還有一個相似的難點，更加嚴重。我所指的是動物界的幾個主要部門的物種在已知的最下化石岩層中突然出現的情形。大多數的討論使我相信，同群的一切現存物種都是從一個單一的祖先傳下來的，這也同樣有力地適用於最早的既知物種。例如，一切寒武紀的和志留紀的三葉蟲類（trilobites）都是從某一種甲殼動物傳下來的，這種甲殼類一定遠在寒武紀以前就已生存了，並且和任何既知的動物可能都大大有所不同。

某些最古的動物，如鸚鵡螺（Nautilus）、海豆芽（Lingula）等等，與現存物種並沒有多大差異；按照我們的學說，這些古老的物種不能被假定是其後出現的同群的一切物種的原始祖先，因為它們不具有任何的中間性狀。

所以，如果我的學說是真實的，遠在寒武紀最下層沉積以前，必然要經過一個長久的時期，這時期與從寒武紀到今日的整個時期相比，大概一樣地長久，或者還要更長久的多；而且在這樣廣大的時期內，世界上必然已經充滿了生物。這裡我們遇到了一個強有力的異議；出為地球在適于生物居住的狀態下是否已經經歷了那麼長久，似可懷疑。湯普森爵士（Sir.W.Thompson）斷言，地殼的凝固不會在二千萬年以下或四億萬年以上，大概是在九千八百萬年以下或二億萬年以上。如此廣泛的差限，表明了這些數據是很可懷疑的；而且其他要素今後還可能被引入到這個問題裡來。

克羅爾先生計算自從寒武紀以來大約已經經過六千萬年，但是根據從冰期開始以來生物的微小變化量來判斷，這與寒武紀層以來生物確曾發生過大而多的變化相比較，六千萬年似乎太短；而且以前的一億四千萬年對於在寒武紀中已經存在的各種生物的發展，也不能被看作是足夠的。然而，如湯普森爵士所主張的，在極早的時代，世界所處的物理條件，其變化可能比今日更加急促而激烈；而這等變化則有助于誘使當時生存的生物以相應速率發生變化。

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至于在寒武系以前的這等假定最早時期內，為什麼沒有發見富含化石的沉積物呢？關於這一問題我還不能給予圓滿的解答。以默奇森爵士為首的幾位卓越的地質學者們最近還相信，我們在志留紀最下層所看到的生物遺骸，是生命的最初曙光。其他一些高度有能力的鑒定者們，如萊爾和福布斯，則反對這一結論。我們不要忘記，精確知道的，不過是這個世界的一小部分。

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不久以前，巴蘭得（M.Barrande）在當時已知的志留系之下，發見了另外一個更下的地層，這一層富有特別的新物種；而現在希克斯先生（Mr.Hicks）在南威爾士（SouthWales）的更下面的下寒武紀層中，發見了富有三葉蟲的、而且含有各種軟體動物和環蟲類的岩層。甚至在某些最低等的無生岩（azoicrock）中，也有磷質小塊初瀝青物質存在,這大概暗示了在這等時期中的生命。加拿大的勞倫紀層中有始生蟲（Eozoon）存在，已為一般所承認。在加拿大的志留系之下有三大系列的地層，在最下面的地層中曾發見過始生蟲。

洛根爵士（SirW.Logan）說道：「這三大系列地層總和起來的厚度可能遠遠超過以後從古生代基部到現在的所有岩石的厚度。如此，我們就被帶回到一個如此遼遠的時代，以致某些人可能把巴蘭得所謂的原始動物的出現，看作是比較近代的事情。」始生蟲的體制在一切動物綱中是最低級的，但是在它所屬的這一綱中它的體制卻是高級的；它曾以無限的數目存在過，正如道森博士所說的，它肯定以其他的微小生物為食餌，而這些微小生物也一定是大量生存的。因此，我在1859年所寫的有關生物遠在寒武紀以前就已存在的一些話——這和以後洛根爵士所說的几乎相同——被證明是正確的了。

儘管如此，要對寒武系以下為什麼沒有富含化石的巨大地層的疊積，舉出任何好的理由，還是有很大困難的。要說那些最古的岩層已經由於剝蝕作用而完全消失，或者說它們的化石由於變質作用而整個消滅，似乎是不可能的，因為，果真如此，我們就會在繼它們之後的地質層中只發見一些微小的殘餘物，並且這等殘餘物常常是以部分的變質狀態存在的。但是，我們所擁有的關於俄羅斯和北美洲的巨大地面上的志留紀沉積物的描述，並不支持這樣的觀點：一個地質層愈古愈是不可避免地要蒙受極度的剝蝕作用和變質作用。

目前對於這種情形還無法加以解釋；因而這會被當作一種有力的論據來反對本書所持的觀點。為了指出今後可能得到某種解釋，我願提出以下的假說。根據在歐洲和美國的若干地質層中的生物遺骸——它們似乎沒有在深海中棲息過一的性質；並且根據構成地質層的厚達數英里的沉積物的量，我們可以推論產生沉積物的大島嶼或大陸地，始終是處在歐洲和北美洲的現存大陸附近。後來阿加西斯和其他一些人也採取了同樣的觀點。

但是我們還不知道在若干連續地質層之間的間隔期間內，事物的狀態曾經是怎樣的；歐洲和美國在這等間隔期間內，究竟是乾燥的陸地，還是沒有沉積物沉積的近陸海底，或者是一片廣闊的、深不可測的海底，我們還不知道。

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