿驚愕和痛苦。他躲到鄉下去以便盡情發泄自己的悲傷並避免和提奧多西相見。
但由於這位大主教意識到這種怯懦的沉默將會使他成為他的罪惡的幫凶，因而他在一封私人信中訴說了這一罪惡的嚴重性，並提出只有真誠的懺悔才能予以消除。安布羅斯在為宗教熱情所激動的情況下，也注意到要小心謹慎，他只能滿足於通過宣稱上帝對他顯靈，警告他不能以提奧多西的名義或當着他的面祭神，並建議他關起門來專心祈禱，不要妄自接近神壇，也不要用他那仍舊沾滿無辜人民鮮血的雙手去接受聖餐，這樣採取了一種間接將他逐出教會的辦法。
皇帝通過他自己的反省和他這位教父的影響已經深感痛心；因而在他為自己的一時狂怒所造成的罪惡的、無法輓回的嚴重後果萬分悲痛之後，他仍和以往一樣又前往米蘭大教堂進行禮拜活動。他走到教堂入口時被大主教攔住了，他用上帝使者的口吻和語言對他的君王說，僅是私下的懺悔是不足以清償公開犯下的罪惡，也難以安撫被激怒的神靈的義憤的。

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提奧多西誠懇地說，如果說他犯下了殺人罪，那最合上帝心意的大衛不但犯有謀殺罪，而且還犯有通姦罪。這時無所畏懼的安布羅斯的回答卻是，「你犯罪既是以大衛為榜樣，那你也就應該學他一樣懺悔。」他終於接受了極其苛刻的和解和赦免的條件；提奧多西皇帝的公開懺悔一直作為一個極為光榮的事件寫入教會歷史。根據公元4世紀時基督教教規，對殺人罪最溫和的懲罰也需要20年的苦行贖罪：而把在塞薩洛尼卡大屠殺中所殺人數累計起來，在一個有限人生中是無法贖償的，因此，這個殺人犯便應從此被逐出神聖的教會，直至死亡。
但是大主教在充分考慮宗教政策的各種原則之後，鑒於這位非同一般的悔罪人的特殊地位，尤其是他已不顧王者之尊深自懺悔，決定對他適當放寬條件；而對他進行公開教誨也可作為縮短他的苦行期的一個重要理由。對於一位羅馬皇帝來說，讓他剝去作為皇帝標記的一切服飾，以痛苦乞憐的姿態出現在人們眼前，並在米蘭的教會中痛哭流淚，請求寬恕他的罪惡便已經足夠了。
在這次精神治療的過程中，安布羅斯採用了多種溫和的和嚴厲的方法。

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